Die Installation von numpy auf Amazon EC2

Ich habe Probleme beim installieren von numpy, die auf einer Amazon EC2-server. Ich habe versucht, mit Hilfe von easy_install, pip, pip in einer virtual env, pip in einem anderen virtuellen env mit python 2.7...

Jedes mal, wenn ich versuche, schlägt es fehl, mit der Fehlermeldung: gcc: internal compiler error: Killed (program cc1), und dann weiter unten in der Zeile bekomme ich einen Haufen von python-Fehler, mit easy_install ich bekommen: ImportError: No module named numpy.distutils, und mit pip I: UnicodeDecodeError: 'ascii' codec can't decode byte 0xe2 in position 72: ordinal not in range(128).

Die EC2-Instanz ausgeführt wird kernel 3.4.43-43.43.amzn1.x86_64. Hat jemand dieses problem gelöst? Numpy hat immer hart gewesen, für mich zu installieren, aber ich kann in der Regel herausfinden... an dieser Stelle ist mir egal, ob es ist, in einem eigenen virtualenv, ich will einfach nur, um es installiert ist.

Die meisten Linux-Distributionen Paket numpy. Ich würde Ihr Paket.

InformationsquelleAutor Brian Schlenker | 2013-09-11

Anforderungen für die Installation von Numpy

c-compiler (gcc)
fortran-compiler (gfortran)
python-header-Dateien (2.4.x - 3.2.x)
Dringend empfohlen BLAS oder LAPACK

Schrieb ich ein Skript, um install virtualenv und scikit-learn zusammen mit allen Abhängigkeiten. Sie können follow-up zu den numpy installieren, das ist ziemlich straight-forward. Ich kopierte die relevanten code.

sudo yum -y install gcc-c++ python27-devel atlas-sse3-devel lapack-devel
wget https://pypi.python.org/packages/source/v/virtualenv/virtualenv-1.11.2.tar.gz
tar xzf virtualenv-1.11.2.tar.gz 
python27 virtualenv-1.11.2/virtualenv.py sk-learn
. sk-learn/bin/activate
pip install numpy

Nur copy/paste, enter-Taste drücken, (eine Tasse Kaffee) und Sie sind bereit zu gehen mit virtualenv und numpy auf EC2.

Wenn Sie wollen, stellen Sie sicher, dass numpy gefunden, der optimierte lineare algebra Bibliotheken, Ausführung:

(sk-learn)[ec2-user@ip-10-99-17-223 ~]$ python -c "import numpy; numpy.show_config()"

wenn Sie etwas sehen, die der folgenden ähnelt Sie sind alle gesetzt.

atlas_threads_info:
    libraries = ['lapack', 'ptf77blas', 'ptcblas', 'atlas']
    library_dirs = ['/usr/lib64/atlas-sse3']
    define_macros = [('ATLAS_INFO', '"\\"3.8.4\\""')]
    language = f77
    include_dirs = ['/usr/include']
blas_opt_info:
    libraries = ['ptf77blas', 'ptcblas', 'atlas']
    library_dirs = ['/usr/lib64/atlas-sse3']
    define_macros = [('ATLAS_INFO', '"\\"3.8.4\\""')]
    language = c
    include_dirs = ['/usr/include']
atlas_blas_threads_info:
    libraries = ['ptf77blas', 'ptcblas', 'atlas']
    library_dirs = ['/usr/lib64/atlas-sse3']
    define_macros = [('ATLAS_INFO', '"\\"3.8.4\\""')]
    language = c
    include_dirs = ['/usr/include']
lapack_opt_info:
    libraries = ['lapack', 'ptf77blas', 'ptcblas', 'atlas']
    library_dirs = ['/usr/lib64/atlas-sse3']
    define_macros = [('ATLAS_INFO', '"\\"3.8.4\\""')]
    language = f77
    include_dirs = ['/usr/include']
lapack_mkl_info:
  NOT AVAILABLE
blas_mkl_info:
  NOT AVAILABLE
mkl_info:
  NOT AVAILABLE

Für eine ausführlichere Erklärung können Sie Lesen,Installation-scikit-learn-auf-amazon-ec2 -. Ich schrieb den blog-Eintrag speziell zu erinnern, die Schritte der installation und eine kurze Anleitung. Ich versuche immer, die post und das install-Skript auf dem neuesten Stand.

InformationsquelleAutor

8

Landete ich nur numpy installieren Via yum sudo yum install numpy. Ich denke, das ist das beste was ich bis jetzt tun können. Bei der Arbeit mit virtualenv und ich muss numpy, werde ich sagen, dass Website-Pakete.

Danke für die Anregung @Robert.

ja funktioniert bei mir auch. einfach!

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1

Nur für das Archiv. Wenn Sie eine Ubuntu EC2 und Sie bereits installiert haben, pip, dann können Sie etwas tun:

für Python2:
```
pip install numpy --user
```
für Python 3:
```
pip3 install numpy --user
```
der Schlüssel ist das Wort user.

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Können Sie versuchen, Anaconda Python-distribution von https://www.continuum.io, die mit der conda Python-version und Paket-manager. Ich fand diese Distribution gut konfiguriert und bequem für scientific computing arbeiten.

War ich in der Lage zu downloaden und installieren in einer EC2-instance mithilfe von wget und der linux-download-link aus Ihrer Downloads Webseite. Zum Beispiel für Python 2:

$ wget https://3230d63b5fc54e62148e-c95ac804525aac4b6dba79b00b39d1d3.ssl.cf1.rackcdn.com/Anaconda2-2.5.0-Linux-x86_64.sh

...

$ chmod a+x Anaconda2-2.5.0-Linux-x86_64.sh

$ ./Anaconda2-2.5.0-Linux-x86_64.sh

...

$ source .bashrc

$ conda create --name myEnvName biopython

$ Quelle aktivieren myEnvName

$ python -c 'import numpy; print(numpy.version.version)'

1.10.4

Noch besser: beginnen Sie mit einer vorhandenen image: docs.Kontinuum.io/anaconda/amazon aws

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