Anhäufung Kurve in R

Ich habe Daten von Arten, die an 4 Standorten über mehrere Monate. Ich habe erfolgreich erstellt Akkumulation Diagramme mit dem Paket vegan in R, aber ich möchte plot alle 4 Seiten auf einem Graphen.

Zuerst hatte ich ein Datenblatt mit allen Seiten und Monate, aber wenn ich gezeichnet specaccum das Ergebnis war eine Kurve der Akkumulation aller Daten, unabhängig von Standort.

Deswegen habe ich den split jeden Standort in einem separaten Datenblatt, welches ich geladen R. In jedem Datenblatt die erste Zeile ist Spezies-Namen und jede weitere Zeile darunter, dass ist ein Monat.

Beispielsweise lud ich die Daten von einer meiner Seiten "FMR". Dann habe ich Folgendes gemacht:

FMR <-specaccum(FMRJ2F, "random")
plot(FMR)

Ich Tat das gleiche für meine anderen Seiten, PP, DUX, PM. Wie kann ich alle 4 Zeilen auf einem Grundstück?

Die x und y Koordinaten gespeichert werden in der Liste Elemente FMR$sites und FMR$richness bzw. Die sd ist in FMR$sd. Plotten kann diese manuell, Plotten ersten Serie mit plot und anschließende Serie mit lines.

InformationsquelleAutor user3281667 | 2014-02-06

plot r vegan

5

Können Sie einfach die add=T argument in plot.specaccum(...)
```
library(vegan)
data(BCI) 
df <- lapply(c(1,21,41,61,81),function(i)specaccum(BCI[,seq(i,i+19)], method="random"))
plot(df[[1]])
for (i in 2:5) plot(df[[i]],add=T, col=i)
```
Diesem code-snippet lädt die integrierte BSI-dataset in vegan, und erstellt eine Liste der 5specaccum Objekte, durch ausführen specaccum(...) auf eine Teilmenge der Spalten in die BCI. Sie brauchen nicht zu, da Sie bereits die specaccum Objekte.

Dann schaffen wir die erste Handlung, und fügen Sie jede neue Kurve mit add=T.

InformationsquelleAutor jlhoward

Ok, also @jlhoward ' s Lösung ist natürlich viel einfacher und sinnvoller. Aber, da ich noch nicht gedacht, dass das offensichtliche, und codiert diese bis, ich dachte, ich kann auch teilen Sie Sie. Es könnte nützlich sein für die Fragen, wo die Funktion an hand nicht akzeptieren add.

Laden Bibliothek und einige Beispiel-Daten:

library(vegan)
data(BCI)
sp1 <- specaccum(BCI, 'random')

# random modification to BCI data to create data for a second curve
BCI2 <- as.matrix(BCI)
BCI2[sample(prod(dim(BCI2)), 10000)] <- 0
sp2 <- specaccum(BCI2, 'random')

Plotten

# Combine the specaccum objects into a list 
l <- list(sp1, sp2) 

# Calculate required y-axis limits
ylm <- range(sapply(l, '[[', 'richness') + 
           sapply(l, '[[', 'sd') * c(-2, 2))

# Apply a plotting function over the indices of the list
sapply(seq_along(l), function(i) {
  if (i==1) { # If it's the first list element, use plot()
    with(l[[i]], {
      plot(sites, richness, type='l', ylim=ylm, 
           xlab='Sites', ylab='random', las=1)
      segments(seq_len(max(sites)), y0=richness - 2*sd, 
               y1=richness + 2*sd)
    })    
  } else {
    with(l[[i]], { # for subsequent elements, use lines()
      lines(sites, richness, col=i)
      segments(seq_len(max(sites)), y0=richness - 2*sd, 
               y1=richness + 2*sd, col=i)
    })     
  }
})

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       bty='n', inset=0.025)