bash: /bin/ls: Argument list too long

Ich brauche, um eine Liste mit einer großen Anzahl von Dateien (rund 40.000 Dateien) wie unten:

ERR001268_1_100.fastq  ERR001268_2_156.fastq  ERR001753_2_78.fastq
ERR001268_1_101.fastq  ERR001268_2_157.fastq  ERR001753_2_79.fastq
ERR001268_1_102.fastq  ERR001268_2_158.fastq  ERR001753_2_7.fastq
ERR001268_1_103.fastq  ERR001268_2_159.fastq  ERR001753_2_80.fastq

mein Befehl ist: ls ERR*_1_*.fastq |sed 's/\.fastq//g'|sort -n > masterlist
Aber Fehler ist: bash: /bin/ls: Argument list too long

Jedoch kann ich dieses problem lösen?
Jeder andere Weg, um Liste wie diese von perl/python?

thx

InformationsquelleAutor LookIntoEast | 2011-08-11

  1. 13

    Sollten Sie in der Lage sein, Sie zu ersetzen ls ERR*_1_*.fastq mit find . -name "ERR*_1_*.fastq".

    Auf diese Weise können Sie vermeiden, dass der wildcard-Expansion in eine riesige Liste von Argumenten.

    (Die find Ausgabe enthalten ein führendes "./", z.B. ./ERR001268_1_100.fastq . Wenn
    das ist unerwünscht, können Sie es loswerden mit einem anderen sed Befehl später in die
    pipeline.)

    InformationsquelleAutor Jim Lewis

  2. 1

    Wenn die Dateien bereits existieren in Ihrem Verzeichnis python ' s "glob" - Modul könnte eine höhere Grenze als bash-Befehlszeile.

    Aus der Befehlszeile: 

    python -c "import glob; print glob.glob('ERR_*_1_*.fastq')"

    Tun, das ganze in python, die Sie könnten versuchen, so etwas wie dieses:

    import glob
files = glob.glob("ERR_*_1_*.fastq")
trimmedfiles = [x.replace(".fastq","") for x in files]
trimmedfiles.sort()
for f in trimmedfiles:
    print f

    Dieser Lösung werden die Dateien Sortieren alphabetisch und nicht numerisch. Für die, die Sie wollen, fügen Sie einige key=lambda Magie, um die sort () - Methode:

    trimmedfiles.sort(key=lambda f: int(f.split("_")[2]))
    Sie wahrscheinlich wollen eine '\n'.join(...) rund um den glob-Aufruf. Ansonsten, diese Antwort hat mich aus einer ähnlichen situation, +1

    InformationsquelleAutor Ben G.

  3. 0

    Finden, die Ihnen helfen könnte - dann lieber ls verwenden find . -name 'yourpatternhere' -print0 | xargs -0 youractionhere

    InformationsquelleAutor j03m

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