Beschriftung und Farbe Blatt das dendrogramm

Ich versuche zu erstellen das dendrogramm, waren meine Proben haben 5 Gruppe-codes (act als Beispiel-name/Art/usw aber seine repetitive).

Also, ich habe zwei Fragen, eine Hilfe wird groß sein:

  • Wie kann ich die Gruppe-codes in leaf label (anstelle der Probe-Nummer)?
  • Will ich weisen Sie eine Farbe für jede Gruppe code und colored leaf-label nach (es könnte passieren, dass Sie nicht in der gleichen Gruppe und damit kann ich mehr Informationen zu finden)?

Ist es möglich zu tun, also mit meinem Skript zu tun (ape oder ggdendro):

sample<-read.table("C:/.../DOutput.txt", header=F, sep="")
groupCodes <- sample[,1]
sample2<-sample[,2:100] 
d <- dist(sample2, method = "euclidean")  
fit <- hclust(d, method="ward")
plot(as.phylo(fit), type="fan") 
ggdendrogram(fit, theme_dendro=FALSE)

Einer zufälligen dataframe zu ersetzen, die meine Lesen.Tabelle:

sample = data.frame(matrix(floor(abs(rnorm(20000)*100)),ncol=200))
groupCodes <- c(rep("A",25), rep("B",25), rep("C",25), rep("D",25)) # fixed error
sample2 <- data.frame(cbind(groupCodes), sample)

InformationsquelleAutor der Frage lroca | 2013-09-14

  1. 16

    Hier ist eine Lösung für diese Frage mit einem neuen Paket namens "dendextend", wurde genau für diese Art der Sache.

    Können Sie sehen, viele Beispiele in die Präsentationen und Vignetten des Pakets, in der "Nutzung" Abschnitt in der folgenden URL: https://github.com/talgalili/dendextend

    Hier ist die Lösung für diese Frage: (beachten Sie die Bedeutung, wie neu -, um die Farben zu zuerst die Daten passen, und dann passen die neue Ordnung, von der das dendrogramm)

    ####################
## Getting the data:

sample = data.frame(matrix(floor(abs(rnorm(20000)*100)),ncol=200))
groupCodes <- c(rep("Cont",25), rep("Tre1",25), rep("Tre2",25), rep("Tre3",25))
rownames(sample) <- make.unique(groupCodes)

colorCodes <- c(Cont="red", Tre1="green", Tre2="blue", Tre3="yellow")

distSamples <- dist(sample)
hc <- hclust(distSamples)
dend <- as.dendrogram(hc)

####################
## installing dendextend for the first time:

install.packages('dendextend')

####################
## Solving the question:

# loading the package
library(dendextend)
# Assigning the labels of dendrogram object with new colors:
labels_colors(dend) <- colorCodes[groupCodes][order.dendrogram(dend)]
# Plotting the new dendrogram
plot(dend)


####################
## A sub tree - so we can see better what we got:
par(cex = 1)
plot(dend[[1]], horiz = TRUE)

    Beschriftung und Farbe Blatt das dendrogramm

    InformationsquelleAutor der Antwort Tal Galili

  2. 8

    Könnte man konvertieren Sie hclust - Objekt in ein dendrogram und verwenden ?denrapply ändern Sie die Eigenschaften (Attribute wie Farbe, label, ...) der einzelnen Knoten, z.B.:

    ## stupid toy example
samples <- matrix(c(1, 1, 1,
                    2, 2, 2,
                    5, 5, 5,
                    6, 6, 6), byrow=TRUE, nrow=4)

## set sample IDs to A-D
rownames(samples) <- LETTERS[1:4]

## perform clustering
distSamples <- dist(samples)
hc <- hclust(distSamples)

## function to set label color
labelCol <- function(x) {
  if (is.leaf(x)) {
    ## fetch label
    label <- attr(x, "label") 
    ## set label color to red for A and B, to blue otherwise
    attr(x, "nodePar") <- list(lab.col=ifelse(label %in% c("A", "B"), "red", "blue"))
  }
  return(x)
}

## apply labelCol on all nodes of the dendrogram
d <- dendrapply(as.dendrogram(hc), labelCol)

plot(d)

    Beschriftung und Farbe Blatt das dendrogramm

    BEARBEITEN: Fügen Sie code für Ihre minimal Beispiel:

        sample = data.frame(matrix(floor(abs(rnorm(20000)*100)),ncol=200))
groupCodes <- c(rep("A",25), rep("B",25), rep("C",25), rep("D",25))

## make unique rownames (equal rownames are not allowed)
rownames(sample) <- make.unique(groupCodes)

colorCodes <- c(A="red", B="green", C="blue", D="yellow")


## perform clustering
distSamples <- dist(sample)
hc <- hclust(distSamples)

## function to set label color
labelCol <- function(x) {
  if (is.leaf(x)) {
    ## fetch label
    label <- attr(x, "label")
    code <- substr(label, 1, 1)
    ## use the following line to reset the label to one letter code
    # attr(x, "label") <- code
    attr(x, "nodePar") <- list(lab.col=colorCodes[code])
  }
  return(x)
}

## apply labelCol on all nodes of the dendrogram
d <- dendrapply(as.dendrogram(hc), labelCol)

plot(d)

    Beschriftung und Farbe Blatt das dendrogramm

    InformationsquelleAutor der Antwort sgibb

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