das zählen der vorkommen in den Daten.frame in r
Habe ich einen Daten-frame 200 Spalten mit 150 Gene (Zeilen) in jeder Spalte.
Möchte ich die Anzahl der vorkommen für jedes gen in das gesamte Daten-frame
mydat <-
V1 V2 V3 V4 V5 V6 V7 V8
1 TGFBR2 TGFBR2 TGFBR2 TGFBR2 TGFBR2 TGFBR2 TGFBR2 TGFBR2
2 MAML2 MAML2 MAML2 MAML2 MAML2 MAML2 MAML2 MAML2
3 BMPR2 EIF5A WRAP53 WRAP53 EIF5A EIF5A EIF5A EIF5A
4 EIF5A BMPR2 EIF5A EIF5A ADAMTSL3 BMPR2 WRAP53 BMPR2
5 EIF5AL1 WRAP53 ADAMTSL3 BMPR2 BMPR2 WRAP53 BMPR2 EIF5AL1
6 WRAP53 EIF5AL1 BMPR2 ADAMTSL3 WRAP53 EIF5AL1 EIF5AL1 WRAP53
7 TBC1D5 ADAMTSL3 EIF5AL1 EIF5AL1 EIF5AL1 ADAMTSL3 ADAMTSL3 C1QTNF7
8 ADAMTSL3 C1QTNF7 C1QTNF7 C1QTNF7 FHL1 YAP1 AURKB ADAMTSL3
9 C1QTNF7 FHL1 RGS7BP LIFR C1QTNF7 TMEM43 C1QTNF7 LIFR
10 AURKB RGS5 AURKB FAM198B AURKB C1QTNF7 PSMB6 PDGFD
So, ich möchte die Ausgabe in etwa so aus:
occurences
TGFBR2: 8
MALM2 : 8
FHL1: 3
etc. Aber ich möchte zu zählen, jedes gen in das Daten-frame.
Wie mache ich das?
- wickeln Sie den code vorgeschlagen von @CathG und @Sven, die von
as.data.frame(...)
erhalten Sie ein nett aussehendes Daten-frame.
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versuchen
(Ich wies das Ergebnis, so dass Sie nicht bekommen, den vollen Bildschirm des gen-Namen, und damit jedes gen die auftreten können aufgerufen werden, indem
occurences["genename"]
)wird den trick tun.