Entfernen Sie Zeilen mit Inf und NaN in R

Habe ich folgende Daten:

> dat
               ID     Gene   Value1   Value2
1      NM_013468   Ankrd1       Inf      Inf
2      NM_023785     Ppbp       Inf      Inf
3      NM_178666   Themis       NaN      Inf
4   NM_001161790     Mefv       Inf      Inf
5   NM_001161791     Mefv       Inf      Inf
6      NM_019453     Mefv       Inf      Inf
7      NM_008337     Ifng       Inf      Inf
8      NM_022430   Ms4a8a       Inf      Inf
9  PBANKA_090410     Rab6       NaN      Inf
10     NM_011328      Sct       Inf      Inf
11     NM_198411     Inf2  1.152414 1.445595
12     NM_177363    Tarm1       NaN      Inf
13  NM_001136068    Klrc1       NaN      Inf
14     NM_019418  Tnfsf14       Inf      Inf
15     NM_010652    Klrc1       NaN      Inf

Was ich will zu tun ist, um Zeilen Inf und Nan
Rücksendung nur NM_198411 Inf2 1.152414 1.445595

Aber, warum dieser code nicht?

dat <- structure(list(ID = structure(c(7L, 11L, 13L, 2L, 3L, 9L, 4L, 
10L, 15L, 6L, 14L, 12L, 1L, 8L, 5L), .Label = c("NM_001136068 ", 
"NM_001161790 ", "NM_001161791 ", "NM_008337 ", "NM_010652 ", 
"NM_011328 ", "NM_013468 ", "NM_019418 ", "NM_019453 ", "NM_022430 ", 
"NM_023785 ", "NM_177363 ", "NM_178666 ", "NM_198411 ", "PBANKA_090410 "
), class = "factor"), Gene = structure(c(1L, 7L, 11L, 5L, 5L, 
5L, 2L, 6L, 8L, 9L, 3L, 10L, 4L, 12L, 4L), .Label = c("Ankrd1 ", 
"Ifng ", "Inf2 ", "Klrc1 ", "Mefv ", "Ms4a8a ", "Ppbp ", "Rab6 ", 
"Sct ", "Tarm1 ", "Themis ", "Tnfsf14 "), class = "factor"), 
    Value1 = c(Inf, Inf, NaN, Inf, Inf, Inf, Inf, Inf, NaN, Inf, 
    1.152414042, NaN, NaN, Inf, NaN), Value2 = c(Inf, Inf, Inf, 
    Inf, Inf, Inf, Inf, Inf, Inf, Inf, 1.445594931, Inf, Inf, 
    Inf, Inf)), .Names = c("ID", "Gene", "Value1", "Value2"), class = "data.frame", row.names = c(NA, 
-15L))


dat[apply(dat,1,function(x) any(x >=1 | x != Inf | x != NaN) ),]
  • Viele Sprachen mit native NaN Unterstützung ermöglichen die direkte überprüfung auf Gleichheit mit NaN, aber das Ergebnis ist unberechenbar: in R NaN == NaN zurück NA. Check-out is.nan, is.finite.
InformationsquelleAutor pdubois | 2014-04-02
  1. 11

    Können Sie nicht überprüfen, für NaN mit den normalen Vergleichsoperatoren. Sie können dies tun, für Inf, aber Sie hätte auch zu prüfen, für den negativen Fall. Besser verwenden Sie eine dieser Funktionen: https://stat.ethz.ch/R-manual/R-devel/library/base/html/is.finite.html

    Edit: tonytonov darauf hingewiesen, dass is.finite(NaN) ist FALSE, das es genügt in diesem Fall. Sie also brauchen nur 

    dat[is.finite(dat$Value1) & is.finite(dat$Value2), ]
    • dat[is.finite(dat$Value1) & is.finite(dat$Value2), ] ist genug, da is.finite(NaN) ist FALSCH.
    InformationsquelleAutor Marco
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