Fehler beim erstellen von heatmaps - NA/NaN/Inf in foreign function call (arg 11)

Ich versuche vorbereiten heatmap für meine Daten aber ich habe keine Ahnung, warum dieser Fehler erscheint.

Meine Daten:

> dput(head(tbl_ready))
structure(c(0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0.370330677123077, 
0, 0, 0, 0, 0, 0.53318856142826, 0, 0, 0, 0, 0, 0.217669675587482, 
0, 0, 0, 0.79337589572453, 0, 1, 0.0132525790616207, 0, 0, 1, 
0.498415470211292, 0.216961707575178, 0.0646831352678839, 0, 
0, 0, 0.778625047514492, 0.165974546372072, 0.076951015613392, 
0.889894091237216, 0, 0, 1, 0.129806153151281, 0.197647497443337, 
1, 0, 0, 0.509023013860118, 0.159412145987791, 0.207873742711735, 
0.749031133231353, 0.222918051830986, 0, 0.741479370384933, 0.133323148299248, 
0.216599753666685, 0.962652293738836, 0.303065152126049, 0, 0.801394522615822, 
0, 0.15864534869139, 0, 0.193050421324826, 0, 0.799048954936309, 
0, 0.328823938175914, 1, 0.425065664971905, 0, 0.578904125773447, 
0, 0.186228586828205, 0, 0.428641900764779, 0, 0.276948678897629, 
0, 0.117434041208573, 0, 0.272644463294893, 0, 0.138614907082177, 
0, 0.180927300758764, 0, 0.435388112571728, 0, 0, 0, 0.475087644525129, 
0, 0.762104865898499, 0, 0, 0, 0.227200985463951, 0, 0.418218667506089, 
0, 0, 0, 0.478763051110549, 0, 0.875837464800909, 0, 0, 0, 0.188429982762364, 
0, 0.418218667506089, 0, 0, 0, 0.349226871785504, 0, 0.998103388096146, 
0, 0, 0, 0.444963481341964, 0, 1, 0, 0, 0, 0.0670152075162316, 
0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0), .Dim = c(6L, 24L), .Dimnames = list(
    NULL, c("X1", "X2", "X3", "X4", "X5", "X6", "X7", "X8", "X9", 
    "X10", "X11", "X12", "X13", "X14", "X15", "X16", "X17", "X18", 
    "X19", "X20", "X21", "X22", "X23", "X24")))

Dem code, die ich zur Erstellung einer heatmap (es funktioniert für andere Daten):

## For all of the genes
tbl_ready <- as.matrix(tbl_for[,2:25])
mode(tbl_ready)<-"numeric"

library(gplots)
heatmap.2(tbl_ready,
          Colv = NA,
          scale = "none",
          dendrogram = "row",
          col=rainbow(256, s = 1, v = 1, start = 0, end = 2/6, alpha = 1),
          density.info = "none",
          trace = "none",
          key = FALSE,
          cexCol=0.5,
          cexRow=1)

mtext(paste("ATh",""), side=3, line=-1, cex=1.5, col="black") 
mtext("Size in kDa", side=1, line=3.5, cex=1.3, col="black")

Ich habe sogar versucht zu ersetzen-Na/NaN/Inf in 0 um Probleme zu vermeiden:

## Replacing Na by 0
is.na(tbl_ready) <- sapply(tbl_ready, is.infinite)
tbl_ready[is.na(tbl_ready)] <- 0
tbl_ready[is.nan(tbl_ready)] <- 0

aber der Fehler immer noch angezeigt wird:

Error in hclustfun(distfun(x)) : 
  NA/NaN/Inf in foreign function call (arg 11)
Kann ich nicht reproduzieren, den Fehler mit Hilfe der Beispiel-dataset, das Sie geschrieben (heatmap-Diagramme problemlos). Was macht der rest der Daten Aussehen? Irgendwelche Anomalien?
Ich bin nicht folgenden. Es gibt keine NA Werte in Ihre Daten, noch Inf oder NaN für diese Angelegenheit. heatmap (sockel R) arbeitete, einfach fein für mich im original tbl_ready matrix.

InformationsquelleAutor Shaxi Liver | 2014-05-19

  1. 7

    War ich auch nicht in der Lage, den Fehler zu reproduzieren, mit der Beispiel-Daten in den oben genannten, aber wenn ich

    tbl_ready[1,1] <- Inf

    und es lief wieder, ich habe den gleichen Fehler. Dies bedeutet, dass es wahrscheinlich einen unendlichen Wert in der matrix. Sind Sie sicher, dass sum(is.infinite(tbl_ready)) gibt 0 zurück, nachdem Sie Ihre Reinigung?

    InformationsquelleAutor MrFlick

  2. 5

    Versuchen d3heatmap(tbl_ready,Rowv = FALSE, Colv=FALSE)

    Die automatische Umsortierung der Zeilen und Spalten wurde zu einem Problem auch für mich, es zu deaktivieren das problem behoben

    InformationsquelleAutor hedgedandlevered

  3. 2

    Passiert ist, da haben Sie eine leere Zeile irgendwo in die Tabelle.

    InformationsquelleAutor Ammar

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