Glibc 2.7 konfigurieren, Fehler, Programme zu alt
Wenn ich es lade ein GenomicFeatures-Paket in R, es öffnet sich eine Fehlermeldung:
Loading required package: IRanges
Error in dyn.load(file, DLLpath = DLLpath, ...) :
unable to load shared object '/home/caohf/R/x86_64-unknown-linux-gnu-library/2.15/IRanges/libs/IRanges.so':
/lib64/libc.so.6: version `GLIBC_2.7' not found (required by /home/caohf/R/x86_64-unknown-linux-gnu-library/2.15/IRanges/libs/IRanges.so)
Error: package ‘IRanges’ could not be loadedalso ich installieren möchte glibc2.7, die source heruntergeladen wurde aus diesem Website.
Ich konfigurieren, damit der ein Source-als nicht-root:
mkdir build
cd build
../configure --prefix=/home/cao/bingibt es ein configure-Fehlermeldung auf dem Bildschirm:
checking build system type... x86_64-unknown-linux-gnu
checking host system type... x86_64-unknown-linux-gnu
configure: running configure fragment for add-on nptl
überprüfung sysdep dirs... sysdeps/x86_64/elf-nptl/sysdeps/unix/sysv/linux/x86_64 sysdeps/unix/sysv/linux/x86_64 sysdeps/unix/sysv/linux/wordsize-64 nptl/sysdeps/unix/sysv/linux-nptl/sysdeps/pthread sysdeps/pthread sysdeps/unix/sysv/linux sysdeps/gnu sysdeps/unix/common sysdeps/unix/mman sysdeps/unix/inet-nptl/sysdeps/unix/sysv sysdeps/unix/sysv sysdeps/unix/x86_64-nptl/sysdeps/unix sysdeps/unix sysdeps/posix sysdeps/x86_64/fpu-nptl/sysdeps/x86_64 sysdeps/x86_64 sysdeps/wordsize-64 sysdeps/ieee754/ldbl-96 sysdeps/ieee754/DZ-64 sysdeps/ieee754/flt-32 sysdeps/ieee754 sysdeps/generic/elf sysdeps/generic
Kontrolle für eine BSD-compatible install... /usr/bin/install -c
die Prüfung, ob ln -s funktioniert... ja
checking for gcc... gcc
die Prüfung für suffix von Objekt-Dateien... o
die überprüfung, ob wir mit dem GNU-C-compiler... ja
die überprüfung, ob gcc akzeptiert -g... ja
checking for gcc-option zu akzeptieren, ISO-C89... nicht erforderlich
checking how to run the C preprocessor... gcc -E
checking for g++... g++
die überprüfung, ob wir mit dem GNU C++ - compiler... ja
die überprüfung, ob g++ akzeptiert -g... ja
die Prüfung für ranlib... ranlib
prüfen, ob /usr/libexec/binutils220/als ist als GNU... ja
die Prüfung, ob ld GNU ld... ja
checking for /usr/libexec/binutils220/wie... /usr/libexec/binutils220/da
überprüfen der version von /usr/libexec/binutils220/als... 2.20.51.0.2, bad
die überprüfung für die ld... ld
überprüfen der version von ld... 2.17.50.0.6, ok
die Prüfung für pwd... /bin/pwd
checking for gcc... gcc
überprüfen der version von gcc... 4.4.6, ok
die Prüfung für gnumake... Nein
die Prüfung für gmake... gmake Kontrolle version gmake... 3.81, ok
die Prüfung für gnumsgfmt... Nein
die Prüfung für gmsgfmt... Nein
die Prüfung für msgfmt... msgfmt
überprüfen der version des msgfmt... 0.14.6, ok
die Prüfung für makeinfo... Nein
die überprüfung für die sed... sed
überprüfen der version der sed-4.1.5..., ok
die Prüfung für autoconf... autoconf
die Prüfung, ob autoconf funktioniert... ja
configure: error:
Diese kritischen Programme fehlen oder sind zu alt: als
Überprüfen Sie die INSTALLATION-Datei für die benötigten Versionen.
Unten ist die empfohlene Werkzeuge für die Kompilierung in der Datei INSTALL(und die version in meinem system):
1 GNU make 3.79 oder höher
mein system:
GNU Make 3.81
2 GCC 3.4 oder höher, GCC 4.1 empfohlene
mein sys:
gcc version 4.4.6 20110731 (Red Hat 4.4.6-3) (GCC)
3 der GNU binutils 2.15 oder höher
ich weiß nicht, wie Sie die version der binutils,aber
as -v
ld -vGNU assembler version 2.17.50.0.6-12.el5 (x86_64-redhat-linux) using BFD version 2.17.50.0.6-12.el5 20061020
GNU ld version 2.17.50.0.6-12.el5 20061020
4 GNU-texinfo-3.12 f
Ich weiß nicht die version oder? brauche Hilfe
5 GNU awk 3.0 oder höher
mein sys:
GNU Awk 3.1.5
6 Perl 5
mine:
Dies ist perl, v5.10.1 (*) built for x86_64-linux-thread-multi
7 GNU sed 3.02 oder höher
mine:
GNU sed version 4.1.5
8 GNU autoconf-2.53 oder höher
mine:
autoconf (GNU Autoconf) 2.59
9 GNU-gettext-0.10.36 oder später
mine:
gettext (GNU-gettext-runtime) 0.14.6
Bin ich in :
CentOS release 5.4 (Final)
Linux iodell-01 2.6.18-164.6.1.el5
Habe ich, installieren Sie die neuere version der glibc, ich fürchte, das system-Paket ist zu alt für die neuere.
wie kann ich es herausfinden? danke
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Traf ich ähnliches problem. Das Problem mit der regex für as,ld konfigurieren.in der Datei.
Wissen, dass ich die 2.20, die sicherlich >2.15 (wie in der INSTALL-Datei), aktualisiere ich die regex aus
Kommentierte ich die Version überprüfen wie,ld. Technisch sollte ich fix, die Regex aber leider so etwas nicht funktioniert
Da ich nicht möchten, verschwenden Sie viel Zeit, gerade kommentiert es für jetzt, und entfernt das Häkchen aus konfigurieren Sie die Datei. Werde den Beitrag aktualisieren, später mit der richtigen regex.
Hatte ich dieses problem ein paar mal auf meinem system zurück, wenn ich mit Debian (stable-Zweig), von dem bekannt ist, veraltete Pakete. Soweit ich weiß, der einzige Weg ist, um ein upgrade der glibc, was bedeutet, dass das Upgrade das gesamte system. Wenn Sie bekam eine Menge Zeit, die Sie aktualisieren können, NUR die glibc, aber das ist in der Regel mehr ärger als es Wert ist seit der neueren version kann auch neuere Symbole und alte Symbole können verschoben wurden. Hoffe, das hilft.