Liste R-Paket Ohne Abhängigkeiten Pakete Installieren

Ich nicht haben R installiert und ich brauchte, um herauszufinden, welche R-Pakete wurden Abhängigkeiten auf einer Liste der R-Pakete beantragt wird, für den Einsatz in meinem Unternehmen.

Schrieb ich ein bash-Skript iteriert über eine Liste von R-Paketen in einer Datei und wird rekursiv entdecken von Abhängigkeiten.

Verwendet das Skript eine Datei mit dem Namen rinput_orig.txt als Eingabe (Beispiel unten). Das Skript erstellt eine Datei namens rinput.txt, wie es tut seine Arbeit.

Das Skript erstellt die folgenden Dateien:

• rdepsfound.txt - Listen Abhängigkeiten gefunden, einschließlich dem R-Paket, das ist von Ihnen abhängig (Beispiel unten).
• routput.txt - Listet alle R-Pakete (von der ursprünglichen Liste und die Liste der Abhängigkeiten) zusammen mit der Lizenz und CRAN-URL (Beispiel unten).
• r404.txt - Liste der R-Pakete, wo eine 404 empfangen wurde, wenn Sie versuchen zu locken. Dies ist praktisch, wenn Sie Ihre ursprüngliche Liste hat keine Tippfehler.

Bash-Skript:

#!/bin/bash

# CLEANUP
rm routput.txt
rm rdepsfound.txt
rm r404.txt

# COPY ORIGINAL INPUT TO WORKING INPUT
cp rinput_orig.txt rinput.txt

IFS=","
while read PACKAGE; do
    echo Processing $PACKAGE...

    PACKAGEURL="http://cran.r-project.org/web/packages/${PACKAGE}/index.html"

    if [ `curl -o /dev/null --silent --head --write-out '%{http_code}\n' ${PACKAGEURL}` != 404 ]; then
        # GET LICENSE INFO OF PACKAGE
        LICENSEINFO=$(curl ${PACKAGEURL} 2>/dev/null | grep -A1 "License:" | grep -v "License:" | gawk 'match($0, /<a href=".*">(.*)<\/a>/, a) {print a[0]}' | sed "s/|/,/g" | sed "s/+/,/g")
        for x in ${LICENSEINFO[*]}
        do
            # SAVE LICENSE
            LICENSE=$(echo ${x} | gawk 'match($0, /<a href=".*">(.*)<\/a>/, a) {print a[1]}')
            break
        done

        # WRITE PACKAGE AND LICENSE TO OUTPUT FILE
        echo $PACKAGE $LICENSE $PACKAGEURL >> routput.txt

        # GET DEPENDENCIES OF PACKAGE
        DEPS=$(curl ${PACKAGEURL} 2>/dev/null | grep -A1 "Depends:" | grep -v "Depends:" | gawk 'match($0, /<a href=".*">(.*)<\/a>/, a) {print a[0]}')
        for x in ${DEPS[*]}
        do
            FOUNDDEP=$(echo "${x}" | gawk 'match($0, /<a href=".*">(.*)<\/a>/, a) {print a[1]}' | sed "s/<\/span>//g")
            if [ "$FOUNDDEP" != "" ]; then
                echo Found dependency $FOUNDDEP for $PACKAGE...
                grep $FOUNDDEP rinput.txt > /dev/null
                if [ "$?" = "0" ]; then
                    echo $FOUNDDEP already exists in package list...
                else
                    echo Adding $FOUNDDEP to package list...
                    # SAVE FOUND DEPENDENCY BACK TO INPUT LIST
                    echo $FOUNDDEP >> rinput.txt
                    # SAVE FOUND DEPENDENCY TO DEPENDENCY LIST FOR EASY VIEWING OF ALL FOUND DEPENDENCIES
                    echo $FOUNDDEP is a dependency of $PACKAGE >> rdepsfound.txt
                fi
            fi
        done
    else
        echo Skipping $PACKAGE because 404 was received...
        echo $PACKAGE $PACKAGEURL >> r404.txt
    fi

done < rinput.txt
echo -e "\nRESULT:"
sort -u routput.txt

Beispiel rinput_orig.txt:

shiny
rmarkdown
xtable
RODBC
RJDBC
XLConnect
openxlsx
xlsx
Rcpp

Beispiel die Ausgabe der Konsole beim Skript ausführen:

Processing shiny...
Processing rmarkdown...
Processing xtable...
Processing RODBC...
Processing RJDBC...
Found dependency DBI for RJDBC...
Adding DBI to package list...
Found dependency rJava for RJDBC...
Adding rJava to package list...
Processing XLConnect...
Found dependency XLConnectJars for XLConnect...
Adding XLConnectJars to package list...
Processing openxlsx...
Processing xlsx...
Found dependency rJava for xlsx...
rJava already exists in package list...
Found dependency xlsxjars for xlsx...
Adding xlsxjars to package list...
Processing Rcpp...
Processing DBI...
Processing rJava...
Processing XLConnectJars...
Processing xlsxjars...
Found dependency rJava for xlsxjars...
rJava already exists in package list...

Beispiel rdepsfound.txt:

DBI is a dependency of RJDBC
rJava is a dependency of RJDBC
XLConnectJars is a dependency of XLConnect
xlsxjars is a dependency of xlsx

Beispiel routput.txt:

shiny GPL-3 http://cran.r-project.org/web/packages/shiny/index.html
rmarkdown GPL-3 http://cran.r-project.org/web/packages/rmarkdown/index.html
xtable GPL-2 http://cran.r-project.org/web/packages/xtable/index.html
RODBC GPL-2 http://cran.r-project.org/web/packages/RODBC/index.html
RJDBC GPL-2 http://cran.r-project.org/web/packages/RJDBC/index.html
XLConnect GPL-3 http://cran.r-project.org/web/packages/XLConnect/index.html
openxlsx GPL-3 http://cran.r-project.org/web/packages/openxlsx/index.html
xlsx GPL-3 http://cran.r-project.org/web/packages/xlsx/index.html
Rcpp GPL-2 http://cran.r-project.org/web/packages/Rcpp/index.html
DBI LGPL-2 http://cran.r-project.org/web/packages/DBI/index.html
rJava GPL-2 http://cran.r-project.org/web/packages/rJava/index.html
XLConnectJars GPL-3 http://cran.r-project.org/web/packages/XLConnectJars/index.html
xlsxjars GPL-3 http://cran.r-project.org/web/packages/xlsxjars/index.html

Ich hoffe, das jemand hilft!