Nur download-Quellen für ein Paket und alle Abhängigkeiten

Frage ich mich, ob es gibt einen Weg, um install.packages() oder andere Verwandte Funktionen, um Folgendes zu tun: nur laden Sie die Quellen (d.h. tar.gz - Dateien) von den angegebenen Paketen und alle Ihre Abhängigkeiten in einem angegebenen Ordner (unter Windows).

Einen Grund, dies zu tun ist, ist: sagen, ich habe einen Linux-account ist nicht aktiviert für internet-Zugang. Um die Installation der Pakete auf der Linux-Maschine aus, möchte ich zunächst den download aller benötigten Quellen auf meinem Windows-Rechner, dann ftp über die Linux-Maschine, und installieren Sie auf der Linux-Maschine mit 

  install.packages('/home/me/R/Packages/blah.tar.gz', repos = NULL)
InformationsquelleAutor Prasad Chalasani | 2011-06-08
  1. 14

    Gibt es jetzt bessere Möglichkeiten für diese in der tools - Paket, das kommt mit der base R: package_dependencies(). Siehe zum Beispiel die Antwort von @sebastian-c und das letzten Q&A für einen use-case.

    Es ist ein unexported getDependencies() Funktion in der utils-Paket. Ich habe nicht studiert, wie es funktioniert, aber in Verbindung mit der @Dirk, Antwort erhalten sollten Sie die meisten der Weg dorthin.

    Grundsätzlich, obwohl, es scheint, dass Sie es verwenden, wie:

    utils:::getDependencies(pkgs, dependencies, available, lib)

    wo pkgs ist ein Charakter-Vektor, der die Pakete zu installieren, zu dependencies ist ein Charakter-Vektor, der die Arten von Abhängigkeiten (Hängt davon ab, Verbessert usw.), die Sie wollen, available ist die Ausgabe von available.packages() und lib ist die Bibliothek Speicherort für die Pakete innerhalb der Abhängigkeiten, ausgewertet werden.

    Wenn Sie debug - install.packages() es ist im Grunde tun die getDependencies() Schritt dann @Dirk s download.packages() Schritt, bevor es wirklich anfängt etwas zu installieren.

    • +1 vielen Dank! -- Ich bin tweaking utils:::getDependencies zu bekommen, mir die Liste der abhängigen Pakete und ignorieren, was hab ich schon installiert. Dieses plus download.packages sollte es tun.
    • Nicht, dass das, was getDependencies() ohnehin tut - zumindest für mich, es listet nur die Pakete, die ich nicht bereits installiert haben, in lib?
    • richtig, aber denken Sie daran ich habe bereits alles installiert auf meinem Win Rechner, und ich bin versucht, um die Liste der abhängigen Pakete für ein vorhandenes Paket, so dass ich bekommen kann, Ihre Quellen, ftp auf der Linux Maschine, und installieren Sie es. Sobald ich ftp über alle tar.gz Dateien auf der Linux-Maschine, die ich dann installieren Sie Sie in der richtigen Reihenfolge, mit install.packages('blah.tar.gz',...) so, dass alles funktioniert.
    • tatsächlich herauszufinden, die richtige Reihenfolge zum installieren der Pakete erfordert eine topologische Sortierung der dependency-graph zwischen-Pakete -- ich habe gerade zusammen eine fn, dies zu tun mit der igraph pkg.
    • etwas ähnliches ist IIRC gibt es eine .make<foo>() Funktion aufgerufen, dort irgendwo. Und ja, sorry, ich vergaß die Windows/Linux Sache. Könnte es einfacher sein, wenn Sie zu tun haben, immer wieder zum Aufbau eines lokalen repository-Pakete auf Ihrem Linux-Rechner, bevölkert von der Windows Maschine via ftp, dann Sie können tun, was auch immer, um die Pakete auf der linux-Maschine und benutzen Sie einfach install.packages() wie gewohnt um Sie zu installieren, lassen es die installation Priorität in Ordnung zu bringen?
    InformationsquelleAutor Gavin Simpson
  2. 38

    Vor kurzem hatte ich ein problem, wo ich wollte zum download, alle Abhängigkeiten und ich habe es gelöst also:

    Sagen, ich möchte, dass alle Abhängigkeiten und Importe von ggplot2 und MASS:

    getPackages <- function(packs){
  packages <- unlist(
    tools::package_dependencies(packs, available.packages(),
                         which=c("Depends", "Imports"), recursive=TRUE)
  )
  packages <- union(packs, packages)
  packages
}

packages <- getPackages(c("ggplot2", "MASS"))

    Kann ich jetzt laden Sie die Pakete in ein anderes Verzeichnis.

    download.packages(packages, destdir="whereyouactuallywantthefiles", 
                  type="source")

    Von dort, wenn Sie möchten, um eine lokale repo auf Ihrem Linux-PC, Folgen Sie den Anweisungen hier.

    InformationsquelleAutor sebastian-c
  3. 17

    Versuchen download.packages(c("xts", "rms"), "c:/TEMP", .....) statt install.packages(); Sie können direkt geben Sie ein Zielverzeichnis an, in das 2. argument.

    Bearbeiten einige Jahre später: Wie oben erwähnt auf andere Antworten und Kommentare, indem Sie nun verschiedene Helfer-Funktionen wurden Hinzugefügt, um R-tools und utils-Pakete. R 3.4.0 haben tools::CRAN_package_db() herunterladen die top-level - PACKAGES.rds Datei (und natürlich können Sie einfach kombinieren download.file() und readRDS() für das auch).

    • Das ist, was ich dachte, aber wie du die Abhängigkeiten auch?
    • Eventuell "von hand" mit read.dcf() und Freunde, die zum analysieren der control-Datei (die Sie treffen, die direkt aus CRAN, z.B. das ist, was Preiselbeeren tut). Oh, und cran2deb wird die Logik, wie es selbst baut Abhängigkeiten zuerst.
    • Ich hatte gehofft, dass da install.packages automagisch findet alle Abhängigkeiten, es würde eine Möglichkeit zum ausschalten des "installieren" - phase irgendwie, so dass wir haben die richtigen Dateien heruntergeladen.
    • prüfen Quelle install.packages. Es ist nicht exportierte Funktion getDependencies.
    • Sie bekam es, als ich schrieb meine Antwort
    • +1 vielen Dank für den Hinweis auf download.packages - kombiniert mit einem gezwickt version utils:::getDependencies() sollten Sie mich dort.

    InformationsquelleAutor Dirk Eddelbuettel
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