pandas: schreiben Sie Registerkarte-getrennt dataframe mit den wörtlichen tabs ohne Anführungszeichen

Habe ich zum formatieren meiner Daten für ein Genetik-software, die erfordert, um split jede Spalte in zwei, e.g 0-> G G; 1-> A G; 2 -> A A;. Die Ausgabe-Datei sein soll ist tab-getrennt. Ich bin versucht, es zu tun in pandas:

import csv
import pandas as pd
import numpy as np

df = pd.DataFrame(np.random.randint(0,3, size = (10,5)), 
                  columns=[ chr(c) for c in range(97, 97+5) ])

def fake_alleles(x):
    if x==0:
        return "A\tA"
    if x==1:
        return "A\tG"
    if x==2:
        return "G\tG"

plinkpast6 = df.applymap(fake_alleles)
plinkpast6.to_csv("test.ped", sep="\t", quoting=csv.QUOTE_NONE)

Gibt mir eine Fehlermeldung Error: need to escape, but no escapechar set. Gibt es andere Möglichkeiten, es zu tun mit pandas?

InformationsquelleAutor Dima Lituiev | 2016-05-21
  1. 7

    sep="\t" versucht, auf jedes element der dataframe Zeile und fügen Sie ein "\t" dazwischen. Problem ist, es gibt "\t" in die Elemente, und es verwirrend ist es. Es will Sie zu entkommen diejenigen, die "\t"s in die Elemente, und Sie haben nicht. Ich vermute, Sie wollen die endgültige Ausgabe in 6 Spalten.

    Versuchen Sie dies:

    import csv
import pandas as pd
import numpy as np

df = pd.DataFrame(np.random.randint(0,3, size = (10,20)))

def fake_alleles(x):
    if x==0:
        return "A\tA"
    if x==1:
        return "A\tG"
    if x==2:
        return "G\tG"

plinkpast6 = df.iloc[:,:3].applymap(fake_alleles)
plinkpast6 = plinkpast6.stack().str.split('\t', expand=True).unstack()
plinkpast6.to_csv("test.ped", sep="\t", quoting=csv.QUOTE_NONE)
    • Anzahl der Spalten ist nicht begrenzt. Ihr Ansatz fast arbeitete für mich, außer, dass die Teile der original-Spalte werden nun die sich zwischen linken und rechten Hälften der matrix und ich musste Sie zu sammeln, durch hinzufügen .swaplevel(0,1, axis=1).sort_index(axis=1). Sieht immer noch wie ein hacky-trick, mit dem die pandas.
    InformationsquelleAutor piRSquared
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