Perl Lesen von zwei Dateien und schreiben in eine Dritte

Ich habe Probleme damit, mein Programm zu arbeiten. Im Grunde lese ich aus beiden Dateien, dann schreiben Sie die Daten in eine. Kann mir jemand erklären, was das problem ist? Ich bekomme den Fehler über die Instanziierung auf die Auszüge ausdrucken, wo ich bin versucht, zu schreiben in die Datei. Hier ist mein code:

print "Please input file name \n";
$infile=<DATA>;
$infile2=<DATA>;

open IN, "$infile";
open JUNK, "$infile2";
open OUT, '>' ,'convertedback.txt';

$line = <IN>;
$line2 = <JUNK>;

#pull first line from sample (name 1)
print OUT "$line";
$line =<IN>;
#pull sequence line from FASTQ
print OUT "$line";
#pull line from quality file *2
print OUT "$line2";
$line2 =<JUNK>;
print OUT "$line2";

#Repeat until EOF
while($line =<IN>) {#for lines 5 to end

#Build Line 1
print "line 1 inf (name) is\n";
print $line2;
print OUT "$line2";


#Build Line 2
print "line 2 inf (seq) is\n";
print $line;
print OUT "$line";

#Build Line 3
$line2 =<JUNK>;
print "line 3 inf (quality) is\n";
print $line2;
print OUT "$line2";

#Build Line 4
$line2 =<JUNK>;
print "line 3 inf (quality) is\n";
print $line2;
print OUT "$line2";

}#while $line=<IN>
close (IN);
close (OUT);

print "Done!\n";

__DATA__
outfilenew.txt
sample.qualities
InformationsquelleAutor Brian | 2011-04-11
  1. 6

    verwenden strenge und verwenden Warnungen in den Anfang des Skripts.

    verwenden drei argument öffnen, wie

    open(my $fh, '<', "input.txt") or die $!;

    verwenden while-Schleife zum Lesen von Zeilen aus Dateien wie,

    while(my $line = <>){
   #do something
}

    Skript aussieht, 

    use strict;
use warnings;
print "Please input file name \n";
my $infile=<DATA>;
my $infile2=<DATA>;

open(my $in,'<', "$infile") or die $!;
open(my $junk,'<',"$infile2") or die $!;
open(my $out, '>' ,'convertedback.txt') or die $!;

my $line = <$in>;
my $line2 = <$junk>;

#pull first line from sample (name 1)
print $out "$line";
$line =<$in>;
#pull sequence line from FASTQ
print $out "$line";
#pull line from quality file *2
print $out "$line2";
$line2 =<$junk>;
print $out "$line2";

#Repeat until EOF
while($line =<$in>) {#for lines 5 to end

#Build Line 1
print "line 1 inf (name) is\n";
print $line2;
print $out "$line2";


#Build Line 2
print "line 2 inf (seq) is\n";
print $line;
print $out "$line";

#Build Line 3
$line2 =<$junk>;
print "line 3 inf (quality) is\n";
print $line2;
print $out "$line2";

#Build Line 4
$line2 =<$junk>;
print "line 3 inf (quality) is\n";
print $line2;
print $out "$line2";

}#while $line=<IN>
close ($in);
close ($out);

print "Done!\n";

__DATA__
outfilenew.txt
sample.qualities
    • +1 für "verwenden Sie drei argument "öffnen".
    InformationsquelleAutor Nikhil Jain
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