R aus C — Möglichst einfache Helloworld

Was ist die einfachste mögliche C-Funktion für das starten der R-interpreter auf und übergeben dabei einen kleinen Ausdruck (z.B. 2+2), und aus dem Ergebnis? Ich versuche es zu kompilieren mit MingW auf Windows.

Für welches Betriebssystem?
guter Punkt... geklärt.

InformationsquelleAutor jsight | 2010-03-17

c r windows

10

Den Sie anrufen möchten, R aus C?

Blick auf Abschnitt 8.1 in der Schrift R-Erweiterungen Handbuch. Sie sollten auch einen Blick in die "tests" - Verzeichnis (download der source-Paket entpacken Sie es und Sie werden die tests Verzeichnis). Eine ähnliche Frage wurde zuvor gebeten, auf R-Help und hier war das Beispiel:
```
#include <Rinternals.h> 
#include <Rembedded.h> 

SEXP hello() { 
  return mkString("Hello, world!\n"); 
} 

int main(int argc, char **argv) { 
  SEXP x; 
  Rf_initEmbeddedR(argc, argv); 
  x = hello(); 
  return x == NULL;             /* i.e. 0 on success */ 
} 
```
Dem einfachen Beispiel aus dem R-Handbuch ist in etwa so:
```
 #include <Rembedded.h>

 int main(int ac, char **av)
 {
     /* do some setup */
     Rf_initEmbeddedR(argc, argv);
     /* do some more setup */

     /* submit some code to R, which is done interactively via
         run_Rmainloop();

         A possible substitute for a pseudo-console is

         R_ReplDLLinit();
         while(R_ReplDLLdo1() > 0) {
           add user actions here if desired
         }
      */
     Rf_endEmbeddedR(0);
     /* final tidying up after R is shutdown */
     return 0;
 }
```
Übrigens, möchten Sie vielleicht zu prüfen, mit Rinside statt: Dirk bietet ein nettes "Hallo Welt" - Beispiel auf der Projekt-homepage.

In der Sie interessiert sind, aufrufen von C aus R, hier ist meine ursprüngliche Antwort:

Dies ist nicht gerade "hello world", aber hier sind einige gute Ressourcen:
- Jay Emerson vor kurzem einen Vortrag auf R-Paket Entwicklung an der New York Benutzer-Gruppe, und er hat einige sehr schöne Beispiele für die Verwendung von C aus in R. Haben Sie einen Blick auf das Papier aus dieser Diskussion auf seiner website, ab Seite 9. Alle zugehörigen source code ist hier: http://www.stat.yale.edu/~jay/Rmeetup/MyToolkitWithC/.
- Der Kurs lehrte an der Harvard-Universität von Gopi Goswami, 2005: C-C++-R (in Statistik). Dieser enthält umfangreiche Beispiele und Quellcode.
- Vielen Dank... mir fehlte das R-init-Funktion ruft... oops. Die Beispiele von dir (und anderen) sehr helfen (schade, dass ich nicht geben kann, angenommen, Sie Antworten auf ein paar andere auch... 🙂 ).
InformationsquelleAutor Shane

Hier gehen Sie. Es ist die wichtigste Funktion, aber Sie sollten in der Lage sein, um eine Anpassung an eine mehr Allgemeine Funktion. Dieses Beispiel baut eine R-expression von C-Aufrufe und auch von einem C-string. Sie sind auf Ihre eigenen für das kompilieren auf windows, aber ich habe Schritte kompilieren unter linux:

 /* simple.c */
 #include <Rinternals.h>
 #include <Rembedded.h>
 #include <R_ext/Parse.h>
 int
 main(int argc, char *argv[])
 {
    char *localArgs[] = {"R", "--no-save","--silent"};
    SEXP e, tmp, ret;
    ParseStatus status;
    int i;

    Rf_initEmbeddedR(3, localArgs);

    /* EXAMPLE #1 */

    /* Create the R expressions "rnorm(10)" with the R API.*/
    PROTECT(e = allocVector(LANGSXP, 2));
    tmp = findFun(install("rnorm"), R_GlobalEnv);
    SETCAR(e, tmp);
    SETCADR(e, ScalarInteger(10));

    /* Call it, and store the result in ret */
    PROTECT(ret = R_tryEval(e, R_GlobalEnv, NULL));

    /* Print out ret */
    printf("EXAMPLE #1 Output: ");
    for (i=0; i<length(ret); i++){
        printf("%f ",REAL(ret)[i]);
    }
    printf("\n");

    UNPROTECT(2);


    /* EXAMPLE 2*/

    /* Parse and eval the R expression "rnorm(10)" from a string */
    PROTECT(tmp = mkString("rnorm(10)"));
    PROTECT(e = R_ParseVector(tmp, -1, &status, R_NilValue));
    PROTECT(ret = R_tryEval(VECTOR_ELT(e,0), R_GlobalEnv, NULL));

    /* And print. */
    printf("EXAMPLE #2 Output: ");
    for (i=0; i<length(ret); i++){
        printf("%f ",REAL(ret)[i]);
    }
    printf("\n");

    UNPROTECT(3);
    Rf_endEmbeddedR(0);
    return(0);
 }

Kompilieren vor:

$ gcc -I/usr/share/R/include/ -c -ggdb simple.c
$ gcc -o simple simple.o  -L/usr/lib/R/lib -lR
$ LD_LIBRARY_PATH=/usr/lib/R/lib R_HOME=/usr/lib/R ./simple
EXAMPLE #1 Output: 0.164351 -0.052308 -1.102335 -0.924609 -0.649887 0.605908 0.130604 0.243198 -2.489826 1.353731
EXAMPLE #2 Output: -1.532387 -1.126142 -0.330926 0.672688 -1.150783 -0.848974 1.617413 -0.086969 -1.334659 -0.313699

Kann es sein, zusammengestellt unter VS2008 (MS-Compiler)? Was sind die Argumente?

InformationsquelleAutor Jeff

7

Ich glaube nicht, dass jeder der oben genannten hat die Frage beantwortet - das war die Bewertung 2 + 2 ;). Für die Verwendung eines string-Ausdruck wäre etwas wie:
```
#include <Rinternals.h>
#include <R_ext/Parse.h>
#include <Rembedded.h>

int main(int argc, char **argv) {
    SEXP x;
    ParseStatus status;
    const char* expr = "2 + 2";

    Rf_initEmbeddedR(argc, argv);

    x = R_ParseVector(mkString(expr), 1, &status, R_NilValue);
    if (TYPEOF(x) == EXPRSXP) { /* parse returns an expr vector, you want the first */
        x = eval(VECTOR_ELT(x, 0), R_GlobalEnv);
        PrintValue(x);
    }

    Rf_endEmbeddedR(0);

    return 0;
}
```
Diese fehlt Fehler überprüfen, das ist klar, aber funktioniert:
```
Z:\>gcc -o e.exe e.c -IC:/PROGRA~1/R/R-213~1.0/include -LC:/PROGRA~1/R/R-213~1.0/bin/i386 -lR
Z:\>R CMD e.exe
[1] 4
```
(Um die richtigen Befehle für Ihre R Verwendung R CMD SHLIB e.c die Ihnen die entsprechenden compiler-flags)

Können Sie auch konstruieren, die expression von hand, wenn es einfach genug ist - z.B., für rnorm(10) verwenden Sie
```
SEXP rnorm = install("rnorm");
SEXP x = eval(lang2(rnorm, ScalarInteger(10)), R_GlobalEnv);
```
- Kann es sein compiler unter Visual Studio (MS-compiler)? Was sind die Parameter?
- Nein, das VC ist nicht offiziell unterstützt, die native compiler ist MinGW. Gibt es vielleicht Möglichkeiten, zu kombinieren, VC-code mit R (z.B. durch DLLs), aber es ist nicht garantiert, um zu arbeiten.
- Ich habe kompiliert den code unter Visual Studio (MS-Compiler) :). Zu tun, die R. lib Bibliothek sollte manuell erstellt werden.
InformationsquelleAutor Simon Urbanek
4

Ich denke, Sie können nicht viel besser als die inline - Paket (unterstützt C, C++ und Fortran):
```
library(inline)
fun <- cfunction(signature(x="ANY"), 
                 body='printf("Hello, world\\n"); return R_NilValue;')
res <- fun(NULL)
```
die print 'Hallo, Welt' für Sie. Und Sie wissen gar nicht, wo /wie /Wann der compiler und linker aufgerufen werden. [ Die R_NilValue ist R NULL-version einer SEXP und die .Call() Signatur hier verwendet, erfordert, dass Sie wieder ein SEXP-siehe die 'Writing R Extensions' - Handbuch, das kann man nicht wirklich vermeiden hier. ]

Sie werden dann nehmen Sie diesen code und wickeln Sie es in ein Paket. Wir hatten großen Erfolg mit über
inline für die
Rcpp unit-tests (über 200 und zählen jetzt) und einige Beispiele nennen.

Oh, und das inline Beispiel funktioniert auf jedem OS. Sogar windoof-vorausgesetzt, Sie haben das R-Paket Gebäude-tool chain installiert, im PFAD etc pp.

Edit: ich falsch verstanden, die Frage. Was Sie wollen, ist im Grunde das, was die littler front-end macht (mit pure C) und was die RInside Klassen berücksichtigt-out für C++.

Jeff und ich nie die Mühe mit der Portierung littler zu windoof, aber RInside funktionierte es in der neuesten Version. So sollten Sie in der Lage sein, zu stecken um das erstellen von Rezepten und erstellen einer C # -Variante von RInside, so dass Sie ernähren können Ausdruck einer embedded R-Prozess. Ich vermute, Sie wollen immer noch so etwas wie Rcpp für die Ahnung, es wird langweilig sonst.

Edit 2: Und als Shane erwähnt, es gibt ja ein paar Beispiele in den R Quellen, die in tests/Einbetten/zusammen mit einem Makefile.gewinnen. Vielleicht ist das der einfachste start, wenn Sie bereit sind zu erfahren über R Interna.
- Stimmt, aber das ist C++... ich würde eher ein C-Beispiel für den moment. Rcpp sieht sehr einfach zu verwenden, obwohl.
- Ja, ich entsprechend editiert. Inline-funktioniert ohne Rcpp obwohl. Aber wenn Sie wirklich wollen, um Daten auszutauschen, dann würde ich Rcpp, obwohl Sie vielleicht das Gefühl, dass C++ ist komplexer als C. Es muss nicht sein.
- Das ist interessant, aber das Gegenteil von dem, was ich Suche. Ich interessiere mich für das aufrufen von R aus (möglicherweise ältere) C-code, nicht die andere Weise herum... tut mir Leid, wenn die ursprüngliche Frage war nicht klar. Diese info ist auch hilfreich, wenn. 🙂
- Oh, ich missverstanden. In diesem Fall versuchen, "littler" und "RInside" und ich ändere meine Antwort.
InformationsquelleAutor Dirk Eddelbuettel

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