R Kreis/Akkord-Diagramm mit circlize von dataframe

Der Schlüssel hier ist, um konvertieren Sie Ihre Daten in einer matrix (Nähe matrix in
die Zeilen entsprechen den 'von' und den Spalten entsprechen, 'zu').

df = read.table(textConnection("
 Brand_from model_from Brand_to Model_to
      VOLVO        s80      BMW  5series
        BMW    3series      BMW  3series
      VOLVO        s60    VOLVO      s60
      VOLVO        s60    VOLVO      s80
        BMW    3series     AUDI       s4
       AUDI         a4      BMW  3series
       AUDI         a5     AUDI       a5
"), header = TRUE, stringsAsFactors = FALSE)

from = paste(df[[1]], df[[2]], sep = ",")
to = paste(df[[3]], df[[4]], sep = ",")

mat = matrix(0, nrow = length(unique(from)), ncol = length(unique(to)))
rownames(mat) = unique(from)
colnames(mat) = unique(to)
for(i in seq_along(from)) mat[from[i], to[i]] = 1

Wert von mat ist

> mat
            BMW,5series BMW,3series VOLVO,s60 VOLVO,s80 AUDI,s4 AUDI,a5
VOLVO,s80             1           0         0         0       0       0
BMW,3series           0           1         0         0       1       0
VOLVO,s60             0           0         1         1       0       0
AUDI,a4               0           1         0         0       0       0
AUDI,a5               0           0         0         0       0       1

Dann senden Sie die matrix chordDiagram mit Angabe order und directional.
Manuelle Spezifikation von order ist sicherzustellen, dass gleiche Marken zusammengefasst sind.

par(mar = c(1, 1, 1, 1))
chordDiagram(mat, order = sort(union(from, to)), directional = TRUE)
circos.clear()

Um die Abbildung komplexer, können Sie eine Spur für Marken,
ein track für die identikation von Marken, eine Spur für die Modell-Namen. Auch wir
können die Lücke zwischen den Marken größer ist als innerhalb jeder Marke.

1 Satz gap.degree

circos.par(gap.degree = c(2, 2, 8, 2, 8, 2, 8))

2 vor der Zeichnung Akkord-Diagramm, erstellen wir zwei leeren Spuren, eine für Markennamen,
eine für die Identifizierung von Linien durch preAllocateTracks argument.

par(mar = c(1, 1, 1, 1))
chordDiagram(mat, order = sort(union(from, to)),
    direction = TRUE, annotationTrack = "grid", preAllocateTracks = list(
        list(track.height = 0.02),
        list(track.height = 0.02))
)

3 fügen Sie dem Modell den Namen der annotation-Spur (diese Spur wird standardmäßig erstellt,
je dicker track in den beiden Links und rechts zahlen. Hinweis: dies ist der Dritte track aus
außen Kreis nach innen)

circos.trackPlotRegion(track.index = 3, panel.fun = function(x, y) {
    xlim = get.cell.meta.data("xlim")
    ylim = get.cell.meta.data("ylim")
    sector.index = get.cell.meta.data("sector.index")
    model = strsplit(sector.index, ",")[[1]][2]
    circos.text(mean(xlim), mean(ylim), model, col = "white", cex = 0.8, facing = "inside", niceFacing = TRUE)
}, bg.border = NA)

4 fügen Sie die Marke identifiziert line. Da die Marke mehr als nur ein Sektor, wir brauchen
manuell zu berechnen, werden die start-und end-Klasse für die Zeile (arc). In folgenden,
rou1 und rou2 sind in Höhe von zwei Grenzen in die zweite Spur. Die idendification Linien
gezogen werden in die zweite Tonspur.

all_sectors = get.all.sector.index()
rou1 = get.cell.meta.data("yplot", sector.index = all_sectors[1], track.index = 2)[1]
rou2 = get.cell.meta.data("yplot", sector.index = all_sectors[1], track.index = 2)[2]

start.degree = get.cell.meta.data("xplot", sector.index = all_sectors[1], track.index = 2)[1]
end.degree = get.cell.meta.data("xplot", sector.index = all_sectors[3], track.index = 2)[2]
draw.sector(start.degree, end.degree, rou1, rou2, clock.wise = TRUE, col = "red", border = NA)

5 zunächst die Koordinate text in das polare Koordinatensystem, dann die Karte, um die Daten zu koordinieren
system von reverse.circlize. Hinweis: die Zelle, die Sie anzeigen Koordinate zurück und die Zelle, die Sie zeichnen, text
sollte die gleiche Zelle.

m = reverse.circlize( (start.degree + end.degree)/2, 1, sector.index = all_sectors[1], track.index = 1)
circos.text(m[1, 1], m[1, 2], "AUDI", cex = 1.2, facing = "inside", adj = c(0.5, 0), niceFacing = TRUE, 
    sector.index = all_sectors[1], track.index = 1)

Für die beiden anderen Marke, mit dem gleichen code.

start.degree = get.cell.meta.data("xplot", sector.index = all_sectors[4], track.index = 2)[1]
end.degree   = get.cell.meta.data("xplot", sector.index = all_sectors[5], track.index = 2)[2]
draw.sector(start.degree, end.degree, rou1, rou2, clock.wise = TRUE, col = "green", border = NA)
m = reverse.circlize( (start.degree + end.degree)/2, 1, sector.index = all_sectors[1], track.index = 1)
circos.text(m[1, 1], m[1, 2], "BMW", cex = 1.2, facing = "inside", adj = c(0.5, 0), niceFacing = TRUE, 
    sector.index = all_sectors[1], track.index = 1)

start.degree = get.cell.meta.data("xplot", sector.index = all_sectors[6], track.index = 2)[1]
end.degree  = get.cell.meta.data("xplot", sector.index = all_sectors[7], track.index = 2)[2]
draw.sector(start.degree, end.degree, rou1, rou2, clock.wise = TRUE, col = "blue", border = NA)
m = reverse.circlize( (start.degree + end.degree)/2, 1, sector.index = all_sectors[1], track.index = 1)
circos.text(m[1, 1], m[1, 2], "VOLVO", cex = 1.2, facing = "inside", adj = c(0.5, 0), niceFacing = TRUE, 
    sector.index = all_sectors[1], track.index = 1)

circos.clear()

Wenn Sie wollen, um die Farben, gehen Sie bitte zum package vignette, Wenn Sie möchten, können Sie auch circos.axis zum hinzufügen von Achsen auf dem Grundstück.