R nicht mit mehr als 4 GB Speicher

Ich bin mit 64-bit R auf Ubuntu 12.10 AMD64. Vor kurzem habe ich zusätzliche 8 GB Speicher auf meinem system, so dass es insgesamt 12 GB. Ich merke aber, dass R gibt mir eine Fehlermeldung, wenn der Speicher-Nutzung (eines Einzel-R Sitzung) geht über 4GB. Wenn ich ran 6 R sessions parallel, jeder verbraucht ~ 3 GB Arbeitsspeicher, meiner über alles Speicherauslastung um bis zu 11 GB. Aber eine einzige R-Sitzung nicht in der Lage, mehr als 4GB!
Ich muss trainieren eines random forest Modell über einen großen Datensatz, und ich muss > 4GB mit einem einzigen R-Sitzung.

Update:

R> sessionInfo()

R version 2.15.1 (2012-06-22)
Platform: x86_64-pc-linux-gnu (64-bit)

locale:
 [1] LC_CTYPE=en_US.UTF-8       LC_NUMERIC=C              
 [3] LC_TIME=en_US.UTF-8        LC_COLLATE=en_US.UTF-8    
 [5] LC_MONETARY=en_US.UTF-8    LC_MESSAGES=en_US.UTF-8   
 [7] LC_PAPER=C                 LC_NAME=C                 
 [9] LC_ADDRESS=C               LC_TELEPHONE=C            
[11] LC_MEASUREMENT=en_US.UTF-8 LC_IDENTIFICATION=C       

attached base packages:
[1] stats     graphics  grDevices utils     datasets  methods  
[7] base     

loaded via a namespace (and not attached):
[1] tools_2.15.1

Update 2:

$ ulimit -a
core file size          (blocks, -c) 0
data seg size           (kbytes, -d) unlimited
scheduling priority             (-e) 0
file size               (blocks, -f) unlimited
pending signals                 (-i) 92787
max locked memory       (kbytes, -l) 64
max memory size         (kbytes, -m) unlimited
open files                      (-n) 1024
pipe size            (512 bytes, -p) 8
POSIX message queues     (bytes, -q) 819200
real-time priority              (-r) 0
stack size              (kbytes, -s) 8192
cpu time               (seconds, -t) unlimited
max user processes              (-u) 92787
virtual memory          (kbytes, -v) unlimited
file locks                      (-x) unlimited
  • Ich habe kein problem mit 64-bit R-Fedora-AMD64. Ich habe es verwenden, 30G vor. Vielleicht haben Sie die Prozess-Quoten?
  • kannst du die Ausgabe von sessionInfo()?
  • Hinzugefügt die Ausgabe von sessionInfo()
  • Macht der shell-Befehl ulimit zeigen alles andere als unlimited?
  • Ich nehme es, dass ulimit zeigen keine Quoten, noch sind Speicher Quoten durchgesetzt von PAM?
  • Was bedeutet Sys.getenv("R_MAX_MEM_SIZE") und memory.limit() zurück?

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