R-Project: xlsx-Paket installation-Fehler (aufgrund von java-Problemen)
Ich versuche zu installieren, die die xlsx-Paket, leider gibt es ein Problem mit Java, was ich nicht in der Lage bin zu lösen.
Unten finden Sie die Ausgabe produziert beim Versuch das Paket zu installieren xlsx.
Hier ist die Ausgabe:
R version 3.1.1 (2014-07-10) -- "Sock it to Me"
Copyright (C) 2014 The R Foundation for Statistical Computing
Platform: x86_64-redhat-linux-gnu (64-bit)
R is free software and comes with ABSOLUTELY NO WARRANTY.
You are welcome to redistribute it under certain conditions.
Type 'license()' or 'licence()' for distribution details.
Natural language support but running in an English locale
R is a collaborative project with many contributors.
Type 'contributors()' for more information and
'citation()' on how to cite R or R packages in publications.
Type 'demo()' for some demos, 'help()' for on-line help, or
'help.start()' for an HTML browser interface to help.
Type 'q()' to quit R.
> install.packages("xlsx")
Installing package into ‘/home/tamaspavlicek/R/x86_64-redhat-linux-gnu-library/3.1’
(as ‘lib’ is unspecified)
also installing the dependencies ‘rJava’, ‘xlsxjars’
trying URL 'contrib/rJava_0.9-6.tar.gz'
Content type 'application/x-gzip' length 567515 bytes (554 Kb)
opened URL
==================================================
downloaded 554 Kb
trying URL 'contrib/xlsxjars_0.6.1.tar.gz'
Content type 'application/x-gzip' length 9477071 bytes (9.0 Mb)
opened URL
==================================================
downloaded 9.0 Mb
trying URL 'contrib/xlsx_0.5.7.tar.gz'
Content type 'application/x-gzip' length 312839 bytes (305 Kb)
opened URL
==================================================
downloaded 305 Kb
* installing *source* package ‘rJava’ ...
** package ‘rJava’ successfully unpacked and MD5 sums checked
checking for gcc... gcc -m64 -std=gnu99
checking whether the C compiler works... yes
checking for C compiler default output file name... a.out
checking for suffix of executables...
checking whether we are cross compiling... no
checking for suffix of object files... o
checking whether we are using the GNU C compiler... yes
checking whether gcc -m64 -std=gnu99 accepts -g... yes
checking for gcc -m64 -std=gnu99 option to accept ISO C89... none needed
checking how to run the C preprocessor... gcc -m64 -std=gnu99 -E
checking for grep that handles long lines and -e... /usr/bin/grep
checking for egrep... /usr/bin/grep -E
checking for ANSI C header files... yes
checking for sys/wait.h that is POSIX.1 compatible... yes
checking for sys/types.h... yes
checking for sys/stat.h... yes
checking for stdlib.h... yes
checking for string.h... yes
checking for memory.h... yes
checking for strings.h... yes
checking for inttypes.h... yes
checking for stdint.h... yes
checking for unistd.h... yes
checking for string.h... (cached) yes
checking sys/time.h usability... yes
checking sys/time.h presence... yes
checking for sys/time.h... yes
checking for unistd.h... (cached) yes
checking for an ANSI C-conforming const... yes
checking whether time.h and sys/time.h may both be included... yes
configure: checking whether gcc -m64 -std=gnu99 supports static inline...
yes
checking whether setjmp.h is POSIX.1 compatible... yes
checking whether sigsetjmp is declared... yes
checking whether siglongjmp is declared... yes
checking Java support in R... present:
interpreter : '/bin/java'
archiver : '/bin/jar'
compiler : '/bin/javac'
header prep.: '/bin/javah'
cpp flags : '-I/usr/lib/jvm/java-1.7.0-openjdk-1.7.0.71-2.5.3.0.fc20.x86_64/jre/../include -I/usr/lib/jvm/java-1.7.0-openjdk-1.7.0.71-2.5.3.0.fc20.x86_64/jre/../include/linux'
java libs : '-L/usr/lib/jvm/java-1.7.0-openjdk-1.7.0.71-2.5.3.0.fc20.x86_64/jre/lib/amd64/server -ljvm'
checking whether Java run-time works...
Error: Could not find or load main class getsp
no
configure: error: Java interpreter '/bin/java' does not work
ERROR: configuration failed for package ‘rJava’
* removing ‘/home/tamaspavlicek/R/x86_64-redhat-linux-gnu-library/3.1/rJava’
Warning in install.packages :
installation of package ‘rJava’ had non-zero exit status
ERROR: dependency ‘rJava’ is not available for package ‘xlsxjars’
* removing ‘/home/tamaspavlicek/R/x86_64-redhat-linux-gnu-library/3.1/xlsxjars’
Warning in install.packages :
installation of package ‘xlsxjars’ had non-zero exit status
ERROR: dependencies ‘rJava’, ‘xlsxjars’ are not available for package ‘xlsx’
* removing ‘/home/tamaspavlicek/R/x86_64-redhat-linux-gnu-library/3.1/xlsx’
Warning in install.packages :
installation of package ‘xlsx’ had non-zero exit status
The downloaded source packages are in
‘/tmp/Rtmpj1UG8a/downloaded_packages’
Java installiert ist:
java -version gibt die folgende Ausgabe:
java version "1.7.0_71"
OpenJDK Runtime Environment (fedora-2.5.3.0.fc20-x86_64 u71-b14)
OpenJDK 64-Bit Server VM (build 24.65-b04, mixed mode)
"sudo R CMD javareconf" führt zu:
Java interpreter : /bin/java
Java version : 1.7.0_71
Java home path : /usr/lib/jvm/java-1.7.0-openjdk-1.7.0.71-2.5.3.0.fc20.x86_64/jre
Java compiler : /bin/javac
Java headers gen.: /bin/javah
Java archive tool: /bin/jar
trying to compile and link a JNI progam
detected JNI cpp flags : -I$(JAVA_HOME)/../include -I$(JAVA_HOME)/../include/linux
detected JNI linker flags : -L$(JAVA_HOME)/lib/amd64/server -ljvm
gcc -m64 -std=gnu99 -I/usr/include/R -DNDEBUG -I/usr/lib/jvm/java-1.7.0-openjdk-1.7.0.71-2.5.3.0.fc20.x86_64/jre/../include -I/usr/lib/jvm/java-1.7.0-openjdk-1.7.0.71-2.5.3.0.fc20.x86_64/jre/../include/linux -I/usr/local/include -fpic -O2 -g -pipe -Wall -Wp,-D_FORTIFY_SOURCE=2 -fexceptions -fstack-protector-strong --param=ssp-buffer-size=4 -grecord-gcc-switches -m64 -mtune=generic -c conftest.c -o conftest.o
gcc -m64 -std=gnu99 -shared -Wl,-z,relro -o conftest.so conftest.o -L/usr/lib/jvm/java-1.7.0-openjdk-1.7.0.71-2.5.3.0.fc20.x86_64/jre/lib/amd64/server -ljvm -L/usr/lib64/R/lib -lR
JAVA_HOME : /usr/lib/jvm/java-1.7.0-openjdk-1.7.0.71-2.5.3.0.fc20.x86_64/jre
Java library path: $(JAVA_HOME)/lib/amd64/server
JNI cpp flags : -I$(JAVA_HOME)/../include -I$(JAVA_HOME)/../include/linux
JNI linker flags : -L$(JAVA_HOME)/lib/amd64/server -ljvm
Updating Java configuration in /usr/lib64/R
Done.
Trotzdem installieren.Pakete('rJava') führt zu:
checking Java support in R... present:
interpreter : '/bin/java'
archiver : '/bin/jar'
compiler : '/bin/javac'
header prep.: '/bin/javah'
cpp flags : '-I/usr/lib/jvm/java-1.7.0-openjdk-1.7.0.71-2.5.3.0.fc20.x86_64/jre/../include -I/usr/lib/jvm/java-1.7.0-openjdk-1.7.0.71-2.5.3.0.fc20.x86_64/jre/../include/linux'
java libs : '-L/usr/lib/jvm/java-1.7.0-openjdk-1.7.0.71-2.5.3.0.fc20.x86_64/jre/lib/amd64/server -ljvm'
checking whether Java run-time works...
Error: Could not find or load main class getsp
no
configure: error: Java interpreter '/bin/java' does not work
ERROR: configuration failed for package ‘rJava’
* removing ‘/home/tamaspavlicek/R/x86_64-redhat-linux-gnu-library/3.1/rJava’
Warning in install.packages :
installation of package ‘rJava’ had non-zero exit status
The downloaded source packages are in
‘/tmp/Rtmpnl17m7/downloaded_packages’
Ich habe keine Ahnung, wie man dieses Problem beheben java-problem. Ich arbeite mit RStudio und Fedora.
Ihre Hilfe wird viel geschätzt.
Dank
Tamas
- Ist java auf Ihrem system installiert?
java -version
- ja, siehe bitte unter meinem post aktualisiert.
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Wenn Sie Java installiert haben, versuchen Sie das zurücksetzen des R java-Konfiguration von der Kommandozeile
Dann nochmal versuchen zu installieren, nur
rJava
(Sie können starten Sie RStudio ersten)Wenn dies immer noch nicht Ihr problem lösen, der Fehler zeigt, dass R konnte nicht geladen getsp.:
Zuerst überprüfen, dass getsp zugänglich ist.
Die Ausgabe kann mehrere Elemente enthalten, aber sollten Sie so etwas feststellen:
Dann wir das wollen, zugänglich sein, so exportieren Sie es so R finden können:
Im gleichen Fenster, starten Sie eine R-Sitzung und versuchen Sie die Installation
rJava
wieder.Andere Sache, der rest wäre JAVA_HOME und wiederholen Sie den
javareconf
Es wird auch empfohlen, um
unset CLASSPATH
im rJava Fragen, wie es kann dazu führen, dass andere Probleme auf der ganzen Linie. Sie sollten wahrscheinlich tun Sie dies, bevor Sie versuchen zu ändern JAVA_HOME und wieder zurückzusetzen, wenn das immer noch nicht das problem lösen.BEARBEITEN
Gegeben, dass diese Frage blieb 'unbeantwortet' für einige Zeit dachte ich, ich sollte auch meine Empfehlung, nur die readxl - Paket statt, welche nicht mit Java. Installiert es viel einfacher und ist Teil der tidyverse. Nur eine Allgemeine Empfehlung für diejenigen, die versuchen zu arbeiten mit excel-Dateien.
export CLASSPATH=/usr/...
ist, führen Sie an der Befehlszeile.Sys.setenv(JAVA_HOME="/usr/share/...")
. Wenn alle Stricke reißen, Sie sollte wohl reichen, um rJava FragenOkay, ich habe es endlich geschafft es durch hinzufügen von "JAVA_HOME=/usr/lib/jvm/java-1.8.0-openjdk-1.8.0.25.x86_64/jre/" an .bashrc in meinem home-Ordner.
Danke für Eure Hilfe, cdeterman.
Besten Tamas
Es ist das problem von Java. Ich denke, dass Sie nicht installiert haben Java auf Ihrem system. Prüfen Sie, ob Java bereits installiert ist:
Wenn es gibt "Den Programm java finden Sie in den folgenden packages" Java noch nicht vorhanden, so führen Sie folgenden Befehl aus:
Dann versuchen neu zu installieren das Paket.
Diese Lösung war für mich perfekt: