R vs. Matlab: eine Erklärung für den speed-Unterschied für rnorm, qnorm, und pnorm Funktionen

Ich verglich die Leistung der eingebauten R-Funktionen rnorm, qnorm und pnorm die äquivalente Matlab-Funktionen.

Es scheint, als ob die rnorm und pnorm Funktionen sind 3-6 mal langsamer in R als auch in Matlab, in der Erwägung, dass die qnorm - Funktion ca. 40% schneller in R. ich habe versucht, die Rcpp-Paket, um die Geschwindigkeit des R-Funktionen mit den entsprechenden C-Bibliotheken, die führte zu einem Rückgang in der Laufzeit von ~30%, was immer noch deutlich langsamer als Matlab für rnorm und pnorm.

Gibt es ein Paket erhältlich, das bietet eine schnellere Möglichkeit der Simulation von normalverteilten Zufallsvariablen in R (andere als mit der standard - rnorm Funktion)?

  • Sie haben wahrscheinlich dachte, dies schon, aber die andere Sache zu beachten ist, dass die Kommissionierung big block von Zufallszahlen ist viel schneller in R über die Auswahl von Ihnen ein-by-one ... also rnorm(1e6) ist viel schneller als vapply(seq(1e6),function(i) rnorm(1),numeric(1))
InformationsquelleAutor user1372987 | 2013-02-14
  1. 9

    Zu fördern, meinen Kommentar zu einer Antwort: ja, es ist.

    library("sos"); findFn("Ziggurat") findet die rziggurat Funktion in der SuppDists Paket; es ist implementiert in C (oder C++?), und die Dokumentation sagt

    Diese Umsetzung läuft in R ist etwa drei mal so
    schnell wie rnorm().

    Der andere Punkt zu beachten, die können machen, wie viel oder mehr Unterschied in der Praxis ist, dass die Kommissionierung big block von Zufallszahlen ist viel schneller in R über die Auswahl von Ihnen ein-by-one ... also rnorm(1e6) ist viel schneller als vapply(seq(1e6),function(i) rnorm(1),numeric(1))

     library("SuppDists")
 library("rbenchmark")
 n <- 1e5
 benchmark(rziggurat(n),
          rnorm(n),
          vapply(seq(n),function(x) rnorm(1),numeric(1)))

##           test   elapsed   relative user.self
## 2     rnorm(n)     1.138     13.233     1.140
## 1 rziggurat(n)     0.086      1.000     0.088
## 3  vapply(...)    29.043    337.709    29.046
    • Danke Ben für den Tipp! Es verbessert sogar die Laufzeit um einen Faktor von 6 auf meinem Rechner. Vielleicht gibt es ein anderes Paket, was sich ebenfalls positiv auf die Laufzeit der pnorm-Funktion?
    • Beachten Sie, dass das Ziggurat Umsetzung funktioniert nur auf 32-bit-Betriebssysteme. Ich legte etwas besser auf CRAN früher in diesem Jahr in RcppZiggurat.
    InformationsquelleAutor Ben Bolker
  2. 10

    Sehe ich zwei unterschiedliche Probleme, die man hier in jedem Absatz:

    • Ja, es gibt Unterschied zwischen Sprachen /Systeme wie z.B. R und Matlab. Teil davon hat zu tun mit der Dolmetscherin, die Geschwindigkeit der loops, die Geschwindigkeit der Funktion Anrufe etc pp. Rcpp können helfen, es mit Bezug zu Matlab, die einen echten JIT-compiler. Wir haben einen Vergleich zwischen Matlab, R und R+Rcpp für ein Kalman-filter in der jüngsten Papier auf RcppArmadillo.

    • Gibt es ein Unterschied in der zugrunde liegenden kompilierten code, und ja, R muss nicht immer der schnellere Umsetzung als R-Core (IMHO zu Recht) gilt für Präzisions-ersten. (Und Rcpp hilft nicht per se: Wir rufen was R ist intern.) Dies hatte z.B. mit dem Gibbs-Sampler Beispiel für eine MCMC, die Darren Wilkinson gestartet. Ich bemerkte, dass R rgamma() ist viel langsamer als bei anderen Systemen. Also um auf Ihre Frage bezüglich der N(0,1) zieht in einen schnelleren Weg: ich denke, wir brauchen eine trug Zikkurat Umsetzung. Das ist einer der schnelleren N(0,1) - Generatoren, die es gibt und ein paar andere Systeme benutzen.

    • In der Tat: library("sos"); findFn("Ziggurat") findet finzi.psych.upenn.edu/R/library/SuppDists/html/ziggurat.html , die sagt " Diese Umsetzung läuft in R ist etwa drei mal so schnell wie mit rnorm(). "
    • Vielen Dank, Ben. Ich denke, dass ich, sobald ich wusste, dass aber reichte es unter "gut, und jetzt brauche ich es von C++..." und vergessen.
    • Sie könnte wahrscheinlich nur stehlen den code-es ist GPL ...
    • Yep-Zikkurat geht zurück auf eine JSS Papier-und Kostenlose Durchführung. Frage der zur Verfügung stehenden Zeit und anderen Projekten...
    • (Zurück kommen Monate später:) ich tatsächlich freigegeben ein Paket RcppZiggurat früher in diesem Jahr.
    InformationsquelleAutor Dirk Eddelbuettel
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