Richtig Farbe vertices in R igraph

Ich bin mit igraph, um die Farbe von Scheitelpunkten

Ich habe zwei CSV-Dateien, die Antworten und die Topologie des Graphen.

Antworten: (dieser erzählt, dass die Spieler K und N richtig beantwortet)

  Player Q1_I1
1      k     1
2      l     0
3      n     1
4      m     0

Topologie: (Darstellung der, mit denen)

  Node.1 Node.2
1      k      l
2      l      k
3      l      m
4      m      l
5      l      n
6      n      l
7      n      k
8      k      n

Wollte ich bauen Sie ein Diagramm mit Paket IGraph und color-vertices in verschiedenen Farben je nach Ihrer Richtigkeit.

Dies ist, was ich erreichen konnte:

# reads answers and creates a graph from topology
answers <- read.csv("answers2.csv",header=T)
data<-read.csv('edges2.csv')
data<-graph.data.frame(data1, directed=FALSE)
g<-simplify(data)

# goes through vertices and colors them in different color, depending on correctness. 
# 2 means second column (First one is the players name)
V(g)$color <- ifelse(answers[V(g), 2] == 1, "blue", "red")
plot(g, layout=layout.fruchterman.reingold, vertex.color=V(g)$color)

Das problem ist, dass in meiner Ausgabe-die Farben sind falsch:Richtig Farbe vertices in R igraph

Hier M und K sind als korrekt markiert, in der Erwägung, dass es sein sollte, N und K.
Ich denke, dass das problem ist, denn ich bin nicht die Angabe, dass der Knoten sollte verwandt werden, um Spieler, und ich habe versucht, dies zu erreichen, aber ohne Erfolg.

Gibt es irgendwelche Ideen, wie dies zu erreichen?

InformationsquelleAutor Salvador Dali | 2013-04-14
  1. 19

    Die einfachste ist, um das Diagramm zu erstellen mit allen meta-Daten enthalten, und dann igraph kümmert sich um den rest. E. g.

    library(igraph)

answers <- read.table(textConnection(
   "  Player Q1_I1                                                             
    1      k     1                                                             
    2      l     0                                                             
    3      n     1                                                             
    4      m     0                                                             
"))

topology <- read.table(textConnection(
   "  Node.1 Node.2                                                            
    1      k      l                                                            
    2      l      k                                                            
    3      l      m                                                            
    4      m      l                                                            
    5      l      n                                                            
    6      n      l                                                            
    7      n      k                                                            
    8      k      n                                                            
 "))

g2 <- graph.data.frame(topology, vertices=answers, directed=FALSE)
g <- simplify(g2)
V(g)$color <- ifelse(V(g)$Q1_I1 == 1, "lightblue", "orange")

plot(g)

    Richtig Farbe vertices in R igraph

    Aber, eigentlich, wenn Sie nicht enthalten jede Kante in beide Richtungen in Ihre Daten-Tabelle, dann brauchen Sie nicht einmal zu rufen vereinfachen.

    • sehen get.vertex.attribute, V(g)$value ist nur syntaktischer Zucker, Sie ruft get.vertex.attribute.
    • Wenn ich das mache bekomme ich eine Fehlermeldung: 'geliefert Farbe ist weder numerisch noch Charakter". Kann nicht scheinen zu finden ein wird.
    InformationsquelleAutor Gabor Csardi
  2. 5

    Das problem ist, dass die Grafik ist sortiert nach simplify und die Antworten, die vector nicht zu.
    Möglicherweise gibt es einen einfacheren Weg, aber ich würde einfach Sortieren Sie Ihre Antworten-Tabelle: answers <-answers[order(answers[,1]),] vor der Einstellung V(g)$color <- ifelse(answers[V(g), 2] == 1, "blue", "red").

    Können Sie sehen, dass Ihre Grafik ist sortiert mit get.data.frame(g, what="vertices")

    Alternativ könnte man match die get.data.frame Namen (Hinweis, dass ich einen g zweimal. Aus irgendeinem Grund get.data.frame nicht schön spielen mit simplify. 

    answers <- read.csv("c:/answers2.csv",header=T)
data1<-read.csv('c:/edges2.csv')
data2<-graph.data.frame(data1, directed=FALSE)
g<-simplify(data2)
ordered.vertices <-get.data.frame(g, what="vertices")
g<-simplify(data2)
V(g)$color <- ifelse(answers[match(answers[,1],ordered.vertices$name), 2] == 1, "blue", "red")
plot(g, layout=layout.fruchterman.reingold, vertex.color=V(g)$color)

    Richtig Farbe vertices in R igraph

    • "Reparieren" Sie das layout, bevor Sie Ihren Anruf zu plot wie diese l <-layout.fruchterman.reingold(g). Ein plot-Aufruf wie der folgende wird dann halten das layout unverändert: plot(g, layout=l, vertex.color=V(g)$color)
    • Die Reihenfolge der vertices nach dem Aufruf simplify ist die gleiche wie für den ursprünglichen Graphen. Und die Reihenfolge ist willkürlich, in der aktuellen Implementierung entspricht der Reihenfolge, wie die vertices in der Liste der Kanten, wenn die vertices argument ist nicht gegeben, und die Reihenfolge, in der vertices, wenn es so ist.
    InformationsquelleAutor Pierre Lapointe
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