rufen Sie RMarkdown auf der Kommandozeile mit einem.R übergeben wird, eine Datei

Zusammenfassend, ich bin mit meinen script 'Graphen.R' für 'input_file1.txt" in RStudio zu erstellen, Rmd, die ich dann stricken zu html. Ich möchte diesen Prozess zu automatisieren, um mehr Dateien auf der Kommandozeile.

So weit, ich kann das Rscript für die Ausführung auf der Kommandozeile mit:

Rscript Graphen.R input_file1.txt

Ich weiß auch, dass ich schaffen kann ein .RMD-Datei mit:

Rscript -e rmarkdown::render(Graphen.R)

Allerdings würde ich gerne Folgendes tun:

Rscript -e rmarkdown::render('Graphs.R input_file1.txt', 'output_file.Rmd')

gibt es irgendwelche Ideen, wie dies zu tun?

  • Es ist nicht klar, was Sie zu tun versuchen. Was ist das Ergebnis des ersten Skript?
  • Graphen.R erstellen Sie Tabellen und Grafiken der Daten in 'input_file1.txt" zum Beispiel, kable(df) und einige bar-Graphen mit Tabellen eingefügt zu geben, zusammenfassende Statistiken für die Daten.
InformationsquelleAutor user1234579 | 2015-02-13
  1. 19

    Es ist nicht ganz klar, was Sie zu tun versuchen. Wie es scheint, Sie haben eine text-Datei, die konvertiert werden, ein Rmd durch ein R-Skript (warum ist es nicht nur eine Rmd, um mit zu beginnen?) und dann willst du zum Rendern der Rmd. Sie können tun dies, indem Sie diese Befehle im terminal:

    Rscript Graphs.R
Rscript -e "rmarkdown::render('output_file.Rmd')"

    Dem ersten Befehl wird das Graphs.R - Datei, die vermutlich erzeugt output_file.Rmd. Der zweite Befehl führt ein one-liner, die strickt output_file.Rmd in output_file.html.

    Wenn Sie möchten, Lesen Sie Befehl Linie Argumente in der R-Datei versuchen ?commandArgs.

    args <- commandArgs(trailingOnly = TRUE)

    Sehen das auch Stack Overflow Frage.

    InformationsquelleAutor Lincoln Mullen
Schreibe einen Kommentar