Running R-Befehle verwenden, ein bash-script
Habe ich die folgenden Befehle, die ich verwenden, um Grundstücke in R. Die Haupt-text-Datei ist cross_correlation.csv.
Wie kann ich es in bash-Skript so, dass wenn ich starten Sie es auf dem terminal, die die R-Befehle führen Ihre Arbeitsplätze und beenden Sie (wie alle anderen shell-Skripte).
cross_correlation <- read.table(file.choose(), header=F, sep="\t")
barplot(cross_correlation$V3)
dev.copy(png,"cc.png",width=8,height=6,units="in",res=100)
dev.off()
hist(cross_correlation$V3, breaks=15, prob=T)
dev.copy(png,"hist_cc.png",width=8,height=6,units="in",res=100)
dev.off()
mögliche Duplikate von Ausgeführt R-Skript von der Kommandozeile
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R CMD BATCH script.r
, also meiner Meinung nach ist es ein dupe.InformationsquelleAutor user2209882 | 2015-07-03
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Wenn Sie R installiert haben, sollten Sie das Programm
Rscript
installiert, die verwendet werden können, um die Ausführung von R-Skripten:So dass Sie können setzen Sie diese Zeile in einem bash-Skript:
Dies ist in der Regel die einfachste Methode zur Ausführung von R-Skripten in bash-Skripten.
Wenn Sie wollen, machen Sie das Skript ausführbar, so können Sie es durch Eingabe
./myscript.r
, müssen Sie herausfinden, wo IhreRscript
installiert ist durch Eingabe von:Dann Ihre
myscript.r
wird wie folgt AussehenDiese Methode ist, erklärte in diese Frage, die vielleicht auch Ihnen einige Anregungen geben.
#!/usr/bin/env Rscript
als die shebang-Zeile.Immer diese error./runr.sh Fehler: unerwartetes symbol in " cross_correlation <- read.Tabelle(Datei.choose(), header=F, sep="\t") cross_correlation.csv" - Ausführung gestoppt ./runr.sh: Zeile 12: Syntaxfehler in der Nähe unerwartetes token
(' ./runr.sh: line 12:
cross_correlation <- read.Tabelle(Datei.choose(), header=F, sep="\t")'Es war ein Fehler im Skript, ich habe es jetzt behoben.
Immer falsch @ dwcoder - Mein 'myscript.r"#! /usr/bin/Rscript cross_correlation <- read.Tabelle(Datei.choose(), header=F, sep="\t") cross_correlation.csv-barplot(cross_correlation$V3) dev.copy(png,"cc.png",width=8,height=6,units="in",res=100) abw.off() hist(cross_correlation$V3, breaks=15, prob=T) dev.copy(png,"hist_cc.png",width=8,height=6,units="in",res=100) abw.off()
InformationsquelleAutor dwcoder