Running R-Befehle verwenden, ein bash-script

Habe ich die folgenden Befehle, die ich verwenden, um Grundstücke in R. Die Haupt-text-Datei ist cross_correlation.csv.

Wie kann ich es in bash-Skript so, dass wenn ich starten Sie es auf dem terminal, die die R-Befehle führen Ihre Arbeitsplätze und beenden Sie (wie alle anderen shell-Skripte).

cross_correlation <- read.table(file.choose(), header=F, sep="\t")

barplot(cross_correlation$V3)
dev.copy(png,"cc.png",width=8,height=6,units="in",res=100)
dev.off()

hist(cross_correlation$V3, breaks=15, prob=T)
dev.copy(png,"hist_cc.png",width=8,height=6,units="in",res=100)
dev.off()
mögliche Duplikate von Ausgeführt R-Skript von der Kommandozeile
Ich war zu empfehlen R CMD BATCH script.r, also meiner Meinung nach ist es ein dupe.

InformationsquelleAutor user2209882 | 2015-07-03

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    Wenn Sie R installiert haben, sollten Sie das Programm Rscript installiert, die verwendet werden können, um die Ausführung von R-Skripten:

    Rscript myscript.r

    So dass Sie können setzen Sie diese Zeile in einem bash-Skript:

    #!/bin/bash

Rscript myscript1.r
Rscript myscript2.r
# other bash commands

    Dies ist in der Regel die einfachste Methode zur Ausführung von R-Skripten in bash-Skripten.

    Wenn Sie wollen, machen Sie das Skript ausführbar, so können Sie es durch Eingabe ./myscript.r, müssen Sie herausfinden, wo Ihre Rscript installiert ist durch Eingabe von:

    which Rscript
# /usr/bin/Rscript

    Dann Ihre myscript.r wird wie folgt Aussehen

    #!/usr/bin/Rscript

cross_correlation <- read.table(file.choose(), header=F, sep="\t")

barplot(cross_correlation$V3)
dev.copy(png,"cc.png",width=8,height=6,units="in",res=100)
dev.off()

hist(cross_correlation$V3, breaks=15, prob=T)

dev.copy(png,"hist_cc.png",width=8,height=6,units="in",res=100)
dev.off()

    Diese Methode ist, erklärte in diese Frage, die vielleicht auch Ihnen einige Anregungen geben.

    Sie können auch #!/usr/bin/env Rscript als die shebang-Zeile.
    Immer diese error./runr.sh Fehler: unerwartetes symbol in " cross_correlation <- read.Tabelle(Datei.choose(), header=F, sep="\t") cross_correlation.csv" - Ausführung gestoppt ./runr.sh: Zeile 12: Syntaxfehler in der Nähe unerwartetes token (' ./runr.sh: line 12: cross_correlation <- read.Tabelle(Datei.choose(), header=F, sep="\t")'
    Es war ein Fehler im Skript, ich habe es jetzt behoben.
    Immer falsch @ dwcoder - Mein 'myscript.r"#! /usr/bin/Rscript cross_correlation <- read.Tabelle(Datei.choose(), header=F, sep="\t") cross_correlation.csv-barplot(cross_correlation$V3) dev.copy(png,"cc.png",width=8,height=6,units="in",res=100) abw.off() hist(cross_correlation$V3, breaks=15, prob=T) dev.copy(png,"hist_cc.png",width=8,height=6,units="in",res=100) abw.off()

    InformationsquelleAutor dwcoder

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