Schmerzfreie Art und Weise zu installieren, eine neue version von R?

Nur der Vollständigkeit halber, es gibt einige Möglichkeiten, um zu verhindern, dass Sie mit diesem problem. Wie Dirk schon sagte, speichern die Pakete in einem anderen Verzeichnis auf Ihrem computer.

install.packages("thepackage",lib="/path/to/directory/with/libraries")

Können Sie die Standardeinstellung ändern .Library Wert mit der Funktion .libPaths zu

.libPaths("/path/to/directory/with/libraries")

Dadurch wird dieser Pfad als ersten Wert in der .Library Variablen, und stellen Sie es als Standard.

Wenn Sie möchten, dies zu automatisieren können Sie weitere, geben Sie dies in die Rprofile.site-Datei, die Sie finden in der /etc/Verzeichnis der R bauen. Dann wird es automatisch geladen, jedes mal, wenn R Lasten, und Sie nicht haben, um über sorgen mehr. Sie können einfach installieren und laden Pakete aus dem angegebenen Verzeichnis.

Schließlich habe ich einige kleine code in meiner Rprofile.Seite, die mir neu zu installieren, alle Pakete, wenn ich installieren eine neue R-version. Sie müssen nur die Liste bis vor Sie ein update auf die neue R-version. Ich, dass die Verwendung eines .RData-Datei enthält eine aktualisierte Liste mit allen Paketen.

library(utils)

## Check necessary packages
load("G:\Setinfo\R\packagelist.RData") # includes a vector "pkgs"
installed <- pkgs %in% installed.packages()[, 'Package']
if (length(pkgs[!installed]) >=1){
  install.packages(pkgs[!installed])
}

Ich die packagelist.RData durch die Angabe .Last() in meinem Rprofile.Website. Dies aktualisiert die Paket-Liste auf, wenn ich einige installiert :

.Last <- function(){
  pkgs <- installed.packages()[,1]
  if (length(pkgs) > length(installed)){
    save(pkgs,file="G:\Setinfo\R\packagelist.RData")
  }
}

Wenn ich installieren eine neue R-version, ich fügen Sie einfach die Elemente, die die Rprofile.site-Datei und alle Pakete neu installiert werden. Ich habe zum einstellen der Rprofile.Website trotzdem (unter Verwendung Summe Kontraste, indem die zusätzliche code für Tinn-R diese Dinge), so ist es nicht wirklich zusätzliche Arbeit. Es braucht nur zusätzliche Zeit bei der Installation alle Pakete neu.

Dieses Letzte Stück ist äquivalent zu dem, was gegeben ist, in der ursprünglichen Frage als eine Lösung. Ich weiß einfach nicht brauchen, um darum, die "installiert" - Liste.

Wieder, das funktioniert nicht makellos, wenn Sie die Pakete, die nicht installiert sind von CRAN. Aber dieser code ist einfach erweiterbar, um auch diese zu.

InformationsquelleAutor Joris Meys

Zwei Vorschläge:

1. Verwenden Gabors batchfiles, die sagte zu umfassen tools helfen mit z.B. bulk-Bibliothek-Umzüge. Caveat: ich habe Sie nicht genutzt.

2. Nicht installieren Bibliotheken im "Dateibaum" der installierte R version. Auf Windows, ich kann R in C:/opt/R/R-$ - version, aber alle Bibliotheken in C:/opt/R/library/verwenden Sie den folgenden Codeausschnitt, wie es lindert das problem in den ersten Platz:

$ cat .Renviron         # this is using MSys/MinGW which looks like Cygwin  
## Example .Renviron on Windows    
R_LIBS="C:/opt/R/library"

InformationsquelleAutor Dirk Eddelbuettel

Hinblick auf die Lösung gegeben in der Frage, könnte es nicht einfach sein, führen Sie Ihre ältere version von R, wenn Sie bereits installiert die neue version. In diesem Fall können Sie immer noch installieren Sie alle fehlenden Pakete von der bisherigen R-version wie folgt.

# Get names of packages in previous R version
old.packages <- list.files("/Library/Frameworks/R.framework/Versions/3.2/Resources/library")

# Install packages in the previous version. 

# For each package p in previous version...
    for (p in old.packages) {
      # ... Only if p is not already installed
      if (!(p %in% installed.packages()[,"Package"])) {
        # Install p 
        install.packages(p) 
      }
    }

(Beachten Sie, dass das argument list.files() in der ersten Zeile der code sollte den Pfad zum library-Verzeichnis für die bisherigen R-version, wo alle Ordner die Pakete der vorherigen version sind. In meinem aktuellen Fall ist dies "/Library/Frameworks/R.framework/Versions/3.2/Resources/library". Das wird anders werden, wenn Ihre bisherigen R-version ist nicht 3.2, oder wenn Sie auf Windows).

Den if - Anweisung stellt sicher, dass ein Paket nicht installiert, wenn

• Es ist bereits installiert, der die neue R-version, oder
• Wurde installiert, als eine Abhängigkeit von einem Paket installiert, die in einer vorherigen iteration der for Schleife.

InformationsquelleAutor Raffaele Vacca

Zwei Optionen:

1. Umzusetzen, meine Antwort hier
2. Wenn Sie R unter Eclipse mit StatET, öffnen Run Configurations, klicken Sie auf Konsole Registerkarte und in der box genannt R-snippet ausführen nach dem Start fügen Sie diese Zeile mit deiner Wahl von Verzeichnis: .libPaths("C:/R/library")

InformationsquelleAutor Fred

Akzeptierte Antwort könnte funktionieren, wenn man die Voraussicht, hatte ich aber schon losgeworden sind von der alten version so war nicht in der Lage, befolgen Sie diese Anweisungen.
Die unten beschriebenen Schritte arbeitete für OSX Upgrade von 2.1 und 3.1.

AKTUALISIERT: Um das Verzeichnis für die Letzte version (anstatt in 3.1 oder 3.2) Sie können die weiter unten genannten Befehle. Der zweite wandelt direkt an die R-variable, überspringen . und .. und .DS_Store verwenden:

OLD=$(ls -d /Library/Frameworks/R.framework/Versions/*.* |tail -n 2 | head -n 1)Resources/library/
echo "packages = c(\"`ls $OLD | tail +4| paste -s -d ',' - | sed -E 's|,|\",\"|'g`\")" | tr -d "/" 

(Add |pbcopy zu Ende, um es zu kopieren direkt auf Ihrem Mac-Zwischenablage)

Dann innerhalb R können Sie fügen Sie die variable, die erzeugt wird. Sobald das definiert ist in der neuen version von R, können Sie eine Schleife durch die installierten Pakete aus den oben genannten Anweisungen...

for (p in setdiff(packages, installed.packages()[,"Package"]))
   install.packages(p, dependencies=TRUE, quiet=TRUE, ask=FALSE)

InformationsquelleAutor beroe

linux + bash + debian + apt Benutzer:

1. Wenn Sie die Installation/das Upgrade auf die neueste version von R haben, dann können wir davon ausgehen, dass Sie root Berechtigungen. (Nicht notwendig, macht den Prozess viel einfacher, für die Konsistenz der folgende Skript verwendet sudo für alle installiert.)
   Als die R Pakete sind auch installiert root ist es daher zulässig, diese im /usr/local/.

2. Den Aufruf curl unterhalb davon ausgegangen, dass Sie bereits daran interessiert, die sid release von R die neuesten instabil version (erforderlich beim erstellen/prüfen R - Paket), d.h.

   cat /etc/apt/sources.list | grep 'sid' || exit 1

   obwohl dies könnte leicht ersetzt werden durch eine aktuelle stable-release z.B. buster.

3. Beachten Sie, dass ich bin nicht Verwendung eines Schlüssel wie in der Regel empfohlen. Dies ist nicht wesentlich, besonders wenn (wie im Skript folgt) installieren wir die Pakete innerhalb R selbst (Rscript -e unten). Auch diese Tasten haben eine Tendenz zu brechen/ändern alle paar Jahre. Also, Sie sind natürlich willkommen, fügen Sie die folgende Vorwort zu der Datei R.sh folgt:

   sudo apt-key adv --keyserver keyserver.ubuntu.com \
--recv-keys E298A3A825C0D65DFD57CBB651716619E084DAB9

4. Den array von R Pakete ist eindeutig nicht erschöpfend, sondern gibt einige Beispiele, die ich persönlich nützlich finde. Eine frische Installation/upgrade mit der debian Paket r-empfohlen, wie unten, sollten die neueste version von alle dem standard "empfohlen" - Pakete (z.B. survival). Ich glaube, es kann eine leichte Verzögerung zwischen einem CRAN-release und ein update zu den relevanten debian Paket. So möchten Sie vielleicht fügen Sie einige von diesen zu den array unten, wenn die neueste version von ein 'empfohlen' R Paket ist wichtig.

5. Den debian Pakete installiert im Prozess, die unten sind auch weder wesentliche (für die Verwendung r-base) noch erschöpfend, bieten jedoch ein Nein. der 'add-ons', die wichtig sind für einen angemessenen nicht. der R Pakete.

Sowieso... platzieren Sie die folgenden in R.sh:

sudo apt update && sudo apt --yes full-upgrade
sudo apt install --yes libappstream4 curl
### ov1 = online version; lv1 = local version (i.e. currently installed)
ov1=$(curl --silent --url https://packages.debian.org/sid/r-base |
    grep 'meta name=\"Keywords\"' |
    grep --only-matching '[0-9].*[0-9]') ; echo $ov1
## command -v = print a description of COMMAND similar to the `type' builtin
## && = if prior command succeeds, then do; || = if prior fails, then do
command -v 'R --version' &&
    lv1=$(R --version |
              grep --only-matching '[0-9\.]*[0-9]' |
              ## || = otherwise
              head -1) ||
        lv1=0
## 'lt' = less than
if dpkg --compare-versions "$lv1" 'lt' "$ov1" 
then ## declare -a = indexed array
     declare -a deb1=('r-base' 'r-base-dev' 'r-recommended')
     for i in "${deb1[@]}"
     do sudo apt install --yes "$i"
     done
fi
### certain Debian packages are required by 'R' so best have these first
sudo apt install --yes ccache libcairo2-dev libxml2-dev libcurl4-openssl-dev \
     libssl-dev liblapack-dev libssl-dev
declare -a pkg1=('data.table' 'ggplot2' 'knitr' 'devtools' 'roxygen2')
## installing as 'root' so these are installed in
Rscript -e ".libPaths()[1]"
for i in "${pkg1[@]}"
do sudo Rscript -e "install.packages('$i', dependencies=TRUE)"
done
### other useful additions
sudo apt install --yes libblas-dev libboost-dev libarmadillo-dev \
     jags pandoc pandoc-citeproc 
sudo apt update && sudo apt full-upgrade

Dann ausgeführt wird, z.B. unter der Annahme, die im Verzeichnis bereits: source R.sh.

Pakete installieren (ob debian oder R) one-by-one in einer Schleife aus der Schale ist etwas ineffizient, aber es ermöglicht eine einfachere Rückverfolgung der Fehler, IMHO. Kann einige Zeit dauern, abhängig von der no. der R Pakete, also vielleicht am einfachsten, lassen Sie über Nacht laufen...

InformationsquelleAutor dardisco