So Berechnen Sie den Schwerpunkt in python

Ich bin Anfänger in python Programmieren. Ich arbeite über strukturelle Koordinaten. Ich habe die pdb-Struktur, die xyz-Koordinaten (die letzten drei col)

ATOM      1  N   SER A   1      27.130   7.770  34.390    
ATOM      2  1H  SER A   1      27.990   7.760  34.930     
ATOM      3  2H  SER A   1      27.160   6.960  33.790    
ATOM      4  3H  SER A   1      27.170   8.580  33.790    
ATOM      5  CA  SER A   1      25.940   7.780  35.250    
ATOM      6  CB  SER A   1      25.980   9.090  36.020    
ATOM      7  OG  SER A   1      26.740  10.100  35.320    
ATOM      8  HG  SER A   1      26.750  10.940  35.860    
ATOM      9  C   SER A   1      24.640   7.790  34.460    
ATOM     10  O   SER A   1      24.530   8.510  33.500    
ATOM     11  N   CYS A   2      23.590   7.070  34.760    
ATOM     12  H   CYS A   2      23.590   6.550  35.610    
ATOM     13  CA  CYS A   2      22.420   7.010  33.900    
ATOM     14  CB  CYS A   2      21.620   5.760  34.270    
ATOM     15  SG  CYS A   2      22.480   4.210  33.970    
ATOM     16  C   CYS A   2      21.590   8.220  34.040    
ATOM     17  O   CYS A   2      21.370   8.690  35.160

Ich habe 1000 Atomen in meiner Struktur.
Ich habe zwei Abfragen.

Wie kann ich berechnen Sie den Schwerpunkt von der Struktur von xyz-Koordinaten.
Vom Schwerpunkt möchte ich zum zeichnen einer Kugel mit radius 20cm.

I try this


from __future__ import division
import math as mean
import numpy as nx
from string import*


infile = open('file.pdb', 'r')           #open my file
text1 = infile.read().split('\n')
infile.close()

text = []
for i in text1:
if i != '':
    text.append(i)

for j in text:
x1 = eval(replace(j[30:38], ' ', ''))         #extract x-coordinate
y1 = eval(replace(j[38:46], ' ', ''))         #extract y-coordinate
z1 = eval(replace(j[46:54], ' ', ''))         #extract z-coordinate

idcord = []
idcord.append(x1); idcord.append(y1); idcord.append(z1)

centroid = nx.mean(idcord)
print centroid

gibt es den Schwerpunkt jedes atom (xyz)
ich brauche ein zentraler Punkt
wie??????

Bitte zeigen, was du versucht hast und dass Sie mindestens blickte Schwerpunkt auf wikipedia.
Sagen Sie, dass die Berechnung der "Schwerpunkt" ist nur der Durchschnitt der X -, Y-und Z-Koordinaten? Oder tun die Punkte haben in der Masse als auch?
ja, Sie haben Masse sowie

InformationsquelleAutor awanit | 2013-09-10

10

Zunächst ein einfacher Weg, um Lesen Sie Ihre Datei mit numpy ist genfromtxt Funktion. Sie brauchen nicht zu importieren string, und Sie brauchen nicht, um eine Schleife durch alle Zeilen und anfügen von text-oder zählen Sie die Zeichen.
```
from __future__ import division
import numpy as nx

data = nx.genfromtxt('file.pdb')
```
Dann, in den letzten drei Spalten kann auch Sie zugegriffen werden wie:
```
data[:, -3:]
```
Wo die ersten : bedeutet "alle Zeilen", und -3: Mittel aus der Dritten-der letzten Spalte der letzten Spalte.

So, Sie im Durchschnitt können Sie als solche:
```
nx.mean(data[:,-3:], axis=0)
```
wo die axis=0 argument sagt nx.mean auf den Durchschnitt entlang der ersten (0th- Achse). Es sieht wie folgt aus:
```
In : data[:,-3:]
Out: 
array([[ 27.13,   7.77,  34.39],
       [ 27.99,   7.76,  34.93],
       [ 27.16,   6.96,  33.79],
       [ 27.17,   8.58,  33.79],
       [ 25.94,   7.78,  35.25],
       [ 25.98,   9.09,  36.02],
       [ 26.74,  10.1 ,  35.32],
       [ 26.75,  10.94,  35.86],
       [ 24.64,   7.79,  34.46],
       [ 24.53,   8.51,  33.5 ],
       [ 23.59,   7.07,  34.76],
       [ 23.59,   6.55,  35.61],
       [ 22.42,   7.01,  33.9 ],
       [ 21.62,   5.76,  34.27],
       [ 22.48,   4.21,  33.97],
       [ 21.59,   8.22,  34.04],
       [ 21.37,   8.69,  35.16]])

In : np.mean(data[:,-3:], axis=0)
Out: array([ 24.74647059,   7.81117647,  34.64823529])
```
Einige andere Dinge:

1) entfernen Sie diese Zeile: import math as mean, denen die Einfuhr der gesamten math Modul und benennt es mean. Was Sie gedacht war from math import mean die Einfuhren der mean Funktion aus der math Modul. Aber in Ihrem code, den Sie am Ende mit der math Funktion aus der numpy (nx) Modul sowieso, so dass Sie nie die math version.

2) dein loop ist nicht eingerückt, was bedeutet, dass Sie entweder falsch eingefügt in StackOverflow, oder deine Schleife ist falsch eingerückt. Möglicherweise, das ist, was dein code tatsächlich aussieht:
```
for j in text:
    x1 = eval(replace(j[30:38], ' ', ''))         #extract x-coordinate
    y1 = eval(replace(j[38:46], ' ', ''))         #extract y-coordinate
    z1 = eval(replace(j[46:54], ' ', ''))         #extract z-coordinate

    idcord = []
    idcord.append(x1); idcord.append(y1); idcord.append(z1)

    centroid = nx.mean(idcord)
    print centroid
```
Aber das problem ist, dass idcord wird eine leere Liste jeder, wenn die Schleife durchläuft, und ein neuer Schwerpunkt berechnet wird, für jedes Partikel. Sie brauchen noch nicht einmal den loop, wenn Sie die Daten importieren-Datei alle auf einmal, wie oben. In der Tat, Ihre gesamten code:
```
from __future__ import division
import numpy as nx

data = nx.genfromtxt('file.pdb')
nx.mean(data[:,-3:], axis=0)
```
Dank askewchan zu erklären, jeder Punkt. Die genfromtxt ist wirklich gut. Ich nie dies vor. Ich bin selbst Anfänger. Von denen ich lernen kann, diesen Kram.
Sie sind herzlich willkommen! Das beste, was zu tun ist weiterhin auf der Suche/Fragen auf Stack-Overflow, um sicherzustellen, dass Sie die Dinge auf die beste Art und Weise. Für die numerische Dinge, Lesen Sie diese numpy tutorial.

InformationsquelleAutor askewchan
1

versuchen, diese
```
import numpy as nx
X = nx.rand(10,3)   # generate some number
centroid = nx.mean(X)
print centroid
```
Ich habe versucht, diese. dies funktioniert, aber es gibt den Schwerpunkt jedes atom einzeln.
dies zu tun, jedes atom einzeln, wenn du diese in einer Schleife. Wenn Sie es tun, auf alle Atome zusammen, es wird Ihnen die Summe zu bedeuten, was da eine single-float (einschließlich den Mittelwert der x -, y-und z-Werte).

InformationsquelleAutor lsb123

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