So zu mischen, dass Entity Framework mit Web-API

Wenn Sie einen Blick auf die offizielle Kontakt-Manager-Beispiel, werden Sie feststellen, dass das Repository-Muster wird verwendet, um den Zugriff auf die Daten-Schicht.
Auch ist zu beachten, dass in diesem besonderen Beispiel gibt es auch DI via Ninject.

In meinem Fall hab ich einfach eingesteckt, diese auf einem bereits vorhandenen EF-Modell.

Hier ist ein Beispiel für eine repository-Implementierung

///MODEL
public class SampleRepository : ISampleRepository
{

    public IQueryable<Users> GetAll()
    {
        SampleContext db = new SampleContext();
        return db.users;
    }

    [...]
}

///CONTROLLER
private readonly ISampleRepository repository;

public SampleController(ISampleRepository repository)
{
    this.repository = repository;
}

//GET /data
public class SampleController : ApiController
{
    public IEnumerable<DataDTO> Get()
    {
        var result = repository.GetAll();

        if (result.Count > 0)
        {
            return result;
        }


        var response = new HttpResponseMessage(HttpStatusCode.NotFound);
        response.Content = new StringContent("Unable to find any result to match your query");
        throw new HttpResponseException(response);
    }
}

Kann Ihre Laufleistung variieren, obwohl, und möchten Sie vielleicht zu Abstrakt, einige dieser Daten auch weiter.
Die gute Nachricht ist, dass viele Muster und Ideen, die Sie möglicherweise bereits auf MVC-basierte Projekte sind noch gültig.