Speichern der Ausgabe einer for-Schleife in Datei

Ich habe eine Datei geöffnet mit blast-Ergebnisse ausgedruckt, die zuvor im fasta-format auf den Bildschirm.

Der code sieht so aus:

result_handle = open("/Users/jonbra/Desktop/my_blast.xml")

from Bio.Blast import NCBIXML
blast_records = NCBIXML.parse(result_handle)
blast_record = blast_records.next()
for alignment in blast_record.alignments:
    for hsp in alignment.hsps:
        print '>', alignment.title
        print hsp.sbjct

Dieser gibt eine Liste von fasta-Dateien auf dem Bildschirm.
Aber wie kann ich eine Datei erstellen und speichern Sie die fasta-Ausgabe zu dieser Datei?

Update: ich glaube, ich würde zu ersetzen, die print-Anweisungen innerhalb der Schleife mit etwas.schreiben(), aber wie wird das '>',, - Ausrichtung.Titel, die wir geschrieben???

InformationsquelleAutor Jon | 2009-11-05

7

Erstellen Sie zunächst ein file-Objekt:
```
f = open("myfile.txt", "w") # Use "a" instead of "w" to append to file
```
Können Sie in eine Datei drucken Objekt:
```
print >> f, '>', alignment.title
print >> f, hsp.sbjct 
```
Oder schreiben Sie an:
```
f.write('> %s\n' % (alignment.title,))
f.write('%s\n' % (hsp.sbjct,))
```
Können Sie schließen Sie es, nett zu sein:
```
f.close()
```
alle Operationen nach dem öffnen der Datei gewrappt werden mit try ... finally-um sicherzustellen, dass die Datei wird korrekt geschlossen
In einem lang andauernden Prozess, ja, in einem einfachen Skript ist es egal, wie die Dateien werden geschlossen, wenn das Skript beendet wird.

InformationsquelleAutor truppo

Sowas

with open("thefile.txt","w") as f
  for alignment in blast_record.alignments:
    for hsp in alignment.hsps:
      f.write(">%s\n"%alignment.title)
      f.write(hsp.sbjct+"\n")

lieber nicht verwenden print >> als das nicht mehr funktioniert in Python ist3

InformationsquelleAutor John La Rooy

können Sie with statement um sicherzustellen, dass die Datei geschlossen

from __future__ import with_statement

with open('/Users/jonbra/Desktop/my_blast.xml', 'w') as outfile:
    from Bio.Blast import NCBIXML
    blast_records = NCBIXML.parse(result_handle)
    blast_record = blast_records.next()
    for alignment in blast_record.alignments:
        for hsp in alignment.hsps:
            outfile.write('>%s\n%s\n' % (alignment.title, hsp.sbjct))

oder verwenden Sie try ... finally

outfile = open('/Users/jonbra/Desktop/my_blast.xml', 'w')
try:
    from Bio.Blast import NCBIXML
    blast_records = NCBIXML.parse(result_handle)
    blast_record = blast_records.next()
    for alignment in blast_record.alignments:
        for hsp in alignment.hsps:
            outfile.write('>%s\n%s\n' % (alignment.title, hsp.sbjct))
finally:
    outfile.close()

InformationsquelleAutor Victor Kotseruba

Gibt es generell zwei Ansätze. Außerhalb von python:

python your_program.py >output_file.txt

Oder innerhalb von Python:

out = open("output_file.txt", "w")
for alignment in blast_record.alignments:
    for hsp in alignment.hsps:
        print >>out, '>', alignment.title
        print >>out, hsp.sbjct
out.close()

InformationsquelleAutor Greg Hewgill

aus irgendeinem Grund den code oben gepostet von OP hat bei mir nicht funktioniert.. ich ein bisschen modifiziert

from Bio.Blast import NCBIXML
f = open('result.txt','w')
for record in NCBIXML.parse(open("file.xml")) :
    for alignment in record.alignments:
        for hsp in alignment.hsps:
            f.write(">%s\n"%alignment.title)
            f.write(hsp.sbjct+"\n")

InformationsquelleAutor user3224522

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