Tag: biopython
Biopython ist eine Reihe von frei verfügbaren tools für die biologische Berechnung in Python geschrieben.
Mit Biopython (Python) zu extrahieren Sequenz aus der FASTA-Datei
2 Antworten
Ok, also muss ich extrahieren, die Teil einer Sequenz aus einer FASTA-Datei mit python (biopython, http://biopython.org/DIST/docs/tutorial/Tutorial.html) Ich brauche, um die ersten 10 Basen von jeder Sequenz und setzen Sie Sie in einer Datei, die Erhaltung der Reihenfolge-info
Warum nicht auch python finden Sie einige Module, wenn ich laufen CGI-Skripte aus dem web?
3 Antworten
Ich habe keine Ahnung, was das problem sein könnte hier: Ich habe einige Module von Biopython, die ich importieren kann leicht bei Verwendung der interaktiven Eingabeaufforderung oder ausführen von python-Skripts über die Befehlszeile. Das problem ist, wenn
Wie konvertiere ich die drei-Buchstaben-Aminosäure-codes zu einem Buchstaben-code mit python-oder R?
11 Antworten
Habe ich eine fasta-Datei, wie unten gezeigt. Ich möchte konvertieren, die drei-Buchstaben-codes zu einem Buchstaben-code. Wie kann ich das mit python oder R? >2ppo ARGHISLEULEULYS >3oot METHISARGARGMET gewünschte Ausgabe >2ppo RHLLK >3oot MHRRM Ihre Vorschläge würden geschätzt!!
Wie nennen-Modul geschrieben mit argparse in iPython notebook
5 Antworten
Ich versuche mich zu übergeben BioPython-Sequenzen zu Ilja Stepanov Umsetzung von Ukkonen ' s suffix-Baum-Algorithmus in iPython-notebook-Umgebung. Ich bin stolpern auf der argparse-Komponente. Habe ich nie zu tun hatte, die direkt mit argparse vor. Wie kann ich
Rückgabe außerhalb der Funktion
3 Antworten
Hii ich erhalte die folgende Fehlermeldung in Biopython: 'return' außerhalb der Funktion (mit dem Namen.. Zeile 26) Unten ist der code von myfile BITTE HELFEN SIE # File Name RandonProteinSequences.py # standard library import os import random
Wie setze ich den PYTHONPATH auf Cygwin?
2 Antworten
In der Biopython-installation die Anweisungen, heißt es, dass, wenn Biopython funktioniert nicht ich bin, dies zu tun: export PYTHONPATH = $PYTHONPATH':/Verzeichnis/wo/du/put/Biopython' Ich habe versucht zu tun, dass in Cygwin aus dem ~ Verzeichnis mit dem Namen des
Reverse Komplement der DNA-Strang mit Python
5 Antworten
Ich habe eine DNA-Sequenz erhalten und möchte das reverse Komplement der es mit Python. Es ist in einer der Spalten einer CSV-Datei und ich würde gerne schreiben das reverse Komplement zu einer anderen Spalte in der gleichen
Wie findet man einen open-reading-frame in Python
2 Antworten
Bin ich mit Python und einem regulären Ausdruck zu finden, eine ORF (open reading frame). Finden Sie einen sub-string-ein string, der zusammengesetzt ist, die NUR aus den Buchstaben ATGC (keine Leerzeichen oder neue Zeilen): Beginnt mit ATG,
Wie man eine Klasse in Python-Shell neu zu laden?
6 Antworten
Wenn ich ein Modul importieren der Definition einer Klasse mit dem gleichen Namen gehören zu einem Paket, ist es importiert, als eine Klasse, nicht ein Modul, weil der __init__.py des übergeordneten Pakets. Sehen unterschiedliche Ergebnisse in verschiedenen
Wie kann ich ein Bild aus einer Datei in Jupyter Notebook anzeigen?
7 Antworten
Möchte ich ein IPython notebook als ein Weg, um interaktiv analysieren einige Genom-Diagramme mache ich mit Biopython ist GenomeDiagram Modul. Während es eine umfangreiche Dokumentation auf, wie Sie mit matplotlib um Grafiken inline in IPython notebook, GenomeDiagram