Tag: dendrogram
Ein das dendrogramm (oder Baumdiagramm) ist ein Diagramm zum darstellen von Beziehungen in hierarchischen clustering.
Zeichnung heatmap mit das dendrogramm zusammen mit Beispiel-Etiketten
2 Antworten
Mithilfe der heatmap Funktion made4 ich aus dieser heatmap das dendrogramm aus der Beispiel-Datei: data(khan) heatplot(khan$train[1:30,], lowcol="blue", highcol="red") Wie kann ich ein panel von Etiketten für die Proben am Rand der heatmap, wie Sie in dieser Abbildung?
Reibungslosen übergang zwischen Baum -, cluster -, radial-Baum -, radial-und cluster-layouts
2 Antworten
Für ein Projekt, ich brauche, um interaktiv ändern hierarchische Daten-layout-Visualisierung - ohne änderung der zugrunde liegenden Daten zu löschen. Die layouts zum schalten zwischen selbst sollten Baum -, cluster -, radial-Baum -, und radial-cluster. Und der übergang
Ändern Sie das dendrogramm lässt
3 Antworten
Möchte ich ändern Sie die Eigenschaften der Blätter in das dendrogramm produziert von plot des hclust-Objekt. Minimal, ich will die Farben ändern, aber jede Hilfe, die Sie bereitstellen können, werden sehr geschätzt. Ich habe versucht in google
Schneiden SciPy hierarchisch in Clustern das dendrogramm über einem Schwellenwert
2 Antworten
Ich versuche, SciPy ist dendrogram Methode zu schneiden, meine Daten in eine Anzahl von Clustern, die basierend auf einem Schwellenwert. Jedoch, sobald ich eine das dendrogramm und abrufen der color_list, es ist ein fehlender Eintrag in der
Wie vergleichen Sie die "ähnlichkeit" zwischen zwei dendrogramms (in R)?
6 Antworten
Habe ich zwei dendrogramms, die möchte ich miteinander vergleichen, um herauszufinden, wie "ähnlich" Sie sind. Aber ich kenne keine Methode, dies zu tun (geschweige denn einen code um es zu implementieren, sagen wir, in R). Führt ?
Grundstück das dendrogramm mit sklearn.AgglomerativeClustering
4 Antworten
Ich versuche zu bauen, das dendrogramm mit der children_ - Attribut zur Verfügung gestellt von AgglomerativeClustering, aber bisher bin ich aus Glück. Ich kann nicht mit scipy.cluster seit agglomerative clustering in scipy fehlen einige Optionen, die mir
Extrahieren von Cluster von seaborn clustermap
2 Antworten
Ich bin mit der seaborn clustermap zum erstellen von Clustern und visuell funktioniert es Super (diese Beispiel produziert sehr ähnliche Ergebnisse). Aber ich habe Schwierigkeiten, herauszufinden, wie programmgesteuert zu extrahieren, die Cluster. Zum Beispiel, in dem Beispiel-link,
So erstellen Sie eine das dendrogramm mit farbigen Zweigen?
3 Antworten
Ich würde gern ein das dendrogramm in R die äste des Baumes, wie unten gezeigt. Bisher verwendete ich folgende Befehle zum erstellen einer standard-das dendrogramm: d <- dist(as.matrix(data[,29])) # find distance matrix hc <- hclust(d) # apply
Heatmap der Microarray-Daten mittels Pearson Entfernung
1 Antworten
Ich habe versucht, Sie zum erzeugen einer heatmap in der R für einige microarray-Daten und zum größten Teil erfolgreich produzieren, basierend auf dem online-Unterricht, aber es tut nicht genau das, was ich will. Was ich möchte ist,
Agglomerative Clustering in Matlab
2 Antworten
Ich habe einen einfachen 2-dimensionalen Datensatz, ich möchte cluster in eine agglomerative Art und Weise (nicht zu wissen, die optimale Anzahl von Clustern zu verwenden). Der einzige Weg, ich habe in der Lage, cluster-meine Daten erfolgreich ist,
Wie kann ich manuell einen das dendrogramm (oder "hclust" -) Objekt ? (in R)
2 Antworten
Ich habe das dendrogramm, die mir gegeben, als Bilder. Da es nicht sehr groß, ich kann es konstruieren "von hand" in ein R-Objekt. Also meine Frage ist wie kann ich manuell einen das dendrogramm (oder "hclust" -)
das dendrogramm horizontal in R mit Etiketten
2 Antworten
Ich versuche zu zeichnen das dendrogramm aus der hclust Funktion Ausgang. Ich hoffe, dass die das dendrogramm horizontal angeordnet statt die Standard -, die können Sie erhalten, indem Sie (zum Beispiel) require(graphics) hc <- hclust(dist(USArrests), "ave") plot(hc)
Beschriftung und Farbe Blatt das dendrogramm
2 Antworten
Ich versuche zu erstellen das dendrogramm, waren meine Proben haben 5 Gruppe-codes (act als Beispiel-name/Art/usw aber seine repetitive). Also, ich habe zwei Fragen, eine Hilfe wird groß sein: Wie kann ich die Gruppe-codes in leaf label (anstelle
wie zu zeichnen und mit Anmerkungen versehen von hierarchischen clustering-dendrogramms in scipy/matplotlib
2 Antworten
Ich bin mit dendrogram aus scipy Grundstück hierarchischen clustering mit matplotlib wie folgt: mat = array([[1, 0.5, 0.9], [0.5, 1, -0.5], [0.9, -0.5, 1]]) plt.subplot(1,2,1) plt.title("mat") dist_mat = mat linkage_matrix = linkage(dist_mat, "single") print "linkage2:" print linkage(1-dist_mat,
sklearn agglomerative Clustering-Verknüpfungsmatrix
2 Antworten
Ich versuche zu zeichnen, complete-link scipy.cluster.Hierarchie.das dendrogrammund ich fand, dass scipy.cluster.Hierarchie.Verknüpfung ist langsamer als sklearn.AgglomerativeClustering. Jedoch sklearn.AgglomerativeClustering nicht wieder der Abstand zwischen Clustern und die Anzahl der original-Beobachtungen, die scipy.cluster.hierarchy.dendrogram muss. Gibt es eine Möglichkeit, Sie zu
scipy Verbindungsformat
3 Antworten
Ich geschrieben habe, meine eigenen clustering-routine und würde gerne erzeugen ein das dendrogramm. Der einfachste Weg, dies zu tun wäre die Verwendung von scipy das dendrogramm Funktion. Allerdings erfordert dies die Eingabe im gleichen format, das von
Wie man Dendrogramme mit großen Datensätzen plant?
2 Antworten
Ich bin mit ape (Analyse von Phylogenie und Evolution) package in R, hat das dendrogramm zeichnen von Funktionen. Ich benutze folgende Befehle zum Lesen der Daten in Newick-format, und zeichnen Sie ein das dendrogramm mit der plot-Funktion: