'Unexpected end of file "oder" error importing function definition " - Fehler shellscript mit qsub

Habe ich Folgendes shellscript:

#!/bin/sh
cd /sw/local/bin/
export LD_LIBRARY_PATH=/sw/local/lib:/usr/local/Trolltech/Qt-4.7.2/lib:$LD_LIBRARY_PATH
./FeatureFinderRaw -in /homes/JG-C1-18.mzML -out /homes/test_remove_after_use.featureXML -threads 20

Es funktioniert, wenn ich es aus meiner eigenen Kommando-Zeile, aber wenn ich versuche zu tun:

qsub -q ningal.q -cwd -V -o /homes/queue.out -e /queue.err featureFind_C1-18_20t.sh

Bekomme ich die folgende Fehlermeldung:

/bin/sh: module: line 1: syntax error: unexpected end of file
/bin/sh: error importing function definition for `module'
./FeatureFinderRaw: error while loading shared libraries: libOpenMS.so: cannot open shared object file: No such file or directory
/bin/sh: module: line 1: syntax error: unexpected end of file
/bin/sh: error importing function definition for `module'
./FeatureFinderRaw: error while loading shared libraries: libQtWebKit.so.4: cannot open shared object file: No such file or directory
/bin/sh: module: line 1: syntax error: unexpected end of file
/bin/sh: error importing function definition for `module'
./FeatureFinderRaw: error while loading shared libraries: libQtWebKit.so.4: cannot open shared object file: No such file or directory
/bin/bash: module: line 1: syntax error: unexpected end of file
/bin/bash: error importing function definition for `module'
./FeatureFinderRaw: error while loading shared libraries: libQtWebKit.so.4: cannot open shared object file: No such file or directory
/bin/sh: module: line 1: syntax error: unexpected end of file
/bin/sh: error importing function definition for `module'
./FeatureFinderRaw: error while loading shared libraries: libQtWebKit.so.4: cannot open shared object file: No such file or directory
/bin/sh: module: line 1: syntax error: unexpected end of file
/bin/sh: error importing function definition for `module'

Ich verstehe nicht, warum bekomme ich diesen Fehler bei der Verwendung von qsub, aber nicht ausgeführt, wenn das Skript direkt auf der gleichen cluster-Maschine. Wie kann ich ein Skript ausführen, mit qsub?

InformationsquelleAutor Niek de Klein | 2012-05-08
  1. 10

    Habe dieses problem auch in einem wrapper-Skript, dass verwendet 

    qsub -shell no -b yes -cwd -V somescript.bash arg1 arg2 etc

    wenn Sie es verwenden, um senden ein weiteres bash-shell-Skript. Es produziert die annonying 

    /bin/sh: module: line 1: syntax error: unexpected end of file
/bin/sh: error importing function definition for `BASH_FUNC_module'

    (dies ist die Sun Grid Engine 211.11 läuft auf CentOS 6.6) Stellt sich heraus, die Dinge gelöst sind, einfach, indem ich im folgenden die oben auf dem wrapper-Skript (nicht des eingebundenen Skript):

    unset module

    Das ist alles.

    InformationsquelleAutor plijnzaad
  2. 4

    In /usr/share/Modules/init/bash kommentiert die "export -Modul f' - Linie.

    In einem normalen login-shell, modules.sh aufgerufen werden aus dem Profil.d also
    der module-Befehl ist verfügbar. In einer nicht-login-shell zu, wie eine app
    wrapper-Skript es nur Quelle der oben angegebenen Datei zuerst.

    In der Regel in Anwendungen, die Skripts nach Beschaffung über die Datei, die Sie wieder geben Sie den Befehl "module load apps/vendor/app", das bedeutet extra-sourcing.

    Referenz::- http://gridengine.org/pipermail/users/2011-November/002019.html

    InformationsquelleAutor prabhat kumar
  3. 2

    Aus irgendeinem Grund mir unbekannt hinzufügen Semikolons am Ende jeder Zeile das problem behoben.

    • Bei jeder Zeile von /usr/share/Modules/init/bash? (Mit dem gleichen problem hier).
    • Kein Ende der shellscript
    InformationsquelleAutor Niek de Klein
  4. 1

    Wahrscheinlichste Ursache ist, dass Sie die Datei gespeichert haben mit DOS-Zeilenenden (\r\n) anstelle von POSIX-Zeilenenden (\r), wenn das hinzufügen Semikolons einen Unterschied machen.

    • Ich lief dos2unix,, dass nicht einen Unterschied machen. Auch, schrieb ich es auf linux und es funktioniert, wenn ich ihn ausführen auf dem gleichen linux-cluster ohne Verwendung von qsub.
    InformationsquelleAutor dj_segfault
  5. 0

    Fügen Sie den folgenden Befehl in ~/.bash_profile oder ~/.bashrc-Datei dann logout/login wieder.

    unset module

    Oder einfach führen Sie quick-Befehl: 

    echo "unset module" >> ~/.bash_profile && source ~/.bash_profile
    InformationsquelleAutor Cong Nguyen
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