Wie behandeln Zitate in Ipython Notebook?

Zusammenfassung

Diese Lösung basiert weitgehend auf Sylvain Deville ' s ausgezeichnete blog-post. Es ermöglicht Ihnen, einfach schreiben [@citation_key] im markdown-Zellen. Die Verweise formatiert werden nach der Konvertierung von Dokumenten. Die einzigen Anforderungen sind LaTeX-und pandoc, die beide weitgehend unterstützt werden. Es gibt zwar nie eine Garantie, dieser Ansatz sollte daher immer noch funktionieren in vielen Jahren mal.

Schritt-für-Schritt-Anleitung

Neben einer funktionsfähigen installation von jupyter Sie brauchen:

1. LaTeX (installation guide).

2. Pandoc (installation guide).

3. Einen citation style language. Laden Sie eine Zitierweise, z.B., APA. Speichern Sie die .csl Datei (z.B. apa.csl) in den gleichen Ordner wie Ihre jupyter notebook (oder geben Sie den Pfad zu der .csl Datei später).

4. Einen .bib Datei mit Ihren Referenzen. Ich bin mit einem Beispiel bib-Datei list.bib. Speichern im gleichen Ordner wie Ihre jupyter notebook (oder geben Sie den Pfad zu der .bib Datei später).

Sobald Sie diese Schritte abgeschlossen, ist der rest einfach:

1. Verwenden mardown syntax für Referenzen in markdown-Zellen in Ihrem jupyter notebook. E. g., [@Sh:1] wo die syntax funktioniert wie folgt: ([@citationkey_in_bib_file]). Ich viel lieber diese syntax gegenüber anderen Lösungen, weil es so schnell zu geben [@something].

2. Ende Ihre ipython notebook, erstellen Sie eine code Zelle mit der folgenden syntax zu automatisch konvertieren Sie Ihre Dokument (beachten Sie, dass dieser R-code, verwenden Sie einen äquivalenten Befehl zu system() für python):

   #automatic document conversion to markdown and then to word
   #first convert the ipython notebook paper.ipynb to markdown
   system("jupyter nbconvert --to markdown paper.ipynb")
   #next convert markdown to ms word
   conversion <- paste0("pandoc -s paper.md -t docx -o paper.docx",
                  " --filter pandoc-citeproc",
                  " --bibliography="listb.bib",
                  " --csl="apa.csl")
   system(conversion)
   

   Führen Sie diese Zelle (oder führen Sie einfach alle Zellen). Beachten Sie, dass das 2. system call ist einfach pandoc -s paper.md -t docx -o paper.docx --filter pandoc-citeproc --bibliography=listb.bib --csl=apa.csl. Ich habe lediglich verwendet paste0() zu können, verbreiten sich diese über mehrere Zeilen und machen es schöner zu Lesen.

   Ist die Ausgabe eines word-Dokuments. Wenn Sie lieber ein anderes Dokument, check-out diese Anleitung für die alternative syntax.

Extras

1) Wenn Sie nicht möchten, dass Ihre konvertierte Dokument enthält die syntax für die Konvertierung von Dokumenten, legen Sie eine markdown Zelle oben und unten der code Zelle mit der syntax für die Konvertierung. In der Zelle oben eingeben <!-- und in der Zelle unter Eingabe -->. Dies ist eine normale html-Befehl für einen Kommentar, so dass die syntax wird zwischen diesen beiden Zellen wird ausgewertet, aber nicht gedruckt.

2) Sie können auch eine yaml-header in der ersten Zelle. E. g.,

---
title: This is a great title. 
author: Author Name
abstract: This is a great abstract
---

Wenn Sie wissen, dass Sie die Umwandlung Ihres Notebooks zu latex ohnehin, überlegen Sie einfach hinzufügen ein "Raw" - Zelle (Strg+M R) an das Ende des Dokuments, enthält die Bibliographie nur wie würde man es in reinem LaTeX.

Zum Beispiel, wenn ich auf Sie verweisen müssen ein paar externe links, ich würde nicht sogar egal, um eine ordnungsgemäße BibTeX-Ding und haben einfach nur eine "Raw" - Zelle am Ende des notebook gefällt:

\begin{thebibliography}{1} 
\bibitem{post1} 
Holographie in Einfachen Worten. K. Tretjakow (blog-post), 2015.\\ 
\url{http://fouryears.eu/2015/07/24/holography-in-simple-terms/} 

\bibtem{book1} 
Die Bedeutung der Zitate. J. Smith. 2010. 
\end{thebibliography} 

Dem Artikel zitiert werden können, in anderen Markdown-Zellen mit der üblichen <cite data-cite="post1">(KT, 2015)</cite>

Natürlich können Sie auch die ordnungsgemäße Verwendung von BibTeX als gut. Fügen Sie einfach die entsprechenden Raw-Zelle, e.g:

\bibliographystyle{unsrt} 
\bibliography{papers} 

Diese Weise werden Sie nicht haben, um die Mühe der Bearbeitung eine separate template-Datei (um den Preis der übersichtlichkeit des notebook ' s HTML-export mit raw-Latex, obwohl).