Wie kann ich mit qsub mit Python von der Kommandozeile aus?

Ich habe gerade versucht diesen Befehl:

qsub python commandLineDouble.py 1 10 1

und diesen Fehler erhalten:

Nicht Lesen-Skript-Datei, da der Fehler: Fehler beim öffnen python: Keine solche Datei oder Verzeichnis

Mir läuft das auf einem Rechner-cluster können in der Regel qsub .csh Dateien Recht gut.

  • hum, haben Sie versuchen zum ausführen von python-allein? "Fehler beim öffnen der python" sieht nicht schön hier :-/
  • Ich denke qsub ist auf der Suche nach einem Skript mit dem Namen python zum ausführen in einer shell. Ich glaube nicht, dass qsub werden, beliebige Befehle auszuführen.
  • Ausführen von Python-alone arbeitet völlig problemlos auf dem original-system. Aber ich Frage mich, ob es eine separate Instanz von Python für qsub auch?
  • Hmm, vielleicht könnte ich versuchen, eine shell-Datei, die ausgeführt wird, einen Befehl wie "time python DoublePendulum.py 1 1 1"? Ich bin neu in der shell scripting obwohl.
  • Ich hatte gerade die ersten qsub ein Skript, wo der einzige Befehl ist which python, und nehmen Sie von dort (z.B. Wege, andere Umgebungsvariablen etc.)
  • Hm - ich habe gerade versucht, die. Ich habe auch versucht qsub auf ein "Hallo Welt" - Skript. Es hat nicht zeigen alles obwohl. Hmm.

InformationsquelleAutor InquilineKea | 2012-12-11
  1. 6

    Mein Eindruck ist, dass qsub verhält sich anders von cluster zu cluster. Jedoch in meiner Erfahrung, ich habe immer nur getan:

    qsub myscrip.sh

    Beachten Sie, dass dies anders als:

    qsub bash myscript.sh
qsub csh myscript.csh

    In anderen Worten, qsub ist ein wapper um eine shell (in der Regel eine bestimmte shell, aber da shell ' s sind ähnlich genug, dies ist nicht normalerweise ein Problem), nicht um beliebige Befehle. Die einfache Lösung hier ist es, einfach setzen Sie Ihre Befehle in ein shell-Skript und schicken Sie das:

    #qsub directives here
#wrapper.sh
python commandLineDouble.py 1 10 1

    Nun tun Sie nur qsub wrapper.sh und Bob ' s dein Onkel (unter der Annahme, dass der cluster, die parallel zur Umwelt hat python installiert ist...).

    • Wow - vielen Dank! Ich habe eine Klasse jetzt gehen, aber ich werde wirklich versuchen, dass heraus und sehen Sie, wie das geht!!!
    • Ich denke, das wird funktionieren (zumindest war dies in meinem qsub-Prozesse). Bitte akzeptieren Sie die Antwort, ob es funktioniert.
    • Hmm - leider - es funktioniert noch nicht... Zhenya vorgeschlagen, eine qsub auf "die python" aber das hat keine Anzeige mehr..
    • In der Regel die Umwelt, die geladen wird in qsub ist anders als die Umgebung, die Sie tatsächlich arbeiten. In Ihrem login-terminal (außerhalb Ihres qsub Skript), versuchen which python. Sie sollten einen Weg, wie Sie sagte, dass Sie den code ausführen können, die außerhalb des qsub. Dann kopieren Sie das gesamte Verzeichnis über die qsub Skript. wenn Sie z.B. sehen /usr/local/bin/python wenn Sie which python, versuchen Sie /usr/local/bin/python yourscript.py in Ihre qsub-Datei. Wenn das immer noch nicht funktioniert, würde ich vorschlagen, Sie Kontaktieren Sie den system-Administratoren. Sie müssen möglicherweise module load python
    • Okay - vielen Dank für deine exzellente Antwort! Ich werde versuchen, dass.
    InformationsquelleAutor mgilson
  2. 5

    Verwendung der-S option


    $ qsub -S $(which python) commandLineDouble.py 1 10 1

    InformationsquelleAutor mimori
  3. 1

    PBS Pro müssen Sie eine Doppel-Bindestrich, wenn Sie wollen Versorgung eine tatsächliche Befehlszeile anstatt ein Skript:

    qsub -- python commandLineDouble.py 1 10 1

    InformationsquelleAutor jjellis
  4. 0

    Haben Sie versucht echo "script.py <args>" | qsub?

    InformationsquelleAutor user2373938
Schreibe einen Kommentar