Wie konvertiert man R Markdown nach PDF?

Ich habe vorher gefragt, über die Befehle für die Umwandlung von R Markdown zu HTML.

Was ist ein guter Weg, um zu konvertieren, R Markdown-Dateien in PDF-Dokumente?

Eine gute Lösung erhalten würde, so viel wie möglich über die Inhalte (z.B. von Bildern, Gleichungen, html-Tabellen, etc.). Die Lösung muss in der Lage sein werden, führen Sie von der Kommandozeile. Eine gute Lösung wäre auch cross-Plattform, und im Idealfall minimieren, Abhängigkeiten, um es einfacher zu teilen, makefiles und so weiter.

Konkret, es gibt eine Menge von Optionen:

  • Ob zu konvertieren RMD -, MD -, HTML -, PDF-oder; RMD, MD, PDF; oder RMD PDF
  • Wenn die markdown - Paket in R, die Optionen, um anzugeben,
  • Ob pandoc, ein Paket in R, oder etwas anderes

Hier ist ein Beispiel rmd-Datei, dass vermutlich eine vernünftige Prüfung einer vorgeschlagenen Lösung. Es war verwendet als basis für in diesem blog-post.

Kommentar zu dem Problem
Ich glaube pandoc sollte der beste Weg zu gehen. Es macht nicht viel Sinn für mich, es zu bauen, in R, und ich glaube nicht, dass es möglich ist (es ist geschrieben in Haskell). Ich habe einige sehr frühe arbeiten sind hier: github.com/yihui/knitr-book (siehe die zwei shell-Skripts stricken und mdconvert.sh). Es kann schwierig sein, zu kommen, einen Allgemeinen Ansatz, da LaTeX ist zu flexibel; Sie können alle Arten von Vorlagen für pandoc. Kommentarautor: Yihui Xie
Was ist 'R Markdown*? rstudio.com/ide/docs/r_markdown Kommentarautor: Colonel Panic
markdowntopdf.com diese Seite ist ziemlich gut, eigentlich. Allerdings gibt es keine latex-Unterstützung Kommentarautor: padawan
Können, aktualisieren wir diese Antwort für RStudio v1.0? Kommentarautor: Adam_G

InformationsquelleAutor der Frage Jeromy Anglim | 2012-06-14

  1. 64

    Aktualisiert, Antwort (10 Feb 2013)

    rmarkdown Paket:
    Es gibt jetzt eine rmarkdown - Paket verfügbar auf github, die Schnittstellen mit Pandoc.
    Es enthält eine render Funktion. Die Dokumentation macht es ziemlich klar, wie zu konvertieren rmarkdown pdf unter einer Reihe von anderen Formaten. Dies umfasst einschließlich der Ausgabe-Formate in der rmarkdown-Datei oder durch ausführen der Versorgung eine "output format" des rend-Funktion. E. g.,

    render("input.Rmd", "pdf_document")

    Kommandozeile:
    Wenn ich render von der Kommandozeile (z.B. mit einem makefile), ich habe manchmal Probleme mit pandoc nicht gefunden. Vermutlich, es ist nicht auf der Suche Weg.
    Die folgende Antwort erklärt gewusst wie: hinzufügen pandoc um die R-Umgebung.

    So zum Beispiel auf meinem computer mit OSX, wo ich eine Kopie von pandoc durch RStudio, kann ich Folgendes verwenden:

    Rscript -e "Sys.setenv(RSTUDIO_PANDOC='/Applications/RStudio.app/Contents/MacOS/pandoc');library(rmarkdown);  library(utils); render('input.Rmd', 'pdf_document')"

    Alte Antwort (circa 2012)

    So, einige Leute haben vorgeschlagen, dass Pandoc ist der Weg zu gehen. Lesen Sie die folgenden Anmerkungen über die Bedeutung einer up-to-date-version von Pandoc.

    Mit Pandoc

    Benutzte ich den folgenden Befehl zum konvertieren R Markdown-zu-HTML (D. H., eine Variante dieses makefile), wo RMDFILE ist der name der R Markdown-Datei, ohne die .rmd Komponente (es wird auch davon ausgegangen, dass die Erweiterung .rmd und nicht .Rmd). 

    RMDFILE=example-r-markdown  
Rscript -e "require(knitr); require(markdown); knit('$RMDFILE.rmd', '$RMDFILE.md'); markdownToHTML('$RMDFILE.md', '$RMDFILE.html', options=c('use_xhml'))"

    und dann mit diesem Befehl in pdf zu konvertieren

    Pandoc -s example-r-markdown.html -o example-r-markdown.pdf

    Ein paar Anmerkungen dazu:

    • Ich den Verweis entfernt in der Beispiel-Datei exportiert Grundstücke imgur zu hosten Bilder.
    • Ich entfernt und einen Verweis auf ein Bild, die Gastgeber waren auf imgur. Gestalten erscheinen lokale.
    • Die Optionen in der markdownToHTML Funktion gemeint, dass die Bild-Verweise auf Dateien und nicht auf Daten in der HTML-Datei (D. H., die ich entfernt 'base64_images' von der option Liste).
    • Die Ausgabe sah aus wie diese. Es hat einen ganz sehr LaTeX style-Dokument im Gegensatz zu dem, was ich bekommen, wenn ich drucken Sie die HTML-Datei zu pdf-Datei von einem browser.

    Immer up-to-date-version von Pandoc

    Wie erwähnt von @daroczig, es ist wichtig, eine up-to-date-version von Pandoc um die Ausgabe von PDF-Dokumenten. Auf Ubuntu am 15 Juni 2012, ich saß mit der version 1.8.1 von Pandoc in der Paket-manager, aber es scheint aus dem change-log, dass für pdf-Unterstützung, die Sie benötigen mindestens die version 1.9+ von Pandoc.

    So, ich installierte caball-install.
    Und dann ran:

    cabal update
cabal install pandoc

    Pandoc installiert wurde, in ~/.cabal/bin/pandoc
    Also, wenn ich lief pandoc es war immer noch zu sehen, die alte version.
    Hier finden Sie hinzufügen, um den Pfad.

    InformationsquelleAutor der Antwort Jeromy Anglim

  2. 22

    Ich denke, Sie wirklich brauchen,pandoc, die große software wurde entwickelt und gebaut, die nur für diese Aufgabe 🙂 Neben pdf, Sie könnte konvertieren Sie Ihre md Datei z.B. docx oder odt unter anderem.

    Gut, installieren Sie ein up-to-date-version von Pandoc vielleicht anstrengenderen auf Linux (als müssten Sie die gesamte haskell-platformzu bauen aus den Quellen), aber wirklich einfach auf Windows/Mac mit nur ein paar MB download.

    Wenn Sie den aufgebrühten/gestrickte markdown-Datei können Sie einfach anrufen pandoc in e.g-bash oder mit der system Funktion in R. Ein POC demo von dem letzteren ist die Umsetzung in der Ṗandoc.konvertieren - Funktion von meinem kleinen Paket (die Sie müssen sich schrecklich gelangweilt, als ich versuchen, Ihre Aufmerksamkeit bei jeder Gelegenheit).

    InformationsquelleAutor der Antwort daroczig

  3. 12

    Jetzt (August 2014), die Sie nutzen könnten RStudio für die Umwandlung von R Markdown in PDF.
    Grundsätzlich RStudio verwenden pandoc zu konvertieren Rmd PDF.

    Könnte man ändern Metadaten:

    1. Hinzufügen Inhaltsverzeichnis
    2. Ändern Abbildung Optionen
    3. Ändern syntax-highlighting-style
    4. Add-LaTeX-Optionen
    5. Und viele mehr...

    Weitere details - http://rmarkdown.rstudio.com/pdf_document_format.htmlWie konvertiert man R Markdown nach PDF?

    InformationsquelleAutor der Antwort Jot eN

  4. 10

    Für eine option, die sieht mehr aus wie was Sie erhalten, wenn Sie drucken aus einem browser, wkhtmltopdf bietet eine option.

    Auf Ubuntu

    sudo apt-get install wkhtmltopdf

    Und dann den gleichen Befehl wie für die pandoc Beispiel zu bekommen, um die HTML:

    RMDFILE=example-r-markdown  
Rscript -e "require(knitr); require(markdown); knit('$RMDFILE.rmd', '$RMDFILE.md'); markdownToHTML('$RMDFILE.md', '$RMDFILE.html', options=c('use_xhml'))"

    dann

    wkhtmltopdf example-r-markdown.html example-r-markdown.pdf

    Die resultierende Datei sah aus wie diese. Es schien nicht zu behandeln, die MathJax (dieses Problem wird hier diskutiert), und die Seitenumbrüche sind hässlich. In einigen Fällen jedoch, wie ein Stil sein könnte, bevorzugt über einen mehr LaTeX-style-Präsentation.

    InformationsquelleAutor der Antwort Jeromy Anglim

  5. 9

    Nur zwei Schritte:

    1. Installieren der neuesten Version "pandoc" von hier:

      https://github.com/jgm/pandoc/releases

    2. Aufruf der Funktion pandoc im library(knitr)

      library(knitr)
pandoc('input.md', format = 'latex')

    So, können Sie konvertieren Sie Ihre " - Eingang.md" in " - Eingang.pdf".

    InformationsquelleAutor der Antwort Wei

  6. 3

    Fand ich mit R-studio das einfachste, aber wenn Sie wollen, um die Kontrolle über die Befehlszeile, dann eine einfache R-Skript kann den trick tun mit rmarkdown render-Befehl (wie oben erwähnt). Full script details hier

    #!/usr/bin/env R

# Render R markdown to PDF.
# Invoke with:
# > R -q -f make.R --args my_report.Rmd

# load packages
require(rmarkdown)

# require a parameter naming file to render
if (length(args) == 0) {
    stop("Error: missing file operand", call. = TRUE)
} else {
    # read report to render from command line
    for (rmd in commandArgs(trailingOnly = TRUE)) {
        # render Rmd to PDF
        if ( grepl("\\.Rmd$", rmd) && file.exists(rmd)) {
            render(rmd, pdf_document())
        } else {
            print(paste("Ignoring: ", rmd))
        }
    }
}

    InformationsquelleAutor der Antwort Frank Jung

  7. 0

    Wenn Sie nicht wollen, etwas zu installieren, Sie können die Ausgabe von html. Dann öffnen Sie die html-Datei - es sollte geöffnet in einem browser-Fenster, dann mit der rechten klicken Sie auf drucken. In der print-Fenster, wählen Sie "speichern als pdf" in der rechten unteren Ecke, wenn Sie auf einem Mac. Voila!

    InformationsquelleAutor der Antwort Mariah Akinbi

  8. 0

    Befolgen Sie diese einfachen Schritte :

    1: In der Rmarkdown Skript laufen, Stricken(Strg+Umschalt+K)
    2: Dann, nachdem das html-markdown geöffnet wird, klicken Sie auf im Browser Öffnen(oben Links) und
    der html-Code öffnet sich in Ihrem web-browser
    3: Dann mit Strg+P und als PDF speichern .

    InformationsquelleAutor der Antwort Ankit Kamboj

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