Ausrichten 2 kleine Moleküle in PyMOL
Ich soll ausrichten, um Liganden in PyMOL wie wäre es mit protein-Strukturen, aber ich bekomme eine Fehlermeldung:
ExecutiveAlign: mobile selection must derive from one object only
Ich auch kopiert werden die Liganden in separate PDB-Dateien, die umbenannt wurde, die HETATM Einträge zu ATOM, aber trotzdem bekomme ich diesen Fehler. Ich Frage mich, warum PyMOL hat Probleme mit der Ausrichtung dieser kleinen Moleküle.
PS: Diese Liganden haben eine ähnliche Struktur, nur mit anderen Koordinaten.
- Welchen Befehl hast du benutzt? Welche Art von Molekülen sind, die Sie ausrichten? Habt Ihr Kette-ID nach änderung HETATM zu ATOM?
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Beim ausrichten mit der align-Funktion pymol Samen der strukturellen Ausrichtung durch ein Sequenz-alignment ersten.
Können Sie die pair_fit Funktion, sondern muss angeben, die corespondency zwischen den Atomen. Diese Funktion nimmt zwei Optionen, eine für jedes element, das die gleiche Anzahl von Atomen.
Wenn die Liganden haben die exakt gleiche Chemische Struktur, die Sie übergeben können, die mit den Objekten direkt, wenn nicht, müssen Sie nehmen Sie die entsprechende Auswahl.
Hast du das über die GUI? Das ist ein bug, der align-Funktion funktioniert nie von der GUI. Versuchen Sie es über die Kommandozeile.
ausrichten mol1, mol2