Daten aus MATLAB .Abb-Datei mit Python?

Kennt jemand irgendwelche Methoden der Extraktion der Daten aus einer MATLAB-fig-Datei mit Python? Ich weiß, das sind binäre Dateien, aber die Methoden, die in der Python-Kochbuch für .mat-Dateien http://www.scipy.org/Cookbook/Reading_mat_files scheinen nicht zu arbeiten .Abb-Dateien...

Vielen Dank im Voraus für jede Hilfe,
Dan

InformationsquelleAutor Dan | 2011-11-17

matlab python

.fig-Dateien sind .mat-Dateien (mit einer struct), siehe
http://undocumentedmatlab.com/blog/fig-files-format/

Als die Referenz, die Sie geben, Staaten, Strukturen werden nur unterstützt, bis zu v7.1:
http://www.scipy.org/Cookbook/Reading_mat_files

So, in MATLAB, die ich speichern mit -v7:

plot([1 2],[3 4])
hgsave(gcf,'c','-v7');

Dann in Python 2.6.4, die ich benutze:

>>> from scipy.io import loadmat
>>> x = loadmat('c.fig')
>>> x
{'hgS_070000': array([[<scipy.io.matlab.mio5.mat_struct object at 0x1500e70>]], dtype=object), '__version__': '1.0', '__header__': 'MATLAB 5.0 MAT-file, Platform: MACI64, Created on: Fri Nov 18 12:02:31 2011', '__globals__': []}
>>> x['hgS_070000'][0,0].__dict__
{'handle': array([[1]], dtype=uint8), 'children': array([[<scipy.io.matlab.mio5.mat_struct object at 0x1516030>]], dtype=object), '_fieldnames': ['type', 'handle', 'properties', 'children', 'special'], 'type': array([u'figure'], dtype='<U6'), 'properties': array([[<scipy.io.matlab.mio5.mat_struct object at 0x1500fb0>]], dtype=object), 'special': array([], shape=(1, 0), dtype=float64)}

Wo ich .__dict__ zu sehen, wie zum Durchlaufen der Struktur. E. g. um XData und YData ich verwenden kann:

>>> x['hgS_070000'][0,0].children[0,0].children[0,0].properties[0,0].XData
array([[1, 2]], dtype=uint8)
>>> x['hgS_070000'][0,0].children[0,0].children[0,0].properties[0,0].YData
array([[3, 4]], dtype=uint8)

Zeigen, dass würde ich plot([1 2],[3 4]) in MATLAB (das Kind ist die Achse, und der Enkel ist die lineseries).

InformationsquelleAutor Ramashalanka

Fand ich Alex ' s Antwort sehr Ansprechend, aber ich erweiterte seinen code ein wenig. Zuerst von allen, habe ich die Präambel zu zeigen, wo die Figur, ylabel, etc. kommt aus. Sekunde alle, ich eingeschlossen, die Legende!
Ich bin ziemlich neu in Python, also irgendwelche Vorschläge für Verbesserungen sind sehr willkommen.

def plotFig(filename,fignr=1):
   from scipy.io import loadmat
   from numpy import size
   from matplotlib.pyplot import plot,figure,hold,xlabel,ylabel,show,clf,xlim,legend
   d = loadmat(filename,squeeze_me=True, struct_as_record=False)
   ax1 = d['hgS_070000'].children
   if size(ax1) > 1:
       legs= ax1[1]
       ax1 = ax1[0]
   else:
        legs=0
   figure(fignr)
   clf()
   hold(True)
   counter = 0    
   for line in ax1.children:
       if line.type == 'graph2d.lineseries':
           if hasattr(line.properties,'Marker'):
               mark = "%s" % line.properties.Marker
               mark = mark[0]
           else:
               mark = '.'
           if hasattr(line.properties,'LineStyle'):
               linestyle = "%s" % line.properties.LineStyle
           else:
               linestyle = '-'
           if hasattr(line.properties,'Color'):
               r,g,b =  line.properties.Color
           else:
               r = 0
               g = 0
               b = 1
           if hasattr(line.properties,'MarkerSize'):
               marker_size = line.properties.MarkerSize
           else:
               marker_size = 1                
           x = line.properties.XData
           y = line.properties.YData
           plot(x,y,marker=mark,linestyle=linestyle,\
           color(r,g,b),markersize=marker_size)
       elif line.type == 'text':
           if counter < 1:
               xlabel("%s" % line.properties.String,fontsize =16)
               counter += 1
           elif counter < 2:
               ylabel("%s" % line.properties.String,fontsize = 16)
               counter += 1        
   xlim(ax1.properties.XLim)
   if legs:        
       leg_entries = tuple(legs.properties.String)
       py_locs = ['upper center','lower center','right','left','upper right','upper left','lower right','lower left','best']
       MAT_locs=['North','South','East','West','NorthEast', 'NorthWest', 'SouthEast', 'SouthWest','Best']
       Mat2py = dict(zip(MAT_locs,py_locs))
       location = legs.properties.Location
       legend(leg_entries,loc=Mat2py[location])
    hold(False)
    show()

InformationsquelleAutor Sascha

Hier ist mein update von Sascha ' s post. Jetzt kann es:

display gedreht, tex labels
display xticks und yticks
bessere Handhabung der Marker
grid on/off
besser, Achsen und Legende-enumeration Umgang
pflegen Abbildung Größe

Den code ist unten:

from scipy.io import loadmat
import numpy as np
import matplotlib.pyplot as plt

def plotFig(filename,fignr=1):
   d = loadmat(filename,squeeze_me=True, struct_as_record=False)
   matfig = d['hgS_070000']
   childs = matfig.children
   ax1 = [c for c in childs if c.type == 'axes']
   if(len(ax1) > 0):
       ax1 = ax1[0]
   legs = [c for c in childs if c.type == 'scribe.legend']
   if(len(legs) > 0):
       legs = legs[0]
   else:
       legs=0
   pos = matfig.properties.Position
   size = np.array([pos[2]-pos[0],pos[3]-pos[1]])/96
   plt.figure(fignr,figsize=size)
   plt.clf()
   plt.hold(True)
   counter = 0    
   for line in ax1.children:
       if line.type == 'graph2d.lineseries':
           if hasattr(line.properties,'Marker'):
               mark = "%s" % line.properties.Marker
               if(mark != "none"):
                   mark = mark[0]
           else:
               mark = '.'
           if hasattr(line.properties,'LineStyle'):
               linestyle = "%s" % line.properties.LineStyle
           else:
               linestyle = '-'
           if hasattr(line.properties,'Color'):
               r,g,b =  line.properties.Color
           else:
               r = 0
               g = 0
               b = 1
           if hasattr(line.properties,'MarkerSize'):
               marker_size = line.properties.MarkerSize
           else:
               marker_size = -1                
           x = line.properties.XData
           y = line.properties.YData
           if(mark == "none"):
               plt.plot(x,y,linestyle=linestyle,color=[r,g,b])
           elif(marker_size==-1):
               plt.plot(x,y,marker=mark,linestyle=linestyle,color=[r,g,b])
           else:
               plt.plot(x,y,marker=mark,linestyle=linestyle,color=[r,g,b],ms=marker_size)
       elif line.type == 'text':
           if counter == 0:
               plt.xlabel("$%s$" % line.properties.String,fontsize =16)
           elif counter == 1:
               plt.ylabel("$%s$" % line.properties.String,fontsize = 16)
           elif counter == 3:
               plt.title("$%s$" % line.properties.String,fontsize = 16)
           counter += 1        
   plt.grid(ax1.properties.XGrid)

   if(hasattr(ax1.properties,'XTick')):
       if(hasattr(ax1.properties,'XTickLabelRotation')):
           plt.xticks(ax1.properties.XTick,ax1.properties.XTickLabel,rotation=ax1.properties.XTickLabelRotation)
       else:
           plt.xticks(ax1.properties.XTick,ax1.properties.XTickLabel)
   if(hasattr(ax1.properties,'YTick')):
       if(hasattr(ax1.properties,'YTickLabelRotation')):
           plt.yticks(ax1.properties.YTick,ax1.properties.YTickLabel,rotation=ax1.properties.YTickLabelRotation)
       else:
           plt.yticks(ax1.properties.YTick,ax1.properties.YTickLabel)
   plt.xlim(ax1.properties.XLim)
   plt.ylim(ax1.properties.YLim)
   if legs:        
       leg_entries = tuple(['$' + l + '$' for l in legs.properties.String])
       py_locs = ['upper center','lower center','right','left','upper right','upper left','lower right','lower left','best','best']
       MAT_locs=['North','South','East','West','NorthEast', 'NorthWest', 'SouthEast', 'SouthWest','Best','none']
       Mat2py = dict(zip(MAT_locs,py_locs))
       location = legs.properties.Location
       plt.legend(leg_entries,loc=Mat2py[location])
   plt.hold(False)
   plt.show()

Wie würden Sie das Skript ausführen um conver oder öffnen .Abb-Dateien
Ich lieber mit WinPython und Spyder für meine Entwicklung: winpython.github.io
Dieses Skript funktioniert Super - das einzige, was ich ändern musste war zu prüfen, ob die XGrid-Attribut vorhanden war: if hasattr(ax1.Eigenschaften, 'XGrid'): plt.grid(ax1.Eigenschaften.XGrid)
Ja, und mit matplotlib 3 die plt.hold Aufrufe müssen entfernt werden. Auch, in meinem Fall habe ich zum ändern der MAT_locs Einträge auf Kleinschreibung.

InformationsquelleAutor johnml1135

2

Wenn Sie sparen Sie eine MATLAB-Figur, es sichert die Grafiken Verarbeiten-Hierarchie in eine Struktur, speichert es ein .mat-Datei, und ändert die Erweiterung zu .Abb. So .fig-Dateien sind nur .mat-Dateien, und wenn Sie den Daten, die Sie suchen, war irgendwo gespeichert in der ursprünglichen Abbildung, die es in dort. Wenn Sie manuell ändern Sie die Erweiterung wieder auf .mat können Sie laden Sie Sie in MATLAB ein und schauen Sie.

Ich fürchte, ich weiß nicht viel über das Lesen .mat-Dateien von Python, aber, wenn Sie eine Möglichkeit haben, das zu tun, im Allgemeinen, Sie sollten auch in der Lage sein zu Lesen .Abb-Datei.

InformationsquelleAutor Sam Roberts

Ist das viel einfacher Weg zur Verfügung. Es basiert auf der neueren Scipy und loadmat:

http://answerpot.com/showthread.php?3707193-loadmat+und+Abbildung

Und meine kleine Erweiterung, um es für den einfachen 2D-Linien:

from scipy.io import loadmat



d = loadmat('../impulse_all.fig',squeeze_me=True, struct_as_record=False)
# d = loadmat('R11_resuspension.fig',squeeze_me=True, struct_as_record=False)
ax1 = d['hgS_070000'].children
if size(ax1) > 1:
    ax1 = ax1[0]

figure
hold(True)
counter = 0
for line in ax1.children:
    if line.type == 'graph2d.lineseries':
        marker = "%s" % line.properties.Marker
        linestyle = "%s" % line.properties.LineStyle
        r,g,b =  line.properties.Color
        marker_size = line.properties.MarkerSize
        x = line.properties.XData
        y = line.properties.YData
        plot(x,y,marker,linestyle=linestyle,color = (r,g,b),markersize=marker_size)
    elif line.type == 'text':
        if counter < 1:
            xlabel("%s" % line.properties.String,fontsize =16)
            counter += 1
        elif counter < 2:
            ylabel("%s" % line.properties.String,fontsize = 16)
            counter += 1



hold(False)

Was bedeutet die Zeile mit nur figure bedeuten?
es ist eine Kreation einer neuen Figur, entspricht der plt.Abbildung() in matplotlib

InformationsquelleAutor Alex

Über die Beiträge von Sascha, ich wollte nur extrahieren Sie die x-Daten und y-Daten gespeichert .fig-Datei.

Unten ist mein python-Funktion, die eine Vereinfachung der Sascha die Funktion anstrebt, nur das extrahieren der Daten.
Ergebnis ist ein Wörterbuch. Seine Tasten sind die entsprechenden Bezeichnungen der Daten in der Abbildung.

Ich es dort. Froh, wenn dies könnte sparen Sie ein paar Minuten, um jemand anderes !

import numpy
from scipy.io import loadmat

def read_fig(filename):
    output = {}
    d = loadmat(filename, squeeze_me=True, struct_as_record=False)
    matfig = d['hgS_070000']
    childs = matfig.children
    ax1 = [c for c in childs if c.type == 'axes'][0]
    for line in ax1.children:
        try:
            if line.type == 'graph2d.lineseries':
                x = line.properties.XData
                y = line.properties.YData
                leg = line.properties.DisplayName
                print leg
                output[leg] = numpy.column_stack((x, y))
        except:
            print 'One children is ignored...'
    return output

InformationsquelleAutor AuréLien

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