die Datenstruktur sollte ich in java zum speichern von doppelten Werten?

Nur für die Speicherung von einfachen Werten, sollten Sie eine Implementierung von der List<E> - Schnittstelle.

Abrufen von Daten aus einer List<E> können Sie Folgendes tun:

list.get(index); //will get data at a given index
//or you can iterate over all of the items in the list
for(E item: list) {
    //use E
}

Je nach Verwendung entweder ein ArrayList<E> oder LinkedList<E> wird tun, was Sie brauchen.

Andere option wäre ein Map<K V> (es ist die Umsetzung HashMap). Dies ermöglicht es Ihnen, sparen Sie doppelte Werte unter eindeutigen Schlüsseln.

Können Sie Werte aus einer Map<K,V> haben Sie folgende Möglichkeiten:

map.get(someKey); //will retrieve the value associated with a key
//or you can iterate through all of the entries in a map like so:
for(Entry<K,V> entry: map.entrySet()){
    //use entry
}

Antwort auf dein edit:

Die Sie möglicherweise verwenden möchten, ein Map<String, List<String>> wo der Schlüssel ist der name der Datei und der Wert ist eine Liste der Wörter in der Datei.

Ihr code kann wie folgt Aussehen:

Map<String, List<String>> data = new HashMap<String, List<String>>();
for(File f: files) {
    List<String> words = new ArrayList<String();
    data.put(f.getName(), words);
    Scanner s = new Scanner(f);
    while(s.hasNext()) {
        words.add(s.next());
    }
}

Am Ende dieses snipit, data gefüllt mit Listen von Wörtern aus den einzelnen Dateien.

Sollten Sie verwenden List<E> aber sollten Sie implementieren eine int[] getDuplicateValuesIndexes(String value) Methode und eine int getCount(String value). Diese wird nützlich sein, weil in List<E> Implementierungen gibt es nichts zu behandeln doppelte Werte, wie Sie speichern nur die Werte von jeder Art.

Arrays verwenden, um den Wert mit index (ich weiß, das unvollständige Antwort, aber so ist die Frage)