Nicht gegossen-array-Daten von dtype('O') , dtype('float64')

Ich bin mit scipy ist curve_fit zu passen, eine Funktion, um einige Daten, und Sie erhalten die folgende Fehlermeldung;

Cannot cast array data from dtype('O') to dtype('float64') according to the rule 'safe'

welche Punkte mich zu dieser Zeile in meinem code;

popt_r, pcov = curve_fit(
                    self.rightFunc, np.array(wavelength)[beg:end][edgeIndex+30:], 
                    np.dstack(transmitted[:,:,c][edgeIndex+30:])[0][0],
                    p0=[self.m_right, self.a_right])

rightFunc wie folgt definiert ist;

def rightFunc(self, x, m, const):

    return np.exp(-(m*x + const))

Wie ich es verstehe, die " O " - Typ bezieht sich auf ein python-Objekt, aber ich kann nicht sehen was diesen Fehler verursacht.

Vollständige Fehlermeldung:

Nicht gegossen-array-Daten von dtype('O') , dtype('float64')

Irgendwelche Ideen, was ich prüfen sollte man die Unterseite dieses?

Was ist der Typ von wavelength? Sie haben es eingewickelt in einem Aufruf np.array(), so nehme ich an, es ist nicht ein numpy-array bereits. Vermutlich ist es eine Art von container (python-Liste? Pandas DataFrame oder Series? Etwas anderes?). Was bedeutet die Daten in wavelength Aussehen? Auch Fragen, die gleichen Fragen zu transmitted.
die Wellenlänge ist eine python-Liste von floats übertragen ist ein 3d-numpy array (gebaut von numpy.Nullen und dann ausgefüllt später)
Haben Sie versucht, Gießen Sie die array-Typ zu float mit .astype(float)? das ist mein problem gelöst. mehr info hier.

InformationsquelleAutor jm22b | 2016-09-12

  1. 3

    In der Regel diese scipy Funktionen benötigen Parameter wie:

    curvefit( function, initial_values, (aux_values,), ...)

    wo die Tupel der aux_values Durchlaufen, um Ihre function zusammen mit dem aktuellen Wert die wichtigste variable.

    Ist die dstack Ausdruck dieser aux_values? Oder eine Verkettung von mehreren. Kann es sein müssen, verpackt in einem tuple.

    (np.dstack(transmitted[:,:,c][edgeIndex+30:])[0][0],)

    Müssen wir wissen, wo genau dieser Fehler Auftritt, nicht nur die Zeile von deinem code funktioniert es. Wir müssen wissen, was Sie Wert konvertiert wird. Wo gibt es ein array mit den dtype-Objekt?

    die scipy-Dokumentation fragt nach den folgenden; curve_fit(Funktion, xdata, ydata, p0) wo p0 sind einige erste Vermutungen für die übergebenen Parameter an meine Funktion. die dstack Ausdruck ist mein y-Wert array. Ich will hinzufügen, mehr detaillierte Informationen über den Fehler auf meine Frage
    Es ist leastsq funktioniert wie ich vermutete, und curvefit packs deine ersten 3 Argumente in die args Tupel. Es ist nicht immer tief in leastsq, so muss es sein, die überprüfung der dtypes der Eingänge. Also, was ist die "dtype" Ihre Argumente?
    die Datentypen für die x -, y -, und die beiden Elemente in p0 sind float32
    Ein A-dtype oft Ergebnisse bei der Konstruktion eines Arrays aus einer Liste von Teillisten, die in der Größe unterscheiden. Wenn np.array(...) können nicht machen eine saubere n-d array von zahlen, resorts, um ein array von Objekten.
    Ich habe das Problem gelöst. Ich war die übergabe eines array mit einem element, um die p0-Liste, eher als das element selbst. Danke für Eure Hilfe

    InformationsquelleAutor hpaulj

  2. 2

    Nur für den Fall, es könnte jemand anderes helfen, ich verwendet numpy.array(wavelength,dtype='float64') zu zwingen, die Umwandlung der Objekte in der Liste zu numpy ist float64. Funktioniert gut für mich.

    InformationsquelleAutor Adrine Correya

  3. 1

    Nur zur Klarstellung, ich hatte das gleiche problem, nicht die richtigen Antworten in die Kommentare, bevor die Lösung auf meinem eigenen. So dass ich nur wiederhole Sie hier:

    Habe ich das Problem gelöst. Ich war die übergabe eines array mit einem element, um die p0-Liste, eher als das element selbst. Danke für Eure Hilfe – Jacobadtr Sep 12 um 17:51

    O-dtype oft Ergebnisse bei der Konstruktion eines Arrays aus einer Liste von Teillisten, die in der Größe unterscheiden. Falls np.array(...) nicht schaffen, eine saubere n-d array von zahlen, resorts, um ein array von Objekten. – hpaulj Sep 12, 17:15

    Ist, stellen Sie sicher, dass die Tupel von Parametern übergeben werden curve_fit ordentlich gegossen, um ein numpy-array

    InformationsquelleAutor MHO

  4. 0

    Vom hier, anscheinend numpy Kämpfe mit index-Typ. Die vorgeschlagene Lösung ist:

    Eine Sache, die Sie tun kann, ist np.intp als "dtype" immer, wenn Dinge, die zu tun haben mit der Indizierung oder sind logisch mit Indizierung/array-Größen. Dies ist die Natürliche dtype für Sie und es wird normalerweise auch der Schnellste.

    Funktioniert diese Hilfe?

    Ich brauche die arrays haben floating-point-Datentypen. Mein Fehler scheint zu denken, ich bin casting ein python-Objekt zu float64.
    was ist die "dtype" von beg, end, und edgeIndex?
    int, int und numpy.int64, Dass könnte sehr gut das problem sein - werde ich testen, und kommen zurück
    Dafür sind Sie alle vom Typ int nicht mein Problem beheben

    InformationsquelleAutor NickBraunagel

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