Set Umwelt-Variablen in Python mit Popen

Will ich setzen einer Umgebungsvariablen in linux-terminal durch ein python-Skript. Ich scheine in der Lage sein, Umwelt-Variablen bei der Verwendung von os.environ['BLASTDB'] = '/path/to/directory' .

Allerdings war ich zunächst versuchen, diese variable mit subprocess.Popen ohne Erfolg.

import subprocess
import shlex

cmd1 = 'export BLASTDB=/path/to/directory'
args = shlex.split(cmd1)
p = subprocess.Popen(args, stdout=subprocess.PIPE).communicate()

Warum subprocess.Popen fehlschlagen, setzen Sie die Umgebungsvariable BLASTDB zu '/Pfad/zu/Verzeichnis'?

HINWEIS:
Auch dies nicht zum Erfolg, wenn Sie verwenden:

import os
os.system('export BLASTDB=/path/to/directory')
  • Hinweis: Popen nicht eine shell ausführen. export ist ein shell-built-in, so dass Sie bekommen würde, eine "Datei nicht gefunden "- Fehler" wenn Sie versuchen zum ausführen dieses Befehls. Verwenden shell=True zum ausführen von shell-Kommandos (und sich bewusst sein, die security-Risiken!!!)
  • Von meinen Tests scheint es, dass auch beim hinzufügen shell=True dem Befehl es nicht wirklich ändern Sie die Umgebungsvariable aus, die mein python-Skript ausgeführt wurde, noch ändert es die Umgebungsvariablen für python subshell erstellt wurde, bei der Ausführung. Dies kann nur die Umgebung ändern, für diesen einen bestimmten Teilprozess, die (ohne die env hinaus) wird mir nicht erlauben, einen Befehl ausführen, um das terminal mit einer modifizierten Umgebung für diesen Teilprozess.
  • Ich habe nie angegeben, dass shell=True lösen würde Ihr problem (sonst würde ich ja gepostet, dass da eine Antwort). Mit shell=True wäre eine Voraussetzung, um der Lage sein, shell-Befehle ausführen. Ohne es werden Sie Fehler erhalten, weil Popen ist nicht in der Lage, finden Sie die ausführbare Datei.
  • Vereinbart, ich war versuchen zu klären, für zukünftige Besucher in Bezug auf mein Problem.
InformationsquelleAutor HelloIAreTheVictors | 2014-06-19
  1. 3

    Verwenden Sie die env parameter zum festlegen von Umgebungsvariablen, die für einen Teilprozess:

    proc = subprocess.Popen(args, stdout=subprocess.PIPE,
                        env={'BLASTDB': '/path/to/directory'})

    Pro die docs:

    Wenn env nicht None ist, muss es ein mapping, das definiert die Umwelt
    Variablen für das neue Verfahren; diese werden verwendet, anstelle des Erben
    der aktuelle Prozess " Umwelt, das ist das Standard-Verhalten.

    Hinweis: Wenn angegeben, env müssen alle Variablen, die erforderlich für das Programm
    zu führen. Auf Windows, um ein side-by-side-Montage der
    angegeben env müssen auch eine gültige SystemRoot.

    os.environ kann verwendet für Zugriff auf aktuellen Umgebungsvariablen des python-Prozess. Wenn Ihr system unterstützt auch putenv, dann os.environ können auch verwendet werden, für Einstellung environment-Variablen (und somit verwendet werden könnte, statt des Popen ist env parameter siehe oben). Jedoch, für einige Betriebssysteme wie z.B. FreeBSD und MacOS Einstellung os.environ kann Speicherverluste verursachen, sodass die Einstellung os.environ ist keine robuste Lösung.

    os.system('export BLASTDB=/path/to/directory') läuft ein Teilprozess stellt die BLASTDB Umgebungsvariable nur für diesen Teilprozess. Seit dieser Teilprozess endet, hat es keine Wirkung auf die nachfolgenden subprocess.Popen Anrufe.

    • Ich glaube, der OP versucht die Umgebungsvariable für die Ausführung terminal /durch/ Python. Ihre Antwort setzen Sie die Umgebungsvariable nur für den Teilprozess selbst.
    • Selbst wenn das zutrifft, ist der einzige Zweck für die Einstellung der environment-variable wäre, um Auswirkungen auf die nachfolgenden Unterprozess ruft, in diesem Fall mit env ist die Antwort.
    • Von meinen Tests env Super funktioniert und zeitweise setzt die Umgebungsvariable BLASTDB für das jeweilige Teilprozess, und alles bewegt sich entlang geschmiert. Danke! Für meine Zwecke ist dies ausreichend. os.environ ist schön, weil es scheint, um die Umgebungsvariablen für die gesamte python-subshell, und die Angabe env in jedem subprocess.Popen ist nicht erforderlich.
    • Eigentlich, laut der Dokumentation von os.environ, ist es kann verwendet werden, um die Umgebung ändern des aktuellen Prozesses (wenn die OS bietet eine putenv syscall).
    • auf einigen Betriebssystemen Einstellung environ Ursachen von Speicherlecks, es ist also keine zuverlässige Lösung. Aber danke für den Kommentar; ich habe aktualisiert mein Antwort, dies zu klären.
    InformationsquelleAutor unutbu
  2. 0

    Soweit ich weiß, kann man nicht wirklich ändern, die Ausführung von Prozess " Umwelt aus einem Unterprozess oder subshell, sei es Python oder bash selbst. Environment-Variablen sind spezifisch für den jeweiligen Prozess Sie sind auf (zumindest auf Unix, was Sie zu sein scheinen mit).

    Jeder Kind-Prozess erzeugt wird, in der Regel Erben diese Umgebung, aber nur eine Kopie davon. Zum Beispiel, wenn Sie laufen bash aus in Ihrem terminal-session und exportieren Sie eine neue Umgebungsvariable, sobald Sie verlassen, dass subshell, Ihre ursprüngliche Schale wird unberührt sein. Ausführen von Python ist das nicht anders.

    • So weit ich habe nicht in der Lage zu ändern, die Ausführung von Prozess " Umwelt. Für mich brauche ich nur die temporäre Anpassung für den spezifischen Teilprozess Befehle. Allerdings war ich neugierig, ob dies möglich war. Danke für die info.
    • Ist es möglich über das env-keyword arg zu Teilprozess.Popen, wie gezeigt, in der Antwort von unutbu
    • Die ursprüngliche Frage lässt vermuten, dass die OP will, setzen Sie die Umgebungsvariable für das linux-terminal selbst, nicht nur für einen Teilprozess ausgeführt innerhalb von Python selbst. In diesem Fall, meine Antwort ist immer noch, zu den besten meines Wissens, gültig und richtig sind.
    InformationsquelleAutor Dologan
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