So speichern Sie die Ausgabe von python wie tsv

Ich bin mit biopython-Paket und ich möchte, Speichere das Ergebnis, wie tsv-Datei. Diese Ausgabe von Druck auf den tsv.

for record in SeqIO.parse("/home/fil/Desktop/420_2_03_074.fastq", "fastq"):
    print ("%s %s %s" % (record.id,record.seq, record.format("qual")))

Danke.

InformationsquelleAutor Vonton | 2015-04-27

  1. 4

    Ist relativ einfach , statt zu drucken, müssen Sie es schreiben, in eine Datei.

    with open("records.tsv", "w") as record_file:
    for record in SeqIO.parse("/home/fil/Desktop/420_2_03_074.fastq", "fastq"):
        record_file.write("%s %s %s\n" % (record.id,record.seq, record.format("qual")))

    Und wenn Sie wollen, um den Namen der verschiedenen Spalten in der Datei, dann können Sie verwenden:

    record_file.write("Record_Id    Record_Seq    Record_Qal\n")

    So der vollständige code kann wie folgt Aussehen:

    with open("records.tsv", "w") as record_file:
    record_file.write("Record_Id    Record_Seq    Record_Qal\n")
    for record in SeqIO.parse("/home/fil/Desktop/420_2_03_074.fastq", "fastq"):
        record_file.write(str(record.id)+"  "+str(record.seq)+"  "+ str(record.format("qual"))+"\n")

    InformationsquelleAutor ZdaR

  2. 15

    Meine bevorzugte Lösung ist die Verwendung der CSV Modul. Es ist ein standard-Modul, so:

    • Jemand anderes hat bereits alles getan, um die schwere Arbeit.
    • Es ermöglicht Ihnen die Nutzung der gesamten Funktionalität der CSV Modul.
    • Können Sie ziemlich sicher sein, es funktioniert wie erwartet (nicht immer der Fall, wenn ich Schreibe es mir).
    • Sind Sie nicht zu haben, das Rad neu zu erfinden, entweder beim schreiben der Datei oder, wenn Sie das Lesen wieder auf das andere Ende (ich weiß nicht, Ihre Aufnahme-format, aber wenn einer der Datensätze enthält ein TAB, CSV entgehen werden es richtig für Sie ist).
    • Wird es leichter sein, Sie zu unterstützen, wenn die nächste person hat zu gehen, um in den code aktualisieren, 5 Jahre nachdem Sie das Unternehmen verlassen.

    Den folgenden code-snippet sollte den trick für Sie:

    #! /bin/env python3
import csv
with open('records.tsv', 'w') as tsvfile:
    writer = csv.writer(tsvfile, delimiter='\t', newline='\n')
    for record in SeqIO.parse("/home/fil/Desktop/420_2_03_074.fastq", "fastq"):
        writer.writerow([record.id, record.seq, record.format("qual")])

    Beachten Sie, dass dies ist für Python 3.x. Wenn Sie mit 2.x, die open und writer = ... etwas anders sein wird.

    In Python 2.7, ersetzen Sie die newline keyword mit lineterminator: docs.python.org/2/library/csv.html#csv.Dialect.lineterminator

    InformationsquelleAutor Doug R.

  3. 3

    Wenn Sie möchten, verwenden Sie die .tsv zu Kennzeichnen Wort Einbettungen in TensorBoard, verwenden Sie den folgenden Codeausschnitt. Es verwendet die CSV - Modul (siehe Doug ' s Antwort).

    # /bin/env python3
import csv

def save_vocabulary():
    label_file = "word2context/labels.tsv"
    with open(label_file, 'w', encoding='utf8', newline='') as tsv_file:
        tsv_writer = csv.writer(tsv_file, delimiter='\t', lineterminator='\n')
        tsv_writer.writerow(["Word", "Count"])
        for word, count in word_count:
            tsv_writer.writerow([word, count])

    word_count ist eine Liste von Tupeln, wie diese:

    [('the', 222594), ('to', 61479), ('in', 52540), ('of', 48064) ... ]

    InformationsquelleAutor Domi W

  4. 1

    Den folgenden Codeausschnitt:

    from __future__ import print_function
with open("output.tsv", "w") as f:
  print ("%s\t%s\t%s" % ("asd", "sdf", "dfg"), file=f)
  print ("%s\t%s\t%s" % ("sdf", "dfg", "fgh"), file=f)

    Ergibt eine Datei output.tsv mit 

    asd    sdf    dfg
sdf    dfg    fgh

    So, in Ihrem Fall:

    from __future__ import print_function
with open("output.tsv", "w") as f:
  for record in SeqIO.parse("/home/fil/Desktop/420_2_03_074.fastq", "fastq"):
    print ("%s %s %s" % (record.id,record.seq, record.format("qual")), file=f)

    InformationsquelleAutor EvenLisle

  5. 0

    Ich lieber mit join() in diese Art von code:

    for record in SeqIO.parse("/home/fil/Desktop/420_2_03_074.fastq", "fastq"):
    print ( '\t'.join((str(record.id), str(record.seq), str(record.format("qual"))) )

    'Tab' - Zeichen ist \t - und die join-Funktion nimmt den (3) Argumente und druckt diese mit einem Tabulator dazwischen.

    Die Frage wird schriftlich über den Inhalt in eine Datei.

    InformationsquelleAutor philshem

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