Vektor-Einsatz in MPI(C++)

Ich bin neu in die MPI-Programmierung,trotzdem zu lernen , war ich erfolgreich, bis zum erstellen von Abgeleiteten Datentypen, die von der Definition der Strukturen . Jetzt möchte ich zählen Vektor in meine Struktur und zum senden von Daten über den Prozess. für ex:

struct Structure{

//Constructor 
Structure(): X(nodes),mass(nodes),ac(nodes) {

//code to calculate the mass and accelerations
}
//Destructor
Structure() {}

//Variables
double radius;
double volume;
vector<double> mass;
vector<double> area;

//and some other variables

//Methods to calculate some physical properties

Nun mittels MPI ich möchte zum senden der Daten in der Struktur, über die Prozesse. Ist es möglich für mich zu erstellen, die MPI_type_struct Vektoren enthalten, und die Daten senden?

Ich habe versucht, das Lesen durch Foren, aber ich bin nicht in der Lage, das klare Bild von der gegebenen Antworten gibt. Hoffe, dass ich in der Lage wäre, eine klare Idee oder Ansatz, Daten zu senden,

PS: ich kann senden Sie die Daten einzeln , aber seine ein overhead für das senden der Daten verwenden kann MPI_Send/Erhalten, wenn wir Bedenken, dass die domain sehr groß(sagen wir 10000*10000)

InformationsquelleAutor lsk1985 | 2010-03-30

c++mpi parallel-processing vector

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Definition von Strukturen in MPI ist ein Schmerz. Ich denke, dass ein einfacher Ansatz wäre, um die Tatsache, dass die STL-Vektoren sind garantiert zusammenhängend reservierten Speicher. Das heißt, Sie können Sie behandeln wie C arrays, indem man einen Zeiger auf das erste element.
```
std::vector<float> data;
//... add elements to your vector ...
MPI_Send(&data.front(), data.size(), MPI_FLOAT, 0, 1, MPI_COMM_WORLD);
```
- Danke für die schnelle Antwort , das problem hier, die ich senden möchten, die gesamte Struktur zu einer Zeit, anstatt eine einzige variable vectorand anderen Daten-Typen, wodurch die Kommunikations-overhead zwischen den Prozessen...und ich habe 10 Vektoren gesendet werden, über für die Kommunikation ....damit es was zu langsam-Berechnung der Zeit-und es durch eine Verringerung der Effizienz
- OK, ich bin nicht erfahren genug, mit MPI zu viel dann helfen. Sorry. Ich wäre nur vorsichtig, um zu vermeiden, dass die Zeiger zwischen Prozessen (statt von den Daten, die Sie zeigen).
- Wenn Sie ein array von Pointern erstellen Sie eine MPI_Type_hindexed, die eine Reihe von Blöcken, mit Verschiebung, ausgedrückt in bytes. Es dauert nur ein wenig-Adresse der Arithmetik.
InformationsquelleAutor E.M.
0

Beschreibe ich meine Lösung für ein ähnliches problem hier:

Message-Passing-Beliebigen Objekt-Graphen?

Denken Sie daran, dass Sie können benutzerdefinierte MPI-Datentypen aus prevoiusly benutzerdefinierte MPI-Datentypen. Zum Beispiel, können Sie definieren eine Struktur, die beschreibt das layout und der Inhalt einer einzelnen Instanz der Struktur, dann wird ein Vektor aus diesen Struct-Datentypen für die gesamte vector-Objekte. Heck, wenn Sie mehrere solche Vektoren, können Sie erstellen Sie eine Dritte Ebene der Abstraktion, die Schaffung eines HIndexed Datentyp aus Vektoren von Strukturen, und schicken Sie dann alle mit einer einzigen Nachricht.

In der post den ich weiter oben verlinkt finden Sie die links zu den Beschreibungen der verschiedenen custom-MPI-Datentypen, das sollte Hilfe Sie entscheiden über den richtigen Ansatz.
- Danke für den link und deine Idee, wie man mit dem problem
InformationsquelleAutor suszterpatt

Ich Sachen tun, wie Sie tun, und ich weiß, dass meine Prozessor-Architektur ist in sich homogen. Ich vermeide viel byte-swapping und jede Menge MPI-Verpacken und Auspacken von mit Boost-Serialisierung.

Senden:

  ostringstream oss;
  {
    binary_oarchive oa(oss);
    oa << BOOST_SERIALIZATION_NVP(myStruct);
  }

  MPI::COMM_WORLD.Send(oss.str().c_str(),
                       oss.str().size(),
                       MPI::Datatype(MPI_BYTE),
                       MpiLibWrapper::DEST_PROC_RANK,
                       MpiLibWrapper::MY_STRUCT_TAG);

Empfang:

    vector<char> incomingBuffer(MAX_BUFFER_SIZE);

    MPI::COMM_WORLD.Recv(&incomingBuffer[0], incomingBuffer.size(),
                         MPI::Datatype(MPI_BYTE),
                         MpiLibWrapper::SRC_PROC_RANK,
                         MpiLibWrapper::MY_STRUCT_TAG,
                         msgStatus);
    if (MpiLibWrapper::ErrorOccurred(msgStatus.Get_error(),
                                     info.logging)) {
      break;
    }
    incomingBuffer.resize(msgStatus.Get_count(MPI::Datatype(MPI_BYTE)));

    if (incomingBuffer.size() > 0) {
      //Shockingly, this does not result in a memory allocation.
      istringstream iss(string(&incomingBuffer[0], incomingBuffer.size()));

      binary_iarchive ia(iss);

      ia >> BOOST_SERIALIZATION_NVP(myStruct);
    }

Ich habe keine Ahnung, Boost-Serialisierung, kann ich brauchen, um zu verbringen einige Zeit, es zu verstehen und zu sehen, ob es löst das problem habe ich auch.Vielen Dank für Ihren Vorschlag

InformationsquelleAutor Jim Hunziker

0

Hmm... Senden C/C++ struct als ein Strom von Daten funktioniert nur, wenn Sie garantiert, dass die Daten-layout auf allen beteiligten Maschinen ist genau das gleiche. Im Allgemeinen wird dies nicht funktionieren. Plus, es gibt Leute, die würden argumentieren, dass das versenden einer Struktur verpackt, wie ein MPI-abgeleitete Datentyp ist +1 für Klarheit des Codes und zeigen die Absicht.

InformationsquelleAutor devendra rai
-2

Ich bin sicherlich nicht ein MPI-Daten-Struktur Experte, aber ich glaube nicht, dass dies getan werden kann. Der Grund dafür ist, dass im Grunde, Sie haben eine Struktur mit Zeigern auf die Daten gesendet werden. Alle MPI-Datentyp-Funktionen annehmen, dass die Daten, die Sie senden möchten, in einem zusammenhängenden Bereich des Speichers. Wenn die Vektoren sind, die eine Feste maximale Größe, die Sie tun könnten,
```
double radius;
double volume;
int mass_size;
int area_size;
double mass[MASS_MAXLEN];
double area[AREA_MAXLEN];
```
und dann senden Sie nur die Elemente, die ausgefüllt sind.

Alternativ könnte man pack die Daten selbst in einem array vor, um das senden und das array. Sie würde tun, einige Profilerstellung, um zu sehen, ob dies schneller als separates sendet.
- ja, ich muss versuchen und sehen, ob das senden einzelner Vektoren funktioniert einfacher , Danke für die Anregung
- "Alle MPI-Datentyp-Funktionen annehmen, dass die Daten, die Sie senden möchten, in einem zusammenhängenden Bereich des Speichers." - während dies wahr ist, können Sie festlegen, benutzerdefinierte MPI-Datentypen repräsentieren eine beliebige memory layout (siehe meine Antwort). So definieren Sie einen Datentyp aus Zeigern, dann sendet eine Nachricht als eine einzelne Instanz dieses Datentyps, also die Erreichung der gewünschten Ergebnisse.
InformationsquelleAutor KeithB

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