Warum awk-Skript funktioniert nicht auf Mac OS arbeitet aber auf Linux?

Habe ich in diesem awk-script, dass ich verwenden, um filter die Gene, die differentiell exprimiert. Ich habe eine csv-Datei, die erstellt wurde, in R.

 #Command to get DE genes
awk -F '\t' '$14 < 0.05 && $10 < -1 && $7 > 1 { print > "Genes-Down.csv" }
             $14 < 0.05 && $10 > +1 && $8 > 1 { print > "Genes-Up.csv" }' Results-RPKMs.csv

Ich angefangen, alle meine Analysen auf Mac OS jetzt, und der gleiche Befehl funktioniert nicht. Es ist auch nicht zu geben, keine Fehlermeldung. Es läuft und nichts passiert. Ich hatte auch gleiche Probleme mit anderen sed-Befehle, aber es war leicht, neue zu machen mit awk.
Danke.

Update:
Das MacOS X ist awk-version 20070501. Aber, der Ubuntu-Rechner hat mawk 1.3.3. Der Befehl awk --version würde nicht funktionieren. War die Verwendung der awk -W-version. Also ich denke, das ist, warum es funktioniert auf Ubuntu, aber war nicht in MacOSX. Also ich heruntergeladen mawk installiert und es mit fink und nun der Befehl funktioniert in MacOSX. Vielen Dank für Ihre Hilfe.

Update2: Eigentlich war das problem nicht awk. In der Regel erstelle ich die csv-Dateien in R. Dann habe ich einfach das Skript ausführen, um die Filterung. Stellt sich heraus, dass, wenn ich öffnen Sie die csv-Dateien in Excel oder speichern einer Excel-Datei im csv-format, dann funktioniert das Skript nicht (mehrmals versucht, mit unterschiedlichen Trennzeichen). Offenbar, wenn Sie speichern ein Tabellenblatt als .csv in MacOX (Excel 2011), und versuchen Sie, es zu öffnen zurück in Excel sagt, dass es eine SYLK-Datei. Es gibt eine Beschreibung auf der Microsoft-website. Wenn ich mit OpenOffice funktioniert es Prima.
Best.

  • versuchen Sie, die Gruppierung der && als ($14 < 0.05 && $10 < -1) && $7 > 1
  • cat -vet "Results-RPKMs.csv | head -10 . Sehen Sie ^M$ am Ende jeder Zeile? Wenn dem so ist, dann dos2unix Results-RPKMs.csv. Sonst Editiere deine Frage, um auch Ergebnisse von awk --verion von beiden Maschinen. Viel Glück.
  • Ich habe gerade versucht dein Skript mit BSD awk 20070501-version auf MacOS X und es funktionierte ohne Probleme, ebenso wie mawk und gawk
  • FYI mawk ist ein minimal-feature awk, ausgezogen, um zu helfen, es laufen ein wenig schneller als einige andere awks. Sie wäre viel besser dran, die Installation der feature-rich, POSIX-superset glotzen.
InformationsquelleAutor degopwn | 2014-06-20
  1. 14

    Einen gleichen Befehl name bedeutet nicht, es ist der gleiche Befehl. Die meisten basic-Befehle haben eine unterschiedliche Umsetzung der AWK ist ein Beispiel, aber fast alle GNU core utils hat Ihre Entsprechung in der BSD-Lizenz. Sie sollten vorsichtig sein mit GNU sed und BSD sed, es ist ein Fallstrick zu.

    In der Realität Linux verwendet in der Regel gawk oder mawk:

    $ man awk
mawk - pattern scanning and text processing language

    Mac OS verwendet in der Regel nawk:

    $ man awk
awk - pattern-directed scanning and processing language

    Sehen auf dieser Seite für weitere Informationen über die AWK-Implementierungen.

    InformationsquelleAutor Zulu
  2. 13

    Ich hatte auch das gleiche problem. Installation gawk auf OSX 10.11.2 durch brew mein Problem gelöst.

    ~$ brew install gawk
~$ gawk --version | head -n 1
GNU Awk 4.1.4, API: 1.1 (GNU MPFR 3.1.4-p1, GNU MP 6.1.1)
~$
    • Arbeitete für mich auch.
    InformationsquelleAutor vikas027
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