Diagonale Etikettenausrichtung auf der x-Achse in Heatmap (s)

Erstellen von heatmaps in R hat ein Thema viele Beiträge, Diskussionen und Iterationen. Mein Hauptproblem ist, dass es schwierig zu kombinieren visuelle Flexibilität von Lösungen im Gitter levelplot() oder einfache Grafiken image(), mit müheloser clustering von basic heatmap(), pheatmap ist pheatmap() oder gplots' heatmap.2(). Es ist ein winziges detail, das ich ändern wollen - Diagonale Ausrichtung der Etiketten auf der x-Achse. Lassen Sie mich Ihnen zeigen, dass mein Punkt im code.

#example data
d <- matrix(rnorm(25), 5, 5)
colnames(d) = paste("bip", 1:5, sep = "")
rownames(d) = paste("blob", 1:5, sep = "")

Können Sie ändern Sie die Ausrichtung in der Diagonale leicht mit levelplot():

require(lattice)
levelplot(d, scale=list(x=list(rot=45)))

aber unter Anwendung des clustering scheint Schmerzen. So auch mit anderen visuellen Optionen wie das hinzufügen von Rahmen um heatmap-Zellen.

Nun, die Verlagerung der tatsächlichen heatmap() Verwandte Funktionen, clustering und alle grundlegenden visuals sind super-einfach - fast kein Abgleich erforderlich:

heatmap(d)

Diagonale Etikettenausrichtung auf der x-Achse in Heatmap (s)

und so ist hier:

require(gplots)
heatmap.2(d, key=F)

Diagonale Etikettenausrichtung auf der x-Achse in Heatmap (s)

und schließlich, mein Favorit:

require(pheatmap)
pheatmap(d)

Diagonale Etikettenausrichtung auf der x-Achse in Heatmap (s)

Aber alle diese haben keine option zum drehen der Beschriftungen. Handbuch für pheatmap deutet darauf hin, dass ich verwenden können grid.text zu custom-orient-Etiketten. Was für eine Freude es ist - vor allem, wenn clustering und ändern die Reihenfolge der angezeigten labels. Es sei denn, ich bin hier etwas fehlt...

Schließlich, es ist ein guter Alter image(). Ich kann es drehen Etiketten, im Allgemeinen ist es der am meisten anpassbare Lösung, aber keine Cluster-option.

image(1:nrow(d),1:ncol(d), d, axes=F, ylab="", xlab="")
text(1:ncol(d), 0, srt = 45, labels = rownames(d), xpd = TRUE)
axis(1, label=F)
axis(2, 1:nrow(d), colnames(d), las=1)

Diagonale Etikettenausrichtung auf der x-Achse in Heatmap (s)

Also, was soll ich tun, um meine ideale, schnelle heatmap, Cluster und Orientierung und visueller Funktionen hacking? Mein bestes Gebot ändern heatmap() oder pheatmap() irgendwie, weil diese zwei scheinen besonders vielseitig in der Einstellung. Aber alle Lösungen willkommen.

Kommentar zu dem Problem

Basis Grafiken nicht zulassen, dass Ihre Steuern der Drehung von hilfsstrichbeschriftungen für beliebige Winkel --- somit haben Sie die text "hack", dass Sie zeigen, in den letzten image - Beispiel. Ich würde wohl passieren xaxt = FALSE zu heatmap - Anruf und fügen Sie dann die Achse ohne Beschriftungen, und fügen Sie dann die Etiketten mit text, wie bei image. Kommentarautor: Gavin Simpson

@GavinSimpson Das problem bei diesem Ansatz ist, dass Sie müssen manuell festlegen, die Reihenfolge der Beschriftungen auf der x-Achse, wenn Sie clustering. Möglich, aber ein bisschen schmerzhaft. Trotzdem, danke für den Hinweis für mich, dass heatmap() ist bauen mit base Grafik dann lieber grid (ich dachte, es war raster wie pheatmap()). Kommentarautor: Geek On Acid

Gibt es eine Lösung, dass ich etwas arbeiten, ich bin einfach nur zu schreiben als eine Antwort. Es war ein wenig komplizierter, als ich dachte. Lösung kommt demnächst... Kommentarautor: Gavin Simpson

+1 für eine unterhaltsame Lektüre, als auch eine gute Frage. Kommentarautor: Simon O'Hanlon

InformationsquelleAutor der Frage Geek On Acid | 2013-03-19

Fix pheatmap alle, die Sie wirklich tun möchten, ist zu gehen in pheatmap:::draw_colnames und zwicken ein paar Einstellungen, die in dem Aufruf grid.text(). Hier ist ein Weg, das zu tun, mit assignInNamespace(). (Sie müssen möglicherweise weitere Anpassungen, aber Sie erhalten das Bild ;):

library(grid)     ## Need to attach (and not just load) grid package
library(pheatmap)

## Your data
d <- matrix(rnorm(25), 5, 5)
colnames(d) = paste("bip", 1:5, sep = "")
rownames(d) = paste("blob", 1:5, sep = "")

## Edit body of pheatmap:::draw_colnames, customizing it to your liking
draw_colnames_45 <- function (coln, ...) {
    m = length(coln)
    x = (1:m)/m - 1/2/m
    grid.text(coln, x = x, y = unit(0.96, "npc"), vjust = .5, 
        hjust = 1, rot = 45, gp = gpar(...)) ## Was 'hjust=0' and 'rot=270'
}

## For pheatmap_1.0.8 and later:
draw_colnames_45 <- function (coln, gaps, ...) {
    coord = pheatmap:::find_coordinates(length(coln), gaps)
    x = coord$coord - 0.5 * coord$size
    res = textGrob(coln, x = x, y = unit(1, "npc") - unit(3,"bigpts"), vjust = 0.5, hjust = 1, rot = 45, gp = gpar(...))
    return(res)}

## 'Overwrite' default draw_colnames with your own version 
assignInNamespace(x="draw_colnames", value="draw_colnames_45",
ns=asNamespace("pheatmap"))

## Try it out
pheatmap(d)

Diagonale Etikettenausrichtung auf der x-Achse in Heatmap (s)

InformationsquelleAutor der Antwort Josh O'Brien

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Es ist ein wenig komplexer, als mein Kommentar vermutet, weil heatmap bricht der Plot-region, um die zum zeichnen des dendrogramms und der Letzte plot-region ist nicht die image Handlung, die Sie möchten, befestigen Sie die Etiketten.

Gibt es eine Lösung, wenn, wie heatmap bietet die add.expr argument, das dauert ein Ausdruck sein, der ausgewertet wird, wenn die image gezogen wird. Man muss auch wissen, die Neuordnung des labels erfolgt aufgrund der das dendrogramm der Bestellung. Das Letzte Stück beinhaltet eine etwas unelegant hack wie ich ziehen die heatmap an, um die Neuordnung von Informationen und dann verwenden, um schöpfen die heatmap korrekt mit dem abgewinkelten labels.

Zunächst ein Beispiel aus ?heatmap
```
 x  <- as.matrix(mtcars)
 rc <- rainbow(nrow(x), start = 0, end = .3)
 cc <- rainbow(ncol(x), start = 0, end = .3)
 hv <- heatmap(x, col = cm.colors(256), scale = "column",
               RowSideColors = rc, ColSideColors = cc, margins = c(5,10),
               xlab = "specification variables", ylab =  "Car Models",
               main = "heatmap(<Mtcars data>, ..., scale = \"column\")")
```
In diesem Stadium werden die Etiketten nicht, wie wir Sie wollen, aber hv enthält die Informationen, die wir brauchen, um die Reihenfolge der colnames von mtcars in Ihrer Komponente $colInd:
```
> hv$colInd
 [1]  2  9  8 11  6  5 10  7  1  4  3
```
Verwenden Sie diese, wie würden Sie die Ausgabe von order z.B.:
```
> colnames(mtcars)[hv$colInd]
 [1] "cyl"  "am"   "vs"   "carb" "wt"   "drat" "gear" "qsec" "mpg"  "hp"  
[11] "disp"
```
Nun verwenden, um zu generieren, die Etiketten, die wir wollen in der richtigen Reihenfolge:
```
 labs <- colnames(mtcars)[hv$colInd]
```
Dann haben wir re-call heatmap aber diese Zeit geben wir labCol = "" zu unterdrücken, die Kennzeichnung der Spalte Variablen (mit null-Länge-Zeichenfolgen). Wir verwenden auch einen Aufruf text zeichnen Sie die Markierungen an den gewünschten Winkel. Der Aufruf text ist:
```
text(x = seq_along(labs), y = -0.2, srt = 45, labels = labs, xpd = TRUE)
```
ist im wesentlichen, was Sie haben in Ihre Frage. Spielen Sie mit dem Wert der y so müssen Sie diese anpassen, um die Länge des strings, so haben die labels nicht überlappen mit der image Grundstück. Wir geben labels = labs übergeben die Etiketten, die wir wollen, zeichnen in der vorgeschriebenen Reihenfolge. Die gesamte text Anruf übergeben add.expr ohne Anführungszeichen. Hier ist der gesamte Aufruf:
```
 hv <- heatmap(x, col = cm.colors(256), scale = "column",
               RowSideColors = rc, ColSideColors = cc, margins = c(5,10),
               xlab = "specification variables", ylab =  "Car Models",
               labCol = "",
               main = "heatmap(<Mtcars data>, ..., scale = \"column\")",
               add.expr = text(x = seq_along(labs), y = -0.2, srt = 45,
                               labels = labs, xpd = TRUE))
```
Sind die Ergebnisse in:

InformationsquelleAutor der Antwort Gavin Simpson
5

Ich bin auch auf der Suche nach einer Methode zum drehen von text mit heatmap. Schließlich habe ich es geschafft, zu finden diese Lösung:
```
library(gplots)

library(RColorBrewer)

heatmap.2(x,col=rev(brewer.pal(11,"Spectral")),cexRow=1,cexCol=1,margins=c(12,8),trace="none",srtCol=45)
```
Schlüssel-argument ist srtCol(or srtRow for row labels), die verwendet wird, um zu drehen Spalte-Beschriftungen in gplots.

InformationsquelleAutor der Antwort Yongsheng Cheng

Einer Lösung mit lattice::levelplot und latticeExtra::dendrogramGrob:

library(lattice)
library(latticeExtra)

Den Beispiel-Daten:

d <- matrix(rnorm(25), 5, 5)
colnames(d) = paste("bip", 1:5, sep = "")
rownames(d) = paste("blob", 1:5, sep = "")

Definieren Sie die dendrogramms für Zeilen und Spalten (computed
intern in heatmap):

dd.row <- as.dendrogram(hclust(dist(d)))
row.ord <- order.dendrogram(dd.row)

dd.col <- as.dendrogram(hclust(dist(t(d))))
col.ord <- order.dendrogram(dd.col)

und übergeben Sie an die dendrogramGrob Funktion in der legend
argument levelplot.

Ich habe ein neues Thema mit Farben aus RColorBrewer, und
verändert die Breite und die Farbe der Zellen Grenzen mit border
und border.lwd:

myTheme <- custom.theme(region=brewer.pal(n=11, 'RdBu'))

levelplot(d[row.ord, col.ord],
          aspect = "fill", xlab='', ylab='',
          scales = list(x = list(rot = 45)),
          colorkey = list(space = "bottom"),
          par.settings=myTheme,
          border='black', border.lwd=.6,
          legend =
          list(right =
               list(fun = dendrogramGrob,
                    args =
                    list(x = dd.col, ord = col.ord,
                         side = "right",
                         size = 10)),
               top =
               list(fun = dendrogramGrob,
                    args =
                    list(x = dd.row,
                         side = "top"))))

Diagonale Etikettenausrichtung auf der x-Achse in Heatmap (s)

Können Sie sogar die shrink argument für die Skalierung der Zellen Größe
proportional zu Ihrem Wert.

levelplot(d[row.ord, col.ord],
          aspect = "fill", xlab='', ylab='',
          scales = list(x = list(rot = 45)),
          colorkey = list(space = "bottom"),
          par.settings=myTheme,
          border='black', border.lwd=.6,
          shrink=c(.75, .95),
          legend =
          list(right =
               list(fun = dendrogramGrob,
                    args =
                    list(x = dd.col, ord = col.ord,
                         side = "right",
                         size = 10)),
               top =
               list(fun = dendrogramGrob,
                    args =
                    list(x = dd.row,
                         side = "top"))))

Diagonale Etikettenausrichtung auf der x-Achse in Heatmap (s)

InformationsquelleAutor der Antwort Oscar Perpiñán

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Konnte ich Gavin Simpson ' s Antwort und getrimmt, Sie ein wenig für mich arbeiten, für einfache prototyping-Zwecke, wo data1 ist das zu Lesen.csv () - Objekt, und data1_matrix natürlich die matrix produziert von
```
heatmap(data_matrix, Rowv=NA, Colv=NA, col=heat.colors(64), scale='column', margins=c(5,10),
   labCol="", add.expr = text(x = seq_along(colnames(data1)), y=-0.2, srt=45, 
   labels=colnames(data1), xpd=TRUE))
```
Boom! Dank Gavin.

Einen Schlüssel bit für diese Arbeit ist der Teil vor dem add.expr bit, wo er die labCol "", die notwendig ist, um zu verhindern, dass die ehemaligen (straight-down) Etiketten von überschneidungen mit den neuen 45-Grad-diejenigen

InformationsquelleAutor der Antwort boulder_ruby

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