Einfache Kombinatorik in der R

Möchte ich eine R-Funktion für das Auffinden aller möglichen einmaligen ungerichtete Kombinationen zwischen den Elementen von einem einzigen Vektor:

combi <- function(vec1)
{
  si <- length(vec1)
  first <- rep(vec1, (si-1):0)
  secR <- rev(vec1)
  second <- secR[sequence(1:(si-1))]
  second <- rev(second)
  combi <- matrix(cbind(first, second), ncol = 2)
  return(combi)
}

und Fragen, ob es eine einfachere Möglichkeit, dies zu tun? (Ich brauche das Ergebnis in eine 2-spaltige matrix).

InformationsquelleAutor Fedja Blagojevic | 2011-11-08
  1. 10

    Gut, es gibt einen eingebauten combn Funktion:

    t(combn(vec1,2))

    Deins sieht schneller aus, obwohl, vielleicht, weil combn versucht zu lösen, ein Allgemeines problem (??):

    > library(rbenchmark)
> v <- 1:20
> benchmark(combi(v),t(combn(v,2)))
            test replications elapsed relative user.self sys.self
1       combi(v)          100   0.005      1.0     0.004    0.000   
2 t(combn(v, 2))          100   0.044      8.8     0.040    0.004
    • Mit einem problem dieser kleinen overhead der Fehlerüberprüfung und-Einrichtung für den Allgemeinen Fall von 3 oder höher, die Zeilen der Ausgabe und der mögliche SPAß-Anwendung, die combn watet durch ist wahrscheinlich der Unterschied.
    InformationsquelleAutor Ben Bolker
  2. 4

    Gibt es eine Basis R-Funktion combn im Paket utils die, soweit ich das beurteilen kann, gibt identisch (wenn umgesetzt) Ergebnisse. Der Unterschied ist, dass combn ist flexibler in dem Sinne, dass es auch die Berechnung von Kombinationen von anderer Länge als 2.

    combi(1:5)
      [,1] [,2]
 [1,]    1    2
 [2,]    1    3
 [3,]    1    4
 [4,]    1    5
 [5,]    2    3
 [6,]    2    4
 [7,]    2    5
 [8,]    3    4
 [9,]    3    5
[10,]    4    5

    Mithilfe der Basis-R combn:

    combn(1:5, 2)
     [,1] [,2] [,3] [,4] [,5] [,6] [,7] [,8] [,9] [,10]
[1,]    1    1    1    1    2    2    2    3    3     4
[2,]    2    3    4    5    3    4    5    4    5     5

    Berechnen Kombinationen der Länge 3:

    combn(1:5, 3)
     [,1] [,2] [,3] [,4] [,5] [,6] [,7] [,8] [,9] [,10]
[1,]    1    1    1    1    1    1    2    2    2     3
[2,]    2    2    2    3    3    4    3    3    4     4
[3,]    3    4    5    4    5    5    4    5    5     5
    • Vielen Dank, denn ich war verwirrt durch diese Funktion combn.
    InformationsquelleAutor Andrie
  3. 2

    Paket combinat. Große Anzahl von tools für Kombination, permutation, und all das.

    InformationsquelleAutor Carl Witthoft
  4. 1

    Dank für die Buchung. Ein paar Verbesserungen für die performance.

    ein. Ich verwendet rep.int stattdessen rep oder, wenn herauszufinden, die Indizes für den ersten.

    b. Ich verwendet

    second <- secR[rev(sequence(1:(si-1)))]

    statt

    second <- secR[sequence(1:(si-1))]
second <- rev(second)

    c. Ich verwendet

    matrix(c(first, second), ncol = 2)

    statt

    matrix(cbind(first, second), ncol = 2)
    InformationsquelleAutor Anirban Mukherjee
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