Ersetzen NA - in R - arbeitet in einer Praxis dataset, sondern Warnmeldung angezeigt, wenn angewendet, um die tatsächlichen Daten

Ich habe einen Datensatz in R die aussieht, und hat gewesen umgestaltet in der gleichen Weise wie im folgenden Beispiel. Das Ziel ist, die wiederum die NA-Werte in etwas anderes (z.B. "FALSE" oder "0"), die dann verwendet werden können, um eine neue Spalte

ortho.test<-data.frame(rep("a",10));colnames(ortho.test)=("ODB6")
ortho.test$FBGN=c("FBgn0132258","FBgn0131535","FBgn0138769","FBgn01561235","FBgn0316645","FBgn874916","FBgn5758641","FBgn5279946","FBgn67543154","FBgn2451645")
ortho.test$Species=c("DROME","DROSI","DROSE","DROAN","DROYA","DROPS","DROPE","DROVI","DROGR","DROWI")

ortho<-reshape(ortho.test,direction="wide",idvar="ODB6",timevar="Species")
ortho$FBGN.DROME<-NA
is.na(ortho)

Das gibt einen Vektor, sagen mir alle, aber die FBGN.DROME sind FALSCH
Mit der folgenden str () - Ausgabe:

> str(ortho)
'data.frame':   1 obs. of  11 variables:
 $ ODB6      : Factor w/ 1 level "a": 1
 $ FBGN.DROME: logi NA
 $ FBGN.DROSI: chr "FBgn0131535"
 $ FBGN.DROSE: chr "FBgn0138769"
 $ FBGN.DROAN: chr "FBgn01561235"
 $ FBGN.DROYA: chr "FBgn0316645"
 $ FBGN.DROPS: chr "FBgn874916"
 $ FBGN.DROPE: chr "FBgn5758641"
 $ FBGN.DROVI: chr "FBgn5279946"
 $ FBGN.DROGR: chr "FBgn67543154"
 $ FBGN.DROWI: chr "FBgn2451645"
 - attr(*, "reshapeWide")=List of 5
  ..$ v.names: NULL
  ..$ timevar: chr "Species"
  ..$ idvar  : chr "ODB6"
  ..$ times  : chr  "DROME" "DROSI" "DROSE" "DROAN" ...
  ..$ varying: chr [1, 1:10] "FBGN.DROME" "FBGN.DROSI" "FBGN.DROSE" "FBGN.DROAN" ...

Ich mein NA 0

ortho[is.na(ortho)]<-0
is.na(ortho)

Das gibt einen Vektor, sagen mir, nun sind alle FALSCH - ein Erfolg, denn jetzt kann ich eine Spalte mit ifelse (), um zu zeigen, welche Zeilen haben nicht 0 oder FALSE ist (oder was auch immer text-label, die ich verwenden, um zu ersetzen die NA ' s) in eine beliebige Spalte...

Allerdings, wenn ich diese anwenden, um die vollständige geblasen dataframe die NA ' s werden nicht konvertiert und ich bekomme folgende Warnungen

> ortho[is.na(ortho)]<-0
There were 12 warnings (use warnings() to see them)
> warnings()
Warning messages:
1: In `[<-.factor`(`*tmp*`, thisvar, value = structure(c(62938L,  ... :
  invalid factor level, NAs generated
2: In `[<-.factor`(`*tmp*`, thisvar, value = structure(c(67667L,  ... :
  invalid factor level, NAs generated
3: In `[<-.factor`(`*tmp*`, thisvar, value = structure(c(122384L,  ... :
  invalid factor level, NAs generated
4: In `[<-.factor`(`*tmp*`, thisvar, value = structure(c(136498L,  ... :
  invalid factor level, NAs generated
5: In `[<-.factor`(`*tmp*`, thisvar, value = structure(c(84764L,  ... :
  invalid factor level, NAs generated
6: In `[<-.factor`(`*tmp*`, thisvar, value = structure(c(162734L,  ... :
  invalid factor level, NAs generated
7: In `[<-.factor`(`*tmp*`, thisvar, value = structure(c(33586L,  ... :
  invalid factor level, NAs generated
8: In `[<-.factor`(`*tmp*`, thisvar, value = structure(c(38959L,  ... :
  invalid factor level, NAs generated
9: In `[<-.factor`(`*tmp*`, thisvar, value = structure(c(149363L,  ... :
  invalid factor level, NAs generated
10: In `[<-.factor`(`*tmp*`, thisvar, value = structure(c(846L,  ... :
  invalid factor level, NAs generated
11: In `[<-.factor`(`*tmp*`, thisvar, value = structure(c(98228L,  ... :
  invalid factor level, NAs generated
12: In `[<-.factor`(`*tmp*`, thisvar, value = structure(c(110267L,  ... :
  invalid factor level, NAs generated

- und dies ist der str () - Ausgabe

  > str(ortho)
    'data.frame':   17217 obs. of  13 variables:
     $ ODB6      : Factor w/ 17217 levels "EOG60023J","EOG60023K",..: 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 ...
     $ FBGN.DROGR: Factor w/ 164289 levels "FBgn0000008",..: 62938 54687 54705 56261 52591 58895 52161 52477 59180 53404 ...
     $ FBGN.DROMO: Factor w/ 164289 levels "FBgn0000008",..: 67667 65117 65951 66506 68291 71722 73134 68667 72523 76080 ...
     $ FBGN.DROVI: Factor w/ 164289 levels "FBgn0000008",..: 122384 121133 120018 121674 NA 125620 123754 123969 127130 130755 ...
     $ FBGN.DROWI: Factor w/ 164289 levels "FBgn0000008",..: 136498 136809 139642 137108 NA 141689 136363 137237 135869 132801 ...
     $ FBGN.DROPE: Factor w/ 164289 levels "FBgn0000008",..: 84764 78121 81229 80829 85509 82276 79001 80267 77133 87679 ...
     $ FBGN.DROPS: Factor w/ 164289 levels "FBgn0000008",..: 162734 158625 162203 158653 158028 22427 158179 13830 19898 160874 ...
     $ FBGN.DROAN: Factor w/ 164289 levels "FBgn0000008",..: 33586 35261 35694 23649 33601 25796 33808 33861 25917 29992 ...
     $ FBGN.DROER: Factor w/ 164289 levels "FBgn0000008",..: 38959 41203 40738 39865 38807 46087 38821 44982 47952 38091 ...
     $ FBGN.DROYA: Factor w/ 164289 levels "FBgn0000008",..: 149363 153417 153106 152243 149654 147146 149664 149482 147635 144838 ...
     $ FBGN.DROME: Factor w/ 164289 levels "FBgn0000008",..: 846 7219 6958 162946 525 1892 125 3510 163839 10111 ...
     $ FBGN.DROSE: Factor w/ 164289 levels "FBgn0000008",..: 98228 94438 94153 102953 98068 95380 98082 92553 93497 95950 ...
     $ FBGN.DROSI: Factor w/ 164289 levels "FBgn0000008",..: 110267 108223 107983 107246 110164 117494 116973 110504 106459 NA ...
     - attr(*, "reshapeWide")=List of 5
      ..$ v.names: NULL
      ..$ timevar: chr "Species"
      ..$ idvar  : chr "ODB6"
      ..$ times  : Factor w/ 12 levels "DROAN","DROER",..: 3 5 10 11 6 7 1 2 12 4 ...
      ..$ varying: chr [1, 1:12] "FBGN.DROGR" "FBGN.DROMO" "FBGN.DROVI" "FBGN.DROWI" ...
    >

Könnten Sie mir helfen, die wichtigsten dataframe zu spielen, wie der test einer Tat? (PS - ich weiß, ich werde "dies ist ein Duplikat, Lesen Sie die Hilfe-Seiten und suchen richtig" Antwort - aber ich habe gesucht, die, wie ich fand heraus, gewusst wie: ersetzen von NA ' s, und ich habe nicht gefunden, alle mit diesem gleichen Problem.)

Haben Sie nicht bemerken den Unterschied zwischen den Ausgängen der str in Ihren zwei Beispiele?
Danke, ich kann sehen, dass jetzt - also vielleicht Faktoren ist die Ursache des Problems, aber das wirft zwei Fragen auf: 1. Warum hat die test-Daten kommen, wie die Zeichen aber, die realen Daten zu sein scheinen Faktoren? und (noch wichtiger) 2. wie das @ - &?! ist dieser behoben?
Siehe die Argumente as.is, colClasses und stringsAsFactors Sie in der Dokumentation für read.table.
danke @Joran Einstellung der stringsAsFactors=F gearbeitet

InformationsquelleAutor ELL | 2013-03-11

dataframe na r reshape

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Haben Sie eine Faktoren-problem. Wenn Sie sich Ihre echten Daten festlegen, werden Sie feststellen, die
```
Factor w/ 164289 levels .....
```
Beispielsweise
```
R> x = factor(c("A", "B"))
R> x[x=="A"] = 0
Warning message:
In `[<-.factor`(`*tmp*`, x == "A", value = 0) :
  invalid factor level, NAs generated
```
Müssen Sie 0 als eine Ebene. So etwas wie:
```
x = factor(x, levels=c(levels(x), 0))
x[is.na(x)] = 0
```
sollte den trick tun. Jedoch eine bessere Taktik wäre um zu ändern, wie Sie Lesen in den Daten. Zum Beispiel,
```
read.table(filename, stringsAsFactors=FALSE)
```
InformationsquelleAutor csgillespie
3

Für diejenigen, deren Daten nicht aus einer Datei zu Lesen. Konvertieren jede Spalte der data.frame getan werden kann, mit diesem loop (gilt nicht funktionieren würde, weil es konvertiert die Daten.frame in eine matrix):
```
for (k in 1:ncol(data)){
   data[[k]] <- as.character(data[[k]])
}
```
Dann gelten die Lösung dieses Frage, wenn der level-Lösung funktioniert nicht.

Haben Sie sich überlegt lapply statt apply?

InformationsquelleAutor llrs

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