Farb-Skala für heatmap

Ich versuche zum vergleichen von Daten mithilfe von heatmaps. Ich möchte die Farbe einstellen, die Skala, um die gleiche für alle von Ihnen. zum Beispiel, alle auf der Skala für die Werte -0.5, 0.5;

Ich habe mit gplots redgreen(50). aber die Farbe, die Intensitäten sind umskaliert auf verschiedene Gruppen von
Daten.

zum Beispiel:
mein r ist.matrix kann im Bereich von -1 bis +1; und meine r1.matrix kann im Bereich von -0.2 bis +0.2. durch auftragen der beiden heatmap, wenn putting auf dem gleichen Farbskala, würde ich erwarten, dass die Farbe für die r1.matrix werden viel dunkler

hm <- heatmap(r.matrix, Colv = NA, col = redgreen(50))
hm1 <- heatmap(r1.matrix, Colv = NA, col = redgreen(50))

Die Farb-Skala erstrecken sich über die Daten-Bandbreite, also mit gleicher redgreen(50) es werden gleiche rot oder grün für Daten reicht von -1 bis +1 und für Daten reicht aus -.2 +.2. der Grund, lassen die Farben erstrecken sich über [-1,1] auf Daten reichen [-.2, .2] ist in der Lage sein zu visualisieren, den Unterschied in den Daten, ohne einen Blick in das oder die Kenntnis der Daten Bereich-eine explorative Schritt.

InformationsquelleAutor user2783615 | 2013-12-18

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Den Befehl redgreen(50) ist-unabhängig von Ihrer tatsächlichen Werte und gibt einen vector von 50 Farben. Können Sie diese Farbe verwenden, Vektor -, und extrahieren Sie einen Teil davon an Euch, die zweite matrix.

Beispiel:
```
set.seed(1)
r.matrix <- matrix(runif(16, -1, 1), 4, 4)
r1.matrix <- r.matrix / 5
```
Die Werte in der matrix r1.matrix sind ein Fünftel der Werte in r.matrix.

Nun, die Farbe, die Vektoren, die erstellt werden können in der folgenden Weise:
```
library(gplots) 

rg <- redgreen(50)      # the original color vector

# range of values in first matrix around median
r1 <- range(r.matrix) - median(r.matrix)
# range of values in second matrix around median
r2 <- range(r1.matrix) - median(r1.matrix)
# relative distances to median of second compared to first matrix
prop <- r1 / r2

# center of colcor vector
cent <- length(rg) / 2 + 0.5

# calculate indices of shorter color vector for the second matrix
ind <- cent / prop
idx <- round(cent - c(1, -1) * ind)

# new color vector
rg_new <- rg[Reduce(seq, idx)]
```
Verwendung dieser Vektoren zur Farbe der heatmaps:
```
heatmap(r.matrix, Colv = NA, col = rg)
```
```
heatmap(r1.matrix, Colv = NA, col = rg_new)
```
Die Palette der Farben in der zweiten heatmap ist kleiner als der Bereich in die erste heatmap.

Dank Sven Hohenstein -- Die Farbskala erstrecken sich über die Daten-Bandbreite, also mit gleicher redgreen(50) es werden gleiche rot oder grün für Daten reicht von -1 bis +1 und für Daten reicht aus -.2 +.2. aber der Grund, lassen Sie die Farben erstrecken sich über [-1,1] auf Daten reichen [-.2, .2] ist in der Lage sein zu visualisieren, den Unterschied in den Daten. Wie viel Unterschied zwischen den zwei Sätzen von Daten, ist nicht bekannt...
Ich aktualisierte die Antwort. Nun, die Erschaffung der zweite Vektor von Farben möglich ist, ohne zu wissen, das Spektrum der matrix 2 vorher (aber es muss kleiner sein).
Vielen Dank Sven! Ihnen ist eine gute Lösung. Ich landete, die alle post-clustering-Matrizen und addiert leere Spalten dazwischen, dann zeichnen Sie Sie zusammen, so legen Sie Sie auf der gleichen Skala. Jedenfalls gab es gute visuelle Hilfsmittel.

InformationsquelleAutor Sven Hohenstein

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