Farbe Beschriftungen (text) in R heatmap

Ich versuche, eine heatmap, die in R, in der den label-text ist farbig (angeben, welche Gruppe die Daten Punkt kommt).

Ich bin derzeit mit heatmap.2, aber würden uns freuen, Sie ein anderes Paket. 

heatmap.2(data.matrix(data),trace = 'none', dendrogram='none',ColSideColors=col)

Dieser Aufruf gibt mir die farbigen Balken (ColSideColors) entlang der Etiketten, aber ich würde gerne die Beschriftungen selbst gefärbt.

Vielen Dank!

InformationsquelleAutor user1795995 | 2012-11-03
  1. 3

    Müssen Sie erstellen eine neue Funktion, die die col.axis argument. Diese sind in der Zeile der Funktion zu arbeiten:

    # there were four long pages of code before this section:

axis(1, 1:nc, labels = labCol, las = 2, line = -0.5, tick = 0, # original line
        col.axis="green",   # added argument
        cex.axis = cexCol)
if (!is.null(xlab)) 
        mtext(xlab, side = 1, line = margins[1] - 1.25)
axis(4, iy, labels = labRow, las = 2, line = -0.5, tick = 0, # original line
        col.axis="green",   # added argument
        cex.axis = cexRow)
    InformationsquelleAutor 42-
  2. 0

    Ich hatte das gleiche problem vor kurzem, und ich landete mit mtext zu ersetzen, die der ursprünglichen axis. Die vorherigen Antworten haben gezeigt, dass die axis Anweisung zum zeichnen der labels. Allerdings col.axis konnte nur angeben, eine Farbe. Zu ermöglichen, Vektor-Farbe, 

    #    axis(1, 1:nc, labels = labCol, las = 2, line = -0.5, tick = 0, 
#        cex.axis = cexCol )
mtext(side = 1, text = labCol, at = 1:nc, las = 2, line = 0.5,col = ClabColor, cex = cexCol)


#    axis(4, iy, labels = labRow, las = 2, line = -0.5, tick = 0, 
#        cex.axis = cexRow )
mtext(side = 4, text = labRow, at = iy, las = 2, line = 0.5,col = RlabColor, cex = cexCol)

    Denken Sie auch daran, für zwei weitere Argumente der Funktion ClabColor = "black", RlabColor = "black". Die Standardfarben sind schwarz.

    Andere Sache, die Sie beachten müssen ist, dass die vector-Farbe sollte sich nach der Reihenfolge der labels, die permuted wenn Sie berechnen dendrogramms

    InformationsquelleAutor lwz0203
  3. 0

    Kann ich nicht beantworten lwz0203 aufgrund fehlender Kommentierung Berechtigungen, aber Ihr code ist nicht ganz vollständig. Sie müssen fügen Sie die Zeilen:

    if(is.vector(RlabColor)) {
    RlabColor=RlabColor[rowInd]
}

    (und analagously für ClabColor)

    if(is.vector(ClabColor)) {
    ClabColor=ClabColor[colInd]
}

    irgendwann in den code, oder Sie bekommen das färben mis-matching mit den Beschriftungen, wenn Sie verwenden ein Vektor von Farben. Der text im Vektor-labRow oder labCol wird neu geordnet, die bereits mit dem code:

    if (is.null(labRow))
    labRow <- if (is.null(rownames(x)))
        (1:nr)[rowInd]
        else rownames(x)
else labRow <- labRow[rowInd]

    So, ich hinzufügen, Neuanordnen von RlabColor und ClabColor an der gleichen Stelle.

    InformationsquelleAutor procrastinator
Schreibe einen Kommentar