Grundstück NetworkX Graph von Nähe Matrix in der CSV-Datei

Ich haben gekämpft, mit diesem problem für eine Weile jetzt, ich weiß, das ist sehr einfach - aber ich habe wenig Erfahrung mit Python oder NetworkX. Meine Frage ist ganz einfach, ich versuche zu Grundstück einen großen Datensatz (über 200 Zeilen/Spalten) einer matrix, die wie folgt aussieht. Die erste Zeile und die erste Spalte sind identisch.

  A,B,C,D,E,F,G,H,I,J,K
A,0,1,1,0,1,1,1,1,0,1,0
B,1,0,0,0,1,1,1,1,0,1,0
C,1,0,0,0,1,1,1,1,0,1,0

Es nur eine matrix, die zeigen, wie Menschen miteinander verbunden sind, und alles was ich will ist, zu importieren und Plotten Sie diese csv-Datei mit entsprechenden Beschriftungen in NetworkX.

Habe ich diese Datei (people.csv), und beim Blick auf die vorherigen Antworten hier, es scheint der beste Weg, dies zu tun ist, indem Sie die Daten in ein array numpy.

Scheint es ein problem mit diesem:

import numpy as np
import networkx as nx
import matplotlib.pyplot as plt
from numpy import genfromtxt
import numpy as np

mydata = genfromtxt('mouse.csv', delimiter=',')

Bekomme ich die folgende Ausgabe:

File "/System/Library/Frameworks/Python.framework/Versions/2.7/Extras/lib/python/numpy/lib/npyio.py", line 1272, in genfromtxt
  fhd = iter(np.lib._datasource.open(fname, 'rbU'))
File "/System/Library/Frameworks/Python.framework/Versions/2.7/Extras/lib/python/numpy/lib/_datasource.py", line 145, in open
  return ds.open(path, mode)
File "/System/Library/Frameworks/Python.framework/Versions/2.7/Extras/lib/python/numpy/lib/_datasource.py", line 472, in open
  found = self._findfile(path)
File "/System/Library/Frameworks/Python.framework/Versions/2.7/Extras/lib/python/numpy/lib/_datasource.py", line 323, in _findfile
  if self.exists(name):
File "/System/Library/Frameworks/Python.framework/Versions/2.7/Extras/lib/python/numpy/lib/_datasource.py", line 417, in exists
  from urllib2 import urlopen
File "/System/Library/Frameworks/Python.framework/Versions/2.7/lib/python2.7/urllib2.py", line 94, in <module>
  import httplib
File "/System/Library/Frameworks/Python.framework/Versions/2.7/lib/python2.7/httplib.py", line 69, in <module>
  from array import array
      File "/Users/Plosslab/Documents/PythonStuff/array.py", line 4, in <module>
      NameError: name 'array' is not defined

InformationsquelleAutor Workhorse | 2015-04-11

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Machte ich eine kleine csv genannt mycsv.csv hat Folgendes:
```
,a,b,c,d
a,0,1,0,1
b,1,0,1,0
c,0,1,0,1
d,1,0,1,0
```
Sie don T haben ein ',' als erstes Zeichen in der ersten Zeile, aber Sie müssen stattdessen ein Leerzeichen, so ist dies ein Fehler auf mein Teil lass es mich wissen. Die Allgemeine Idee der gleiche sein wird. Lesen Sie in der csv als solche:
```
from numpy import genfromtxt
import numpy as np
mydata = genfromtxt('mycsv.csv', delimiter=',')
print(mydata)
print(type(mydata))
```
Diese Drucke:
```
[[ nan  nan  nan  nan  nan]
 [ nan   0.   1.   0.   1.]
 [ nan   1.   0.   1.   0.]
 [ nan   0.   1.   0.   1.]
 [ nan   1.   0.   1.   0.]]
<type 'numpy.ndarray'>
```
Nun, dass wir das csv Lesen in ein numpy-array müssen wir extrahieren Sie einfach die Nähe matrix:
```
adjacency = mydata[1:,1:]
print(adjacency)
```
Diese Drucke:
```
[[ 0.  1.  0.  1.]
 [ 1.  0.  1.  0.]
 [ 0.  1.  0.  1.]
 [ 1.  0.  1.  0.]]
```
Können Sie gerade schneiden Sie Ihre numpy-array als nötig, wenn meine kleinen Beispiel nicht genau, wie deine.

Zeichnen der Grafik, die Sie benötigen, um den import matplotlib und networkx:
```
import matplotlib.pyplot as plt
import networkx as nx

def show_graph_with_labels(adjacency_matrix, mylabels):
    rows, cols = np.where(adjacency_matrix == 1)
    edges = zip(rows.tolist(), cols.tolist())
    gr = nx.Graph()
    gr.add_edges_from(edges)
    nx.draw(gr, node_size=500, labels=mylabels, with_labels=True)
    plt.show()

show_graph_with_labels(adjacency, make_label_dict(get_labels('mycsv.csv')))
```
Hier eine kurze tutorial auf Graphen mit python.
- Dies ist sehr hilfreich, aber es ist zwingend notwendig, dass die Knoten gekennzeichnet sind, in der Erwägung, dass genfromtxt scheint das Teil zu entfernen.
- ok ich werde aktualisieren Sie den code, so erhalten Sie die basic-labels.
- Ich glaube, ich missverstanden. Sind die Briefe, die Sie Ihren Etiketten? Wenn Sie wollen etwas anderes als die row / col-Nummer, wie Sie Ihre Etiketten können Sie benutzerdefinierte Etiketten: networkx.github.io/Dokumentation/latest/Beispiele/Zeichnung/...
- Ich schließlich lief dieser code, bekomme ich eine Menge der Fehler: "Datei "/System/Library/Frameworks/Python.framework/Versions/2.7/Extras/lib/python/numpy/lib/npyio.py", Zeile 1272, in genfromtxt fhd = iter(np.lib._datasource.open(fname, 'rbU')) NameError: name', array,' nicht definiert`
- Zu sagen, dass Sie habe Fehler, ist kein hilfreicher Kommentar. Welche Fehler hast du bekommen? Und können Sie meine Vorherige Frage, was die Etiketten, die Sie erwarten?
- Ok, werde ich Sie posten in Frage.
- Ja, die Buchstaben sind meine Etiketten.
- Sind Sie import-Fehler?
- Ok, ich habe es behoben, kein Netzwerk-Fehler. Ich werde Ihre Empfehlung, um eine Darstellung der tatsächlichen Bezeichnungen (A,B,C,D usw...) in den Graphen.
- Ich werde Bearbeiten, so dass Sie können fügen Sie Ihre eigenen Etiketten (nehmen wir an, Sie sind die Buchstaben A, B, C,..., aus der csv -)
- Auch wenn Sie glauben, dies beantwortet deine Frage, würden Sie bitte upvote und akzeptieren meine Antwort.
- Es scheint, dass, wenn es gibt keine Kanten, einige Knoten, dieser Knoten wird nicht angezeigt, in der Grafik mit dieser Methode.
InformationsquelleAutor Scott

Diese kann getan werden, schnell und einfach mit pandas und networkx.

Zum Beispiel, habe ich eine kleine csv Datei namens test.csv als

A,B,C,D,E,F,G,H,I,J,K
A,0,1,1,0,1,1,1,1,0,1,0
B,1,0,0,0,1,1,1,1,0,1,0
C,1,0,0,0,1,1,1,1,0,1,0
D,0,0,0,0,1,0,1,1,0,1,0
E,1,0,0,0,1,1,1,1,0,1,0
F,0,0,1,0,1,0,0,0,0,1,0
G,1,0,0,0,0,0,0,1,0,0,0
H,1,0,0,0,1,1,1,0,0,1,0
I,0,0,0,1,0,0,0,0,0,0,0
J,1,0,0,0,1,1,1,1,0,1,0
K,1,0,0,0,1,0,1,0,0,1,0

Lesen Sie diese csv-Datei und erstellen Sie ein Diagramm wie folgt

import pandas as pd
import networkx as nx
input_data = pd.read_csv('test.csv', index_col=0)
G = nx.DiGraph(input_data.values)

Für das Plotten dieser graph verwenden

nx.draw(G)

Würden Sie sich ein Grundstück etwas ähnlich wie diese.

Grundstück NetworkX Graph von Nähe Matrix in der CSV-Datei

Es ist nicht notwendig, starten die 1. Zeile mit Komma, um anzuzeigen, dass die 1. Zelle leer ist?

InformationsquelleAutor Abinash Panda

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