Heat-map von binären Daten mit R oder Python

Ich habe einen binären Datensatz 0 und 1, wobei 0 die Abwesenheit und 1 Vorhandensein eines Ereignisses.

Einer Stichprobe des Datensatzes sieht wie folgt aus:

events    germany    Italy 
Rain      0          1
hail      1          0
sunny     0          0

Ich würde gerne ein rot-und-weiß-Bild dieser Daten in form von Wärme Karte durch das Lesen der Daten aus einer Datei.

  • Was haben Sie versucht?
  • Ich benutze MeV software dafür, aber irgendwie (ich denke, wegen der binären Natur der Daten) das Ergebnis ist entweder komplett rot oder komplett weiß.
  • Ich gehe davon aus, dass durch die tags, die Sie möchten, um zu sehen, sowohl eine python und ein R Lösung. Wenn also das nächste mal bitte, dass in der Frage.
  • Werfen Sie einen Blick auf die Kachel, die geometrie, die in ggplot2 für eine gute option.
  • Ich vermute, die Lesen die Daten aus einer Datei Teil ist entweder bekannt oder eine eigene Frage?
InformationsquelleAutor Angelo | 2012-05-01
  1. 2

    Mit neu zu gestalten und ggplot2 in R

    library(reshape)
library(ggplot2)

dat <- data.frame(weather=c("Rain","Hail","Sunny"), Germany = c(0,1,0), Italy = c(1,0,0))

melt.data<-melt(dat, id.vars="weather", variable_name="country")

qplot(data=melt.data,
      x=country,
      y=weather,
      fill=factor(value),
      geom="tile")+scale_fill_manual(values=c("0"="white", "1"="red"))

    Heat-map von binären Daten mit R oder Python

    • nett, Danke
    • Wie kann ich die Eingaben in eine Datei, statt des dat <- Daten.Rahmen(Wetter=c("Regen","Hagel","Sunny"), in Deutschland = c(0,1,0), Italien = c(1,0,0)) diese Zeile
    • zB. ?Lesen.csv oder jede andere schreib-Funktion (readLines...)
    InformationsquelleAutor Etienne Low-Décarie
  2. 5

    Bearbeiten: In Reaktion auf die Kommentare unten, hier ist eine Beispiel-Daten-Datei (gespeichert auf der Festplatte als "data.txt"):

    Rain  0 0 0 0 1 0 1 0 0 1
Hail  0 1 0 0 0 0 0 1 0 0
Sunny 1 1 1 0 1 0 1 0 1 1

    In python, wir können Lesen Sie die Etiketten und plot diese "heatmap" von:

    from numpy import loadtxt
import pylab as plt

labels = loadtxt("data.txt", usecols=[0,],dtype=str)
A      = loadtxt("data.txt", usecols=range(1,10))

plt.imshow(A, interpolation='nearest', cmap=plt.cm.Reds)
plt.yticks(range(A.shape[0]), labels)

plt.show()
import pylab as plt

    Heat-map von binären Daten mit R oder Python

    • Wie kann ich Lesen Sie die binäre matrix, anstatt der Eingabe Eines = [[0,1],[1,0],[0,0]] ?
    • ist die Daten in einer Datei und sieht es aus genau wie, was ist geschrieben in deiner Frage? Wenn ja, werde ich Bearbeiten, meine Frage zu zeigen, wie aus einer Datei zu Lesen, wenn nicht lassen Sie mich wissen, was Ihre Daten aussieht. Wie steht es A ist eine binäre matrix (d.h. ein zweidimensionales array von Nullen und Einsen).
    • Es ist eine Art ähnlich wie data-matrix 133 Zeilen und 4 Spalten mit Spalte 1 enthält die Ereignisse, während die Spalte 2,3,4 enthalten, die binäre Daten (0 oder 1) angibt, ob das auch eingetreten ist in diesem Land oder nicht.
    • Ich habe bearbeitet die Antwort und zeigt Ihre Daten ein bisschen genauer. Sie können sich ändern "data.txt" auf alles, was Sie jetzt wollen, sollte das Etikett packte aus der ersten Spalte und die nachfolgenden Spalten werden sollte, zog richtig.
    • das Bild ist gut, aber sehr klein. Wie kann ich das Bild vergrößern?
    • In pylab, das Bild ist ein interaktives Fenster. Klicken Sie auf das Symbol "speichern", um speichern Sie eine png, oder noch besser ein pdf, wo die Auflösung ist perfekt und kann gesprengt werden, um beliebige Größe haben. Programmgesteuert speichern Sie das Bild verwenden Sie die dpi-Einstellung in savefig matplotlib.sourceforge.net/api/....
    • lassen Sie uns weiter, diese Diskussion im chat

    InformationsquelleAutor Hooked
  3. 4

    Sehen ?image. Mit Ihren Daten

    dat <- data.matrix(data.frame(Germany = c(0,1,0), Italy = c(1,0,0)))
rownames(dat) <- c("Rain","Hail","Sunny")

    Dies bringt uns nahe:

    image(z = dat, col = c("white","red"))

    aber bessere Handhabung von Achsenbeschriftungen... wäre nice Try:

    op <- par(mar = c(5,5,4,2) + 0.1)
image(z = dat, col = c("white","red"), axes = FALSE)
axis(side = 1, labels = rownames(dat), 
     at = seq(0, by = 0.5, length.out = nrow(dat)))
axis(side = 2, labels = colnames(dat), at = c(0,1), las = 1)
box()
par(op)

    Gibt

    Heat-map von binären Daten mit R oder Python

    Haben die heatmap Umgekehrt, transponieren dat (image(z = t(dat), ....)) und machen in der axis() Anrufe, ändern side zu 2 im ersten und 1 im zweiten Aufruf (und bewegen die las = 1 zu den anderen rufen. I. e.:

    op <- par(mar = c(5,5,4,2) + 0.1)
image(z = t(dat2), col = c("white","red"), axes = FALSE)
axis(side = 2, labels = rownames(dat2), 
     at = seq(0, by = 0.5, length.out = nrow(dat2)), las = 1)
axis(side = 1, labels = colnames(dat2), at = c(0,1))
box()
par(op)
    • Wie kann ich eine Datei Lesen, wie die Datei in der Frage, und immer noch das gleiche Ergebnis erhalten.
    • Sehen ?Lesen.Tabelle für die meisten getrennte Arten. Es ist die R Data Import/Export-Handbuch, wenn Sie Ihre "Datei" ist komplizierter. Finden das Handbuch auf CRAN.
    InformationsquelleAutor Reinstate Monica - G. Simpson
  4. 2

    in R versuchen:

    library(bipartite)
mat<-matrix(c(0,1,1,0,1,1),byrow=TRUE,nrow=3)
rownames(mat)<-c("Rain","hail","sunny")
colnames(mat)<-c("Germany","Italy")
visweb(mat,type="None")

    für rote Quadrate und label-Größe-Steuerelement:

    visweb(mat,type="None",labsize=2,square="b",box.col="red")
    • Wie erhöhe ich die Schriftgröße? dies ist, was ich Tue 1. dat_matrix<-Daten.matrix(dat) 2. tiff("presenceGene.tiff") 3. visweb(dat_matrix,type="None") 4. dev.aus(). ich bin immer ein Bild, die hat eine sehr kleine Schriftgröße
    • labsize=2 wird der text Größe 2. probieren Sie verschiedene Größen zu bekommen, was Sie wollen, d.h. visweb(mat,type="None",labsize=2)
    • Grundstück Größe gesteuert werden kann, mit plotsize=12 denke ich
    InformationsquelleAutor user1317221_G
  5. 0

    Wahrscheinlich die einfachste Lösung in der Basis R ist:

    rownames(dat) = dat$weather
heatmap(as.matrix(dat[,2:3]), scale='none')

    ... vorausgesetzt, Ihre Daten-frame aufgerufen wird dat. Die heatmap ist nicht schön, aber es ist schnell und einfach. Die erste Zeile ist nicht nötig. Es dient nur dazu, um die Wetter-Etiketten zeigen Sie in der heatmap.

    InformationsquelleAutor Jonas Lindeløv
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