Messung Der Intensität Mit ImageJ
haben wir zur Messung der Intensität der Fluoreszenz in bestimmten Regionen der Bilder mit imagej. wir kamen mit der unten aufgeführten Schritte zur Messung der Intensität. während es scheint richtig, das ist meine Frage --> sind wir tatsächlich Messen die Intensität richtig mit den folgenden Schritten oder sind wir fälschlicherweise Messen etwas anderes und glauben, dass dieser Wert die Intensität?
- Damit das Bild ein 8-bit -
- Schwellenwert das Bild (Bild - > Anpassen > Schwelle) zu skizzieren, die alle Regionen und klicken Sie auf Anwenden,
- Öffnen, Analysieren > Analysieren Teilchen. Stellen Sie sicher, dass "add-in-manager" geklickt
- Analysieren > Analysieren, Partikel > Karte > Bloße Umrisse. Dies öffnet ein neues Bild.
- Öffnen Sie die Farbe Mikroskopie-Bild. Dann, Bild - > Overlay > Von ROI-Manager.
- Bild > Overlay > ROI-Manager.
- Im ROI-Manager: drücken Sie die "Maßnahme." (eine Ergebnisliste mit den einzelnen Daten Punkte werden pop-up)
- Mit der rechten Maustaste in das Ergebnisfenster und klicken Sie auf " Zusammenfassen.
- Datensatz mittlere Intensität Daten
sind wir richtig gemessen meine Intensität von Daten mithilfe der oben genannten Schritte?
- In Sie sind die Vorherige Frage (stackoverflow.com/questions/13925995/...), die Sie bat, über das konvertieren zu 8bit. Diese Umwandlung ändert die Pixelwerte so, dass es nicht das gleiche wie das original. Wenn die Intensität der ursprüngliche mittlere Pixelwert des Bildes, dann werden Sie wahrscheinlich eine Fehlermeldung von diesem Schritt
- dies ist für ein anderes Bild zu setzen und in diesem Satz (zum Glück!) die Bilder sind alle im 8-bit-Farbe, und wir haben zu "schwarz und weiß" die Bilder. Um das zu tun, wechseln wir Ihnen von 8-bit-Farbe 8-bit. so würde dies immer noch bedeuten, dass es ein Fehler ausgegeben, da die Konvertierung Veränderungen sind vereinbar und nicht die änderung der pixel-Werte?
- Es ist mir nicht klar, was es ist, Sie zu Messen versuchen und wenn es gut definiert ist. Konvertieren von Farbe in Graustufen, dann müssen Sie die rot -, grün-und blau-Komponenten und die Summe die Sie bekommen den Grauwert so "Grau = xred + yblue + z*green'. Das problem ist, x -, y -, und z sind nicht gut definiert, so dass die Letzte Messung ist nicht gut definiert. Haben Sie eine Lesen des Wikipedia article en.wikipedia.org/wiki/Grayscale
- Gäbe es irgendeinen praktischen nutzen für die Fokussierung auf das ursprüngliche Bild der RGB-Kanal, der am ehesten der spektrale peak der fluoreszierende Farbstoff verwendet?
- Gerade als Physiker als auch als Informatiker würde ich sagen, dass es immer noch nicht viel bedeuten, zu mir. Die Frage ist, wie viel wissenschaftlicher, als es ist ein software Problem. Vielleicht sollten wir schließen oder verschieben?
- Es ist eine gute Frage, aber ich bin mit der Abstimmung zu schließen, da off-topic. Meine Erfahrung ist mit Daten mit einem bekannten Spektrum, das beibehalten wird, die als Metadaten für die spätere Verwendung. Sorry, ich wollte sagen, "die am ehesten die spektrale peak" vor.
- Sorry für die Frage off-topic. Danke an alle. Ich werde versuchen, konzentrieren sich auf das ursprüngliche Bild der RGB-Kanal und schauen Sie in der Methode @trashgod und ich sehe Sie medPhys-pl. wenn x y z sind nicht gut definiert, das bedeutet, dass die endgültige Intensität, ist falsch.
- wo sollte ich die Frage so, dass es nicht off-topic? (wie eine andere website?) danke
- Ich bin mir nicht sicher über eine bessere Website. Suchen Sie in Ihrer vorherigen Frage haben, können Sie
Import > Rawzur Erhaltung der Dynamikumfang des Originals?
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Das sind einige Dinge, die Sie müssen sich bewusst sein, bei der Messung der Intensität in imageJ:
Bevor Schwelle müssen Sie aufteilen der Kanäle, vor allem, wenn Sie sind auf der Suche für florescence von einer bestimmten Wellenlänge.
Müssen Sie auch die "Wasserscheide" - Funktion nach dem Schwellenwert, so dass es wird einen überblick über die einzelnen Zellen, so dass Sie zu vermeiden, in der eine Gruppe von Zellen, die globed zusammen. Auf diese Weise können Sie Messen Ihre individuellen Intensitäten. Allerdings ist es nicht perfekt, so dass, sobald ROI erscheint, und die Zellen wurden beschrieben von der Partikel-Analyse müssen Sie gehen durch und stellen Sie sicher es ist die Messung singuläre Zellen. Alle Konturen, die mehr als eine Zelle gelöscht werden soll. Schauen Sie auch für unregelmäßig geformte Zellen oder micro-Kerne, die sollten auch gelöscht werden.
Nun ich nehme an, Sie sind die Messung der menschlichen Krebs-Zellen. Sie sollten diese Einstellungen verwenden:
Nachdem dies alles dann wenden Sie die Auflage. Was auch immer Bild, das Sie überlagern sich auf müssen Sie auch teilen Sie die Kanäle, die als gut, und verwenden Sie den Kanal mit der Wellenlänge, die Sie Messen (sprich: Alexaflour 488 wäre im GFP-Kanal).
Wenn Sie haben worden sammeln von Daten, ohne diese würde ich all den Papierkorb, der es als Verfahren getan, um es zu sammeln hat nicht kontrolliert, nichts.
Als auch für , wo zu gehen, zu Fragen, das Zeug.