R in Rstudio kann nicht finden rmarkdown Paket
Ich versuche, mit rmarkdown, in Rstudio (0.98.953) auf einem PC, für die erste Zeit. Ich habe ein Upgrade auf die neuesten Versionen von R (3.1.1) und R-studio. Die Ausgabe von sessionInfo() wird am Ende diese Frage.
Wie ich es verstehe rmarkdown aufgenommen werden sollten, in Rstudio. Allerdings, wenn ich wählen Sie zum erstellen eines markdown-Dokuments in Rstudio, wird ein Dialogfeld öffnet sich sagen, zusätzliche Pakete installiert werden müssen. Die installation von rmarkdown immer dann fehlschlägt, mit der folgenden Meldung:
Installing package into '\\cfsk18.campus.gla.ac.uk/SSD_Home_Data_X/jm383x/My Documents/R/win-library/3.1'
(as 'lib' is unspecified)
* installing *source* package 'rmarkdown' ...
** R
** inst
** preparing package for lazy loading
** help
*** installing help indices
** building package indices
** testing if installed package can be loaded
*** arch - i386
Warning in library(pkg_name, lib.loc = lib, character.only = TRUE, logical.return = TRUE) :
there is no package called 'rmarkdown'
Error: loading failed
Execution halted
*** arch - x64
Warning in library(pkg_name, lib.loc = lib, character.only = TRUE, logical.return = TRUE) :
there is no package called 'rmarkdown'
Error: loading failed
Execution halted
ERROR: loading failed for 'i386', 'x64'
* removing '\\cfsk18.campus.gla.ac.uk/SSD_Home_Data_X/jm383x/My Documents/R/win- library/3.1/rmarkdown'
Warning messages:
1: running command '"C:/PROGRA~1/R/R-31~1.1/bin/x64/R" CMD INSTALL -l "\\cfsk18.campus.gla.ac.uk\SSD_Home_Data_X\jm383x\My Documents\R\win-library\3.1" "C:/PROGRA~1/RStudio/R/packages/rmarkdown_0.2.49_047a80058bb4ef0b142196013d1c4dd8870d4dd9.tar.gz"' had status 1
2: In utils::install.packages("C:/Program Files/RStudio/R/packages/rmarkdown_0.2.49_047a80058bb4ef0b142196013d1c4dd8870d4dd9.tar.gz", :
installation of package 'C:/PROGRA~1/RStudio/R/packages/rmarkdown_0.2.49_047a80058bb4ef0b142196013d1c4dd8870d4dd9.tar.gz' had non-zero exit status
Ich nehme an, dies ist etwas zu tun mit der Verwendung einer managed-desktop in meinem Ort der Arbeit. Dies ist jedoch in der Regel kein problem, da deutlich weniger Einschränkungen werden auf diesen Maschinen, als es normalerweise der Fall ist, und alle anderen Pakete, software etc neigen dazu, zu arbeiten.
Habe ich auch versucht zu installieren rmarkdown direkt von github. Wieder der installer nicht erkennen kann, das Paket rmarkdown selbst.
Was ist wahrscheinlich die Ursache des Fehlers?
SessionInfo Ausgabe:
R version 3.1.1 (2014-07-10)
Platform: x86_64-w64-mingw32/x64 (64-bit)
locale:
[1] LC_COLLATE=English_United Kingdom.1252 LC_CTYPE=English_United Kingdom.1252 LC_MONETARY=English_United Kingdom.1252
[4] LC_NUMERIC=C LC_TIME=English_United Kingdom.1252
attached base packages:
[1] stats graphics grDevices utils datasets methods base
loaded via a namespace (and not attached):
[1] tools_3.1.1
Versuchen Sie die Installation direkt von github repo:
devtools::install_github("rstudio/rmarkdown")
Installing github repo rmarkdown/master from rstudio
Downloading master.zip from https://github.com/rstudio/rmarkdown/archive/master.zip
Installing package from C:\Users\jm383x\AppData\Local\Temp\RtmpINmLRv/master.zip
Installing rmarkdown
Installing dependencies for rmarkdown:
httpuv
Installing package into ‘\\cfsk18.campus.gla.ac.uk/SSD_Home_Data_X/jm383x/My Documents/R/win-library/3.1’
(as ‘lib’ is unspecified)
trying URL 'http://cran.rstudio.com/bin/windows/contrib/3.1/httpuv_1.3.0.zip'
Content type 'application/zip' length 857357 bytes (837 Kb)
opened URL
downloaded 837 Kb
package ‘httpuv’ successfully unpacked and MD5 sums checked
The downloaded binary packages are in
C:\Users\jm383x\AppData\Local\Temp\RtmpINmLRv\downloaded_packages
"C:/PROGRA~1/R/R-31~1.1/bin/x64/R" --vanilla CMD INSTALL \
"C:\Users\jm383x\AppData\Local\Temp\RtmpINmLRv\devtoolscec10833677\rmarkdown-master" \
--library="\\cfsk18.campus.gla.ac.uk/SSD_Home_Data_X/jm383x/My Documents/R/win- library/3.1" --install-tests
* installing *source* package 'rmarkdown' ...
** R
** inst
** tests
** preparing package for lazy loading
** help
*** installing help indices
** building package indices
** testing if installed package can be loaded
*** arch - i386
Warning in library(pkg_name, lib.loc = lib, character.only = TRUE, logical.return = TRUE) :
there is no package called 'rmarkdown'
Error: loading failed
Execution halted
*** arch - x64
Warning in library(pkg_name, lib.loc = lib, character.only = TRUE, logical.return = TRUE) :
there is no package called 'rmarkdown'
Error: loading failed
Execution halted
ERROR: loading failed for 'i386', 'x64'
* removing '\\cfsk18.campus.gla.ac.uk/SSD_Home_Data_X/jm383x/My Documents/R/win- library/3.1/rmarkdown'
rmarkdown
Paket. Sie vielleicht meine markdown
.'rmarkdown' wird das Paket der neuesten version von Rstudio sucht automatisch, wenn ich versuchen, erstellen Sie eine markdown-Dokuments für die erste Zeit. Dies könnte sein, eine einfache Fehler in RStudio code?
Die
rmarkdown
- Paket ist verfügbar von github: github.com/rstudio/rmarkdownIch denke nicht so. Versuchen Sie, mit dieser
Wie ich schon sagte am Ende in die Frage hab ich auch schon versucht die Installation direkt von github. Der Fehler - nicht in der Lage zu finden, das Paket nennt sich 'rmarkdown' - wiederholt wird, wenn Sie diesen Ansatz verwenden.
InformationsquelleAutor JonMinton | 2014-07-14
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Versuchen Sie diesen code ausführen, um die neueste version des rmarkdown-Paket, das sollte das Problem beheben:
Das Problem ist, dass die RStudio IDE blickt auf eine statische CRAN-snapshot, der durchgeführt wurde, bevor die rmarkdown-Paket wurde aktualisiert. Weitere Informationen finden Sie unter diesem link: https://groups.google.com/forum/#!Thema/rropen/Kgg8z6FF40I
InformationsquelleAutor Ryan Chase
Frage ich mich, ob das problem ist das Leerzeichen in dem Pfad angezeigt, für die --library-option, um Ihre install_github Befehl. Ich weiß, Sie sagen, dass Sie die Pakete installiert haben OK vor, aber mein setup klingt einfach slike Ihre und rmarkdown für mich funktioniert. Ich habe RStudio 0.98.953 auf Win7, das ist eine sehr verschlossene-down-corporate-Maschine. Ich habe gezwungen, es in lassen Sie mich zu installieren R-Pakete durch setzen der env-variable R_LIBS auf mein Netzwerk zu Hause fahren. Laden der Pakete ist langsam, aber ich habe keine Wahl, weil ich nicht schreiben kann, auf das Laufwerk C:. So, meine install_github Befehl --library="H:/Rlib". Ihr Weg hat "Meine Dokumente" in Sie eingebettet sind. Ich bin nicht positiv, dass ist das problem, aber mein github-installation "rstudio/rmarkdown" war erfolgreich. Wenn ich Datei -> Neue Datei -> R Markdown", gefolgt von einem drücken der "Stricken " HTML" - Taste, die auch erfolgreich abgeschlossen wurde.
Den RStudio github Seite https://github.com/rstudio/rmarkdown#installation macht es klingen wie die manuelle installation von rmarkdown in RStudio ist nicht erforderlich, aber ich Tat es trotzdem, weil ich nicht immer den Einsatz von R durch RStudio. Sorry, aber ich habe nicht testen, RStudio, indem Sie eine neue R Markdown-Datei vor, die ich manuell installiert das Paket.
Den RStudio blog-post http://blog.rstudio.org/2014/06/18/r-markdown-v2/ sagt deutlich, dass die rmarkdown Paket vorgesehen, um den vorherigen zu ersetzen markdown-Paket. Die rmarkdown Paket wird noch nicht angezeigt werden auf CRAN, so install_github notwendig ist.
Ich Sprach über ein Leerzeichen in der Bibliothek Weg, nicht running out of Speicherplatz auf dem angegebenen Laufwerk. Könnte Neige, nehme ich an. Auch, vielleicht versuchen Sie es mit einem Laufwerksbuchstaben für den Speicherort der library, anstatt \\servername\Pfad\zum\Ordner-syntax. Ich habe gesehen, R auf Windows verwirrt und versuchen, erstellen Sie einen neuen lokalen Ordner an C:\servername\path\to\folder anstatt auf dem server.
Ein letzter Gedanke, für die Nutzer der corporate lockdown-PCs. Auf meinem Arbeits-Win7-PC, kann ich nicht mit der rechten Maustaste auf Computer, und ändern Sie die Umgebungsvariablen. (In WinXP, es war Mein Computer, denke ich.) Aber ich kann es über das Start-Menü-Suchfeld. Also eine Suche nach "Umwelt", und es gebe Ihnen ein Ergebnis klicken Sie auf "Bearbeiten Umgebungsvariablen Ihres Kontos". Das sollten Sie legen Sie die R_LIBS variable auch w/o admin-rechten.
Sie können auch die
setx PATH %PATH%;C:\somepath
syntax in einem nicht-privilegierten admin ändern Sie die PATH-Umgebungsvariable auf Benutzerebene. Mehr info finden Sie im in diesem technet-Artikel. Beachten Sie, dass Sie, wenn Sie in einer cmd-Eingabeaufforderung, müssen Sie neu starten, um neu zu laden Sie die Umgebungsvariablen.InformationsquelleAutor Brian Doherty
Die besten, die für mich gearbeitet ist, zu beenden Rstuido, dann installieren rmarkdown-Paket im base-R (keine IDE) und Neustart von Rstudio.
Bin ich auf Windows 10, R 3.3.1, Rstudio Version 0.99.903
InformationsquelleAutor BKS