schreiben Sie eine tabulatorgetrennte oder csv-Datei

Ich habe eine RMA-normalisierte Daten ( CEL-Dateien ) und möchte schreiben es in eine Datei, die ich öffnen könnte, in excel, haben aber einige Probleme.

library(affy)
cel <- ReadAffy()
pre<-rma(cel)
write.table(pre, file="norm.txt", sep="\t")
write.table(pre, file="norma.txt")

Den outut angeordnet zeilenweise in die Textdatei geschrieben mit dem oben genannten Befehl und daher beim Export in excel ist es in einer falschen form, und viele Informationen abgeschnitten, da die maximale Zeilen verwendet werden .Die Ausgabe sieht aus wie folgt :

GSM 133971.CEL 5.85302 3.54678 6.57648 9.45634
GSM 133972.CEL 4.65784 3.64578 3.54213 7.89566
GSM 133973.CEL 6.78543 3.54623 2.54345 7.89767

Schreiben wie man es in einem richtigen format von CEL-Dateien in R zu einem Editor oder excel ?

InformationsquelleAutor Stacey John | 2012-10-30

  1. 4

    Müssen Sie zum extrahieren der Werte aus der normalisierten Sonden mit der exprs Funktion. So etwas wie:

    write.csv(exprs(pre), file="output.csv", row.names=FALSE)

    sollte den trick tun.

    InformationsquelleAutor csgillespie

  2. 0

    Ich bin mir nicht ganz klar, was das problem ist, was meinst du mit "richtigen format"? Excel-kämpfen mit riesigen Tabellen und tun Sie Ihre Analyse in R mit Bioconductor ist wahrscheinlich ein besserer Weg zu gehen, könnte man dann exportieren Sie eine kleinere Ergebnisse oder Zusammenfassung Tabelle nach excel.

    Dennoch, wenn Sie möchten, dass die Datei geschrieben columnwise, die Sie könnten versuchen:

    write.csv(t(pre),file="norm.txt")

    Aber excel (zumindest) viel mehr Zeilen als Spalten.

    Das funktioniert nicht, denn "vor" ist eine RMA-normalisierte CEL-Dateien und nicht eine matrix.
    library(affy) cel <- ReadAffy() pre<-rma(cel) ev <- exprs(vor -) schreiben.csv(ev, file="norm.csv") funktionierte perfekt.
    Rechts sehe ich, das macht Sinn. Vermutlich könnten Sie auch verwendet haben: write.exprs(pre, file="norm.txt")

    InformationsquelleAutor blmoore

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