Was ist die knitr Entsprechung von `R-CMD Sweave myfile.rnw`?

Was ist der Befehl-Linie knitr äquivalent R CMD Sweave myfile.rnw?

InformationsquelleAutor Jeromy Anglim | 2012-06-08
  1. 65

    Die Allgemeine Lösung (funktioniert unabhängig von der R-version):

    Rscript -e "library(knitr); knit('myfile.Rmd')"

    Da R 3.1.0, R CMD Sweave hat Schritte zur Unterstützung von nicht-Sweave-Dokumente (obwohl der Befehl name klingt ein wenig seltsam), und das einzige, was Sie tun müssen ist, geben Sie eine vignette-Motor in Ihrem Dokument, z.B.

    %\VignetteEngine{knitr::knitr}

    Zu sehen, die mögliche vignette Motoren in knitr, verwenden Sie

    library(knitr)
library(tools)
names(vignetteEngine(package = 'knitr'))
# "knitr::rmarkdown" "knitr::knitr" "knitr::docco_classic" "knitr::docco_linear"
    • Verdammt... ich ging zur post, aber ich dachte, ich schauen ein wenig herum, um zu sehen, ob es eine weniger kitschige alternative...
    • was ist so kitschig? Kurz zu sein gebaut in R, können Sie nicht viel besser. Meine Makefiles haben $(RSCRIPT) -e "library(knitr); knit(\"$*.Rnw\")"
    • Genial. In diesem speziellen Beispiel, ich war immer noch mit LaTeX, anstelle von R Markdown, so war es Rscript -e "library(knitr); knit('myfile.rnw')"
    • Beachten Sie, dass nach dieser änderung, die ich brauchte, um hinzuzufügen require(methods) um für einen Gitter Grundstück ordnungsgemäß angezeigt; da anscheinend Rscript nicht laden Sie die Methoden-Paket standardmäßig.
    • Ich hatte gedacht, ich erinnerte mich, Yihui erwähnen etwas über R CMD ____ für knitr. Im Vergleich zu etwas wie die R-CMD die Rscript alternative schien es nicht so schön. Aber denken wir zurück auf Sie der einzige Grund, warum ich dachte, dass war, weil ich das erste mal war lernen über knitr war ich auch versuchen zu bekommen, roxygen arbeiten von der Befehl Linie.
    • siehe stat.ethz.ch/pipermail/r-devel/2011-November/062704.html für eine Diskussion über R CMD foo; leider ist die Antwort von R core war (wie fast immer), die Sie verwenden können Rscript -e, und das stört mich sehr; ich habe ein shell-Skript, github.com/yihui/knitr/blob/master/inst/bin/knit, zu dem ich einen symbolischen link unter ~/bin/ so dass ich normalerweise einfach anrufen knit foo.Rnw im terminal-Fenster öffnen (funktioniert nicht für Windows, natürlich...)

    InformationsquelleAutor Maiasaura
  2. 23

    Ich habe eine knitme.R-Skript:

    library(knitr)
render_html()
source("hooks.R") # mods to defaults
inFile = commandArgs(trailingOnly=TRUE)[1]
outFile = commandArgs(trailingOnly=TRUE)[2]
knit(inFile,output=outFile)

    so kann ich dann tun

    Rscript knitme.R $SOURCE $TARGET

    Wo $SOURCE und $TARGET sind als erforderlich.

    Könnte man auch integrieren diese in Make, Sie hatten also eine Regel, dass alle Sie tun musste, war:

    make myfile.html

    und es würde gehen myfile.Rhtml und erzeugen der HTML-Datei. Anpassen, um PDF aus .Rnw

    Ich verwende es mit SCons statt, so habe ich Sconscript - Datei, die ist ein bisschen komplexer (Teils, weil ich habe gerade erst angefangen mit dem lernen von SCons, so dass es vielleicht ein bisschen crufty)

    env=Environment()
bld = Builder(action = '/usr/bin/Rscript knitme.R $SOURCE $TARGET',
              suffix='.html',
              src_suffix='Rhtml')
env.Append(BUILDERS = {'Knit' : bld})
env.Knit(source='test.Rhtml',target='test.html')

    Dann alles, was ich tun müssen, ist:

    scons test.html

    bekommen und habe test.html gebaut von test.Rhtml wenn test.Rhtml geändert hat.

    All dies ist Teil einer Sconstruct - Datei, baut eine gesamte web site und kopiert es auf einen server, basierend auf allen möglichen anderen Abhängigkeiten..

    Driften off-topic jetzt...

    InformationsquelleAutor Spacedman
  3. 4

    Hinzufügen, auf das andere Antworten, wenn Sie wollen, stricken/Rendern Sie die Datei und öffnen Sie die Ausgabe in eine Zeile, die Sie verwenden können:

    Rscript -e "rmarkdown::render('file.Rmd')" & open file.pdf

    Ich vorziehen, es zu tun alles in einer Zeile, denn es ist einfacher zu laufen als wiederverwendbare Vim-Befehl.

    Können Sie auch ersetzen open mit einem bestimmten Programm wenn Sie wollen verwenden Sie Ihr system in den nicht-Standard. Ich Neige dazu, verwenden Sie diese, wenn ich Windows nutzen möchten und Sumatra zu überschreiben, PDF-Ausgabe, die derzeit geöffnet ist (damit ich nicht haben, zu erinnern, um es zu schließen jedes mal).

    InformationsquelleAutor Jacob Amos
  4. 2
    R CMD knit file.Rmd

    ist die direkte Entsprechung zu R CMD Sweave-Datei.Rmd

    In letzter Zeit, es gibt erweiterte Funktionen in rmarkdown und knitr für diese Art von schmutziger Arbeit. Für Dias habe ich mit der Rmarkdown YAML-header zu benennen, die dem beabsichtigten Ausgabeformat und die Befehlszeile ist einfach, wie

    R -e "library(rmarkdown); render(\"file.Rmd\")"
    InformationsquelleAutor pauljohn32
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