Wie kann ich R-Lesen Sie meine Umgebungsvariablen?

Ich bin mit R auf EC2-spot-instances und ich brauche R zum beenden der Instanz an und kündigen Sie den spot-instance-Anforderung, sobald das Skript ausgeführt wurde.

Für die ich eingestellt habe das "Anforderungs-ID" in eine Umgebungs-variable in /.bashrc und mein plan war es, rufen Sie einfach den folgenden code in R, sobald das script fertig ist

system("ec2-cancel-spot-instance-requests $SIR")

Das Problem, das ich habe ist, dass R nicht "sehen" den gleichen Umwelt-Variablen, die ich gesehen, wenn ich env von außen R damit der Befehl nicht funktioniert.

Habe ich überprüft und wenn ich meine Umgebungsvariablen an /etc/environment R ist in der Lage, um zu sehen, diejenigen Variablen, aber hier ist das andere problem. Da diese Variablen sind dynamisch (die Instanz-ID und die request-ID ist jedes mal anders, eine spot-instance ist angelegt), bei mir läuft ein Skript zu erstellen, die Sie in form von:

export SIR=`cat /etc/ec2_instance_spot_id.txt`

Wo sich diese Datei enthält die dynamischen ID

So, wie kann ich das einfügen "dynamische" Umwelt-Variablen in /etc/environment ? Oder, wie kann ich R Lesen Sie die Umgebungsvariablen an /.bashrc?

Jeden Tipp in die richtige Richtung, wird sehr geschätzt!

  • Ich fand, dass die Variablen in ~/.Profil zugänglich waren aus Sys.getenv(), aber nicht von ~/.bashrc. Ich hatte zu tun source ~/.profile, dann R von einem terminal aus, um es arbeiten nach dem hinzufügen neuer Variablen.
InformationsquelleAutor JordanBelf | 2012-09-06
  1. 18

    Du willst Sys.getenv() wie in Sys.getenv("PATH") sagen.

    Oder für Ihr Beispiel, versuchen Sie

    SIR <- Sys.getenv("SIR")   
system(paste("ec2-cancel-spot-instance-requests",  SIR))

    Als für die Einstellung der Variablen beim Start, siehe help(Startup) kennen zu lernen ~/.Renvironment etc

    • Vielen Dank Dirk für deine Zeit. Das Problem, das ich habe ist, dass wenn ich zum Beispiel names(s <- Sys.getenv()) dann SIR ist nicht da, wenn ich SIR <- Sys.getenv("SIR") es gibt nichts, SIR, aber wenn ich exit R und ich env dass die Liste der Umgebungsvariablen ist völlig anders als die, die ich bekomme, wenn ich Sys.getenv() und dort kann ich sehen, SIR, und andere, die ich brauche. Ich gebe einen Blick auf Renvironment, noch einmal vielen Dank.
    • OK, das ist beschämend.Warum will ich Lesen Sie die Umgebungsvariablen in R, wenn ich bereits 2 Dateien mit der Anfrage-ID und die Instanz-ID? Ich kann gerade mal den Wert dieser Dateien, und führen Sie meine Aufgabe... das erklärt nicht, warum R war nicht zu sehen, die gleichen Umgebungsvariablen wie ich das sehe, wenn ich aussteige R, aber mir geht! Vielen Dank für die inspiration!
    • Ich machte diese Arbeit mit Sys.setenv() und im Grunde kopieren meine Umwelt-Variablen, die von außerhalb R zu R. Obwohl das macht mein Skript arbeiten, ich wünschte, ich könnte verstehen, warum es ist eine ganze Reihe von verschiedenen Umgebungsvariablen witting R
    InformationsquelleAutor Dirk Eddelbuettel
  2. 9

    Mit Sys.getenv() sehen Sie alle Variablen aufgelistet, die in der aktuellen Umgebung.

    Allerdings sind Sie unterschiedlich von denen in Ihrer aktuellen shell, zum Beispiel angegeben in .Profil.

    Die Variablen für R erstellen Sie ein .Renviron - Datei in Ihrem home-Verzeichnis und schreiben Sie dort

    MYDIRECTORY="/home/wherever"

    Nach einem Neustart von R werden Sie in der Lage sein um Zugriff auf diese variable mit

    Sys.getenv("MYDIRECTORY")
    • Mein home-Verzeichnis nicht die .Renviron-Datei, und in R gibt es einen alten Wert der Variablen, nachdem ich den Wert ändern, vor einigen Tagen. Konnte nicht herausfinden, wo R wird der alte Wert und nicht wieder den neuen Wert.
    InformationsquelleAutor Thorsten
  3. 1

    Ich bin ziemlich neu auf R, aber mein Ansatz war dieser: ich hatte die Projekt-level-environment-Variablen gespeichert .env - Datei. Zugänglich zu machen, die in R verwendete ich

    > readRenviron(".env")

    Dann Zugriff auf eine bestimmte variable

    > Sys.getenv("RDS_UID")

    Und es funktionierte perfekt.

    InformationsquelleAutor cheevahagadog
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